PDB-8b2s: GH24 family muramidase from Trichophaea saccata with an SH3-like ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b2s

タイトル

GH24 family muramidase from Trichophaea saccata with an SH3-like cell wall binding domain

要素

GH24 family muramidase

キーワード

HYDROLASE / SH3-like / muramidase / peptidoglycan / cell wall binding domain

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Trichophaea saccata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Moroz, O.V. / Blagova, E. / Lebedev, A.A. / Skov, L.K. / Pache, R.A. / Schnorr, K.M. / Kiemer, L. / Nymand-Grarup, S. / Ming, L. / Ye, L. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Module walking using an SH3-like cell-wall-binding domain leads to a new GH184 family of muramidases.
著者: Moroz, O.V. / Blagova, E. / Lebedev, A.A. / Skov, L.K. / Pache, R.A. / Schnorr, K.M. / Kiemer, L. / Friis, E.P. / Nymand-Grarup, S. / Ming, L. / Ye, L. / Klausen, M. / Cohn, M.T. / Schmidt, E. ...

履歴

登録	2022年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b2s.cif.gz	258.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b2s.ent.gz	162.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8b2s_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b2s_full_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示
XML形式データ	8b2s_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	8b2s_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b2eC 8b2fC 8b2gC 8b2hC 1hdeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH24 family muramidase

B: GH24 family muramidase

ヘテロ分子

52.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GH24 family muramidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GH24 family muramidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.438, 99.438, 133.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 245 / Label seq-ID: 1 - 245

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	GH24 family muramidase 分子量: 26246.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichophaea saccata (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.37 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: AmSO4 screen (Qiagen), condition C3: 0.2 M potassium fluoride, 2.2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→46.582 Å / Num. obs: 56987 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 16.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.1-46.58	6.6	0.029	50.2	631	0.999	0.016	0.034	1.19	99.3
1.94-1.99	8.5	2.263	0.9	3797	0.328	1.232	2.582	0.89	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定
REFMAC	5.8.0352	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HDE

1hde

解像度: 1.94→46.582 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 6.569 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	2862	5.027 %
R_work	0.168	54075	-
all	0.17	-	-
obs	-	56937	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.867 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.129 Å²	0.064 Å²	0 Å²
2-	-	0.129 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.417 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→46.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3610	0	2	353	3965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.66	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.536	1.561	7904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.212	5	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.594	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.278	10	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.64	10	139
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	704
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.401	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.118	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.511	3.074	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.512	3.074	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.222	4.594	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.221	4.595	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.192	3.395	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.191	3.396	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.906	4.936	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.905	4.937	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.234	63.141	16187
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.158	61.756	15921
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.066	0.05	7562

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06569	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06569	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.99	0.336	212	0.327	3955	X-RAY DIFFRACTION	99.952
1.99-2.045	0.313	194	0.288	3844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.045-2.104	0.226	185	0.25	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.169	0.243	213	0.228	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.24	0.206	180	0.207	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.318	0.26	163	0.2	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.318-2.405	0.236	187	0.186	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.405-2.503	0.208	168	0.176	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.503-2.614	0.261	174	0.193	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.741	0.224	139	0.178	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.741-2.889	0.216	173	0.186	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.889-3.064	0.222	120	0.184	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.064-3.274	0.211	157	0.18	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
3.274-3.535	0.168	118	0.155	2337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.535-3.87	0.185	110	0.138	2153	X-RAY DIFFRACTION	99.9117
3.87-4.323	0.146	105	0.117	1965	X-RAY DIFFRACTION	100
4.323-4.985	0.143	87	0.116	1744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.985-6.088	0.2	84	0.148	1470	X-RAY DIFFRACTION	100
6.088-8.537	0.173	60	0.152	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
8.537-46.582	0.223	33	0.185	728	X-RAY DIFFRACTION	99.8688

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1153	0.304	0.8565	2.7222	0.1836	5.1139	0.1252	0.0501	-0.2965	-0.1353	-0.0029	0.0237	0.2919	0.1082	-0.1222	0.0431	0.0146	-0.0594	0.0295	-0.054	0.1792	-59.822	-40.668	26.202
2	3.0291	-0.4759	-0.6808	2.3079	0.1549	3.0128	-0.1819	-0.136	-0.0333	0.1617	0.0232	-0.1672	0.2818	0.066	0.1588	0.0571	-0.022	0.0036	0.0666	0.0051	0.0221	-63.749	-38.723	-5.41
3	2.8704	0.5845	-0.9023	3.4381	0.3604	4.5467	0.1364	0.1612	0.045	-0.0663	-0.105	0.094	-0.3164	-0.3053	-0.0315	0.1438	0.0517	0.0054	0.0336	-0.0021	0.0459	-57.284	-15.554	27.94
4	1.2302	0.5314	0.4156	2.7696	-0.2331	2.4801	-0.1079	0.0796	0.0866	-0.1701	0.0082	-0.0967	-0.2016	-0.1275	0.0997	0.0536	-0.0162	0.0023	0.0404	-0.0033	0.0191	-61.76	-16.322	59.308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	79 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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