PDB-8b2g: SH3-like domain from Penicillium virgatum muramidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b2g

タイトル

SH3-like domain from Penicillium virgatum muramidase

要素

SH3b domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / SH3-like / muramidase / peptidoglycan / cell wall binding domain

機能・相同性

SH3 Domains / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Penicillium virgatum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Moroz, O.V. / Blagova, E. / Lebedev, A.A. / Skov, L.K. / Pache, R.A. / Schnorr, K.M. / Kiemer, L. / Nymand-Grarup, S. / Ming, L. / Ye, L. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Module walking using an SH3-like cell-wall-binding domain leads to a new GH184 family of muramidases.
著者: Moroz, O.V. / Blagova, E. / Lebedev, A.A. / Skov, L.K. / Pache, R.A. / Schnorr, K.M. / Kiemer, L. / Friis, E.P. / Nymand-Grarup, S. / Ming, L. / Ye, L. / Klausen, M. / Cohn, M.T. / Schmidt, E. ...

履歴

登録	2022年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b2g.cif.gz	45.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b2g.ent.gz	29.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b2eC 8b2fC 8b2hC 8b2sSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SH3b domain-containing protein

B: SH3b domain-containing protein

ヘテロ分子

15.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SH3b domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.98 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SH3b domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.92 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.142, 59.824, 36.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.131, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 74 / Label seq-ID: 1 - 74

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	SH3b domain-containing protein 分子量: 7791.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium virgatum (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PACT C9=0.2 M LiCl, 0.1 M Hepes pH 7.0, 20% PEG 6K, MMS (microseed matrix screening) from JCSG, C7=0.2 M zinc acetate dehydrate, 0.1 M sodium acetate, 10%w/v PEG 3000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 1.28249 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.28249 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.7624
pseudo-merohedral	2	2	-L, -K, -H	2	0.2376

反射

解像度: 1.5→59.82 Å / Num. obs: 21381 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.22-59.82	3.8	0.046	18.3	155	0.995	0.04	0.061	0.71	98.9
1.5-1.53	3.2	0.967	1	731	0.261	0.835	1.282	1.12	66.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0352	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8B2S

8b2s

解像度: 1.5→33.479 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.697 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.014
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions twin refinement using structure amplitudes

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1725	1052	4.925 %
R_work	0.1631	20307	-
all	0.164	-	-
obs	-	21359	93.218 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.849 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.759 Å²	-0 Å²	2.023 Å²
2-	-	3.359 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1085	0	17	98	1200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.795	1.663	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.565	1.571	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.603	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	1.717	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.558	10	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.335	10	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.085	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.031	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.118	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.997	1.703	600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.998	1.701	600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.867	2.55	750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.885	2.553	751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.735	1.922	539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.733	1.924	540
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.895	2.778	801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.893	2.78	802
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.768	34.707	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.707	34.263	4836
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.093	0.05	2243

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09307	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09307	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.537	0.344	51	0.273	1058	X-RAY DIFFRACTION	66.0119
1.537-1.579	0.254	74	0.227	1378	X-RAY DIFFRACTION	88.8073
1.579-1.625	0.216	57	0.2	1459	X-RAY DIFFRACTION	93.4649
1.625-1.675	0.255	69	0.198	1355	X-RAY DIFFRACTION	93.0719
1.675-1.73	0.217	66	0.186	1347	X-RAY DIFFRACTION	93.8247
1.73-1.79	0.215	69	0.18	1297	X-RAY DIFFRACTION	94.7953
1.79-1.858	0.181	74	0.158	1248	X-RAY DIFFRACTION	94.2939
1.858-1.933	0.16	60	0.137	1250	X-RAY DIFFRACTION	95.7602
1.933-2.019	0.148	55	0.146	1188	X-RAY DIFFRACTION	95.3221
2.019-2.117	0.2	72	0.157	1137	X-RAY DIFFRACTION	96.4884
2.117-2.231	0.16	55	0.161	1079	X-RAY DIFFRACTION	96.8403
2.231-2.366	0.143	44	0.145	1030	X-RAY DIFFRACTION	97.019
2.366-2.528	0.206	61	0.161	959	X-RAY DIFFRACTION	97.3282
2.528-2.73	0.15	57	0.156	909	X-RAY DIFFRACTION	97.5758
2.73-2.988	0.123	43	0.145	841	X-RAY DIFFRACTION	97.6796
2.988-3.338	0.164	50	0.156	779	X-RAY DIFFRACTION	98.4561
3.338-3.848	0.124	44	0.154	652	X-RAY DIFFRACTION	98.8636
3.848-4.697	0.188	22	0.134	600	X-RAY DIFFRACTION	99.0446
4.697-6.578	0.214	17	0.193	470	X-RAY DIFFRACTION	99.1853
6.578-33.479	0.145	12	0.222	271	X-RAY DIFFRACTION	98.951

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関連情報:EMDBヘッダ

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