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万見
- PDB-8b2x: Structure of the type I-G CRISPR effector -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b2x
タイトルStructure of the type I-G CRISPR effector
要素Type I-G CRISPR Cascade large subunit CSX17
キーワードGENE REGULATION / CRISPR / Effector / Immune system
機能・相同性CRISPR-associated protein Csx17, subtype Dpsyc / Type I-U CRISPR-associated protein Csx17
機能・相同性情報
生物種Thioalkalivibrio sulfidiphilus HL-EbGr7 (紅色硫黄細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å
データ登録者Shangguan, Q. / Graham, S. / Sundaramoorthy, R. / White, M.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S000313/1 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structure and mechanism of the type I-G CRISPR effector.
著者: Qilin Shangguan / Shirley Graham / Ramasubramanian Sundaramoorthy / Malcolm F White /
要旨: Type I CRISPR systems are the most common CRISPR type found in bacteria. They use a multisubunit effector, guided by crRNA, to detect and bind dsDNA targets, forming an R-loop and recruiting the Cas3 ...Type I CRISPR systems are the most common CRISPR type found in bacteria. They use a multisubunit effector, guided by crRNA, to detect and bind dsDNA targets, forming an R-loop and recruiting the Cas3 enzyme to facilitate target DNA destruction, thus providing immunity against mobile genetic elements. Subtypes have been classified into families A-G, with type I-G being the least well understood. Here, we report the composition, structure and function of the type I-G Cascade CRISPR effector from Thioalkalivibrio sulfidiphilus, revealing key new molecular details. The unique Csb2 subunit processes pre-crRNA, remaining bound to the 3' end of the mature crRNA, and seven Cas7 subunits form the backbone of the effector. Cas3 associates stably with the effector complex via the Cas8g subunit and is important for target DNA recognition. Structural analysis by cryo-Electron Microscopy reveals a strikingly curved backbone conformation with Cas8g spanning the belly of the structure. These biochemical and structural insights shed new light on the diversity of type I systems and open the way to applications in genome engineering.
履歴
登録2022年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Type I-G CRISPR Cascade large subunit CSX17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3721
ポリマ－79,3721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area32300 Å2

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要素

#1: タンパク質 Type I-G CRISPR Cascade large subunit CSX17


分子量: 79372.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thioalkalivibrio sulfidiphilus HL-EbGr7 (紅色硫黄細菌)
株: HL-EbGR7 / 遺伝子: Tgr7_2441 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: B8GLG4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type I-G cascade complex large subunit CSX17 protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.007926 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thioalkalivibrio sulfidiphilus HL-EbGr7 (紅色硫黄細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 250mM NaCl, pH 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Size exclusion purified monodisperse sample in solution
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K / 詳細: blot time 3.5, blot force 4

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / Calibrated defocus min: 1600 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2800 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 183 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15710
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 0.84 µm / 横: 5000 / 縦: 4000

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4674: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Flex-EMモデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
11PHENIX1.2モデル精密化
12RELION4初期オイラー角割当
13RELION4最終オイラー角割当
14RELION4分類
15RELION4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 1000
3次元再構成解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 415000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Multi-body refinement. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 188 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0025168
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6777013
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.7941955
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038768
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006930

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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