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- PDB-8b2k: Ternary structure of 14-3-3s, RND3 phosphopeptide and dual-reacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b2k
タイトルTernary structure of 14-3-3s, RND3 phosphopeptide and dual-reactive compound 10
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Rho-related GTP-binding protein RhoE
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / hub-protein / dual-reactive compound
機能・相同性
機能・相同性情報


RND3 GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...RND3 GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / TP53 Regulates Metabolic Genes / actin filament organization / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cell migration / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / cell adhesion / regulation of cell cycle / cadherin binding / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho-related GTP-binding protein RhoE / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain ...Rho-related GTP-binding protein RhoE / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OQ3 / 14-3-3 protein sigma / Rho-related GTP-binding protein RhoE
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Somsen, B.A. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)711.017.014 オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Reversible Dual-Covalent Molecular Locking of the 14-3-3/ERR gamma Protein-Protein Interaction as a Molecular Glue Drug Discovery Approach.
著者: Somsen, B.A. / Schellekens, R.J.C. / Verhoef, C.J.A. / Arkin, M.R. / Ottmann, C. / Cossar, P.J. / Brunsveld, L.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Rho-related GTP-binding protein RhoE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6447
ポリマ－28,2342
非ポリマー4115
水5,837324
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Rho-related GTP-binding protein RhoE
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Rho-related GTP-binding protein RhoE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,28914
ポリマ－56,4684
非ポリマー82110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area3710 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.431, 112.183, 62.598
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26553.875 Da / 分子数: 1 / 変異: C38N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GAMGS at the beginning (-5 to -1) are part of the expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Rho-related GTP-binding protein RhoE / Protein MemB / Rho family GTPase 3 / Rho-related GTP-binding protein Rho8 / Rnd3


分子量: 1679.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61587

-
非ポリマー , 4種, 329分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-OQ3 / 3-bromanyl-5-methanoyl-~{N}-methyl-~{N}-(2-sulfanylethyl)benzamide


分子量: 302.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12BrNO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes pH 7.1, 0.19 M CaCl2, 26% PEG400, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.56 Å / Num. obs: 57171 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 41.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 17.6 / Num. unique obs: 34011 / CC1/2: 0.995

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6y1d

6y1d


解像度: 1.4→45.56 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 5472 4.97 %
Rwork0.1666 104557 -
obs0.1672 57148 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.39 Å2 / Biso mean: 15.3934 Å2 / Biso min: 2.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1880 0 20 324 2224
Biso mean--18.84 25.97 -
残基数----243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.420.24761670.19683475364298
1.42-1.430.20321520.184134713623100
1.43-1.450.1791620.171635353697100
1.45-1.470.19312100.164534023612100
1.47-1.490.19232140.163534813695100
1.49-1.510.19351990.159935343733100
1.51-1.530.19281870.166334293616100
1.53-1.550.17831320.166435053637100
1.55-1.580.16511910.16735213712100
1.58-1.60.19292050.161834623667100
1.6-1.630.20511720.165234583630100
1.63-1.660.19261650.154935363701100
1.66-1.690.19791870.156334873674100
1.69-1.730.16721710.165235053676100
1.73-1.770.19112210.164934383659100
1.77-1.810.24171670.170934963663100
1.81-1.850.20751580.166634883646100
1.85-1.90.1612250.172534803705100
1.9-1.960.1831800.168734823662100
1.96-2.020.18261870.163134713658100
2.02-2.090.17531620.152635183680100
2.09-2.180.1621840.154235403724100
2.18-2.280.15861810.152334443625100
2.28-2.40.16841780.155535033681100
2.4-2.550.17051620.167734953657100
2.55-2.740.19182170.175634663683100
2.74-3.020.14621750.181334893664100
3.02-3.460.19352100.168534613671100
3.46-4.350.16852100.156934653675100
4.35-45.560.17151410.186135203661100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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