PDB-8b2c: Crystal structure of type I dehydroquinase from Salmonella typhi ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b2c

タイトル

Crystal structure of type I dehydroquinase from Salmonella typhi inhibited by an epoxide derivative

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

LYASE / CHORISMATE BIOSYNTHETIC PROCESS / 3-DEHYDROQUINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Otero, J.M. / Rodriguez, A. / Maneiro, M. / Lence, E. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: Quinate-based ligands for irreversible inactivation of the bacterial virulence factor DHQ1 enzyme-A molecular insight.
著者: Rodriguez, A. / Maneiro, M. / Lence, E. / Otero, J.M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C.

履歴

登録	2022年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b2c.cif.gz	69.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b2c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b2c_validation.pdf.gz	838.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b2c_full_validation.pdf.gz	839.7 KB	表示
XML形式データ	8b2c_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	8b2c_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/8b2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b2aC 8b2bC 4cnnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.713, 47.080, 105.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type I DHQase / Type I dehydroquinase / DHQ1 分子量: 27680.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 遺伝子: aroD, STY1760, t1231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24670, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-OVU / (1~{S},2~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2,4,5-trihydroxy-7-oxabicyclo[4.1.0]heptane-2-carboxylic acid 分子量: 190.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 26 % (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES-NaOH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.00556 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00556 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→105.2 Å / Num. obs: 28123 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.361 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 3317 / CC_1/2: 0.903 / R_pim(I) all: 0.209 / R_rim(I) all: 0.452 / % possible all: 73.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	November 3, 2014	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CNN

4cnn

解像度: 1.55→52.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.666 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	1366	4.879 %
R_work	0.1668	26630	-
all	0.168	-	-
obs	-	27996	88.595 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.236 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.358 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.594 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→52.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1936	0	38	128	2102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.646	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.52	1.581	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.647	5	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.77	22.268	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.299	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.107	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	981
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.426	1.517	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.358	1.512	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.119	2.272	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.13	2.276	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.421	1.82	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.338	1.804	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.604	2.624	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.554	2.603	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.484	18.907	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.455	18.803	2159

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.244	91	0.222	1541	0.224	2300	0.891	0.886	70.9565	0.196
1.59-1.634	0.249	88	0.205	1588	0.207	2234	0.906	0.92	75.0224	0.173
1.634-1.681	0.249	66	0.196	1620	0.199	2173	0.914	0.925	77.5886	0.163
1.681-1.733	0.225	94	0.189	1626	0.191	2115	0.918	0.935	81.3239	0.156
1.733-1.79	0.25	74	0.194	1651	0.196	2048	0.906	0.928	84.2285	0.159
1.79-1.852	0.221	92	0.18	1663	0.182	1996	0.937	0.944	87.9258	0.148
1.852-1.922	0.253	88	0.175	1669	0.179	1936	0.933	0.951	90.7541	0.144
1.922-2	0.215	82	0.175	1620	0.177	1837	0.936	0.949	92.6511	0.143
2-2.089	0.222	67	0.168	1587	0.17	1784	0.943	0.955	92.713	0.142
2.089-2.191	0.191	74	0.168	1536	0.169	1720	0.951	0.958	93.6047	0.143
2.191-2.309	0.226	86	0.175	1476	0.178	1623	0.931	0.95	96.2415	0.152
2.309-2.449	0.209	77	0.161	1418	0.164	1556	0.946	0.958	96.0797	0.143
2.449-2.618	0.219	78	0.165	1328	0.168	1464	0.951	0.955	96.0383	0.15
2.618-2.827	0.182	58	0.166	1243	0.167	1353	0.949	0.961	96.1567	0.154
2.827-3.096	0.189	48	0.166	1187	0.167	1262	0.949	0.962	97.8605	0.161
3.096-3.46	0.164	54	0.159	1063	0.16	1149	0.968	0.97	97.215	0.159
3.46-3.992	0.182	51	0.146	956	0.148	1039	0.962	0.972	96.9201	0.153
3.992-4.882	0.156	40	0.135	819	0.136	880	0.981	0.98	97.6136	0.145
4.882-6.875	0.188	32	0.179	660	0.179	702	0.968	0.972	98.5755	0.191
6.875-52.6	0.171	26	0.164	379	0.164	429	0.976	0.975	94.4056	0.183

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