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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b2w | ||||||
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タイトル | Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, CTX-M-14 E166A, Ampicillin, 500 MS | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-lactamase / CTX-M-14 / time-resolved crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Doepke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. ...Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Doepke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger simplifies time-resolved crystallography. 著者: Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / ...著者: Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b2w.cif.gz | 142.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b2w.ent.gz | 91.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b2w_validation.pdf.gz | 826.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b2w_full_validation.pdf.gz | 828.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8b2w_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b2w_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8aw8C 8aw9C 8awbC 8awcC 8awdC 8aweC 8awfC 8awsC 8awuC 8awvC 8awxC 8awyC 8b03C 8b05C 8b06C 8b08C 8b2oC 8b2vC 8b3mC 6gthS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27600.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ctx-m-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2D9A0, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-AIX / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.5 / 詳細: 40% PEG8000, 200 mM LiSO4, 100 mM NaOAc, pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→77.621 Å / Num. obs: 13533 / % possible obs: 79.9 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 17.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→2.084 Å / Num. unique obs: 677 / CC1/2: 0.714 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6gth 解像度: 1.78→38.81 Å / SU ML: 0.2075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.4146 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→38.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.76488902473 Å / Origin y: -1.26228966718 Å / Origin z: 19.7022979875 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |