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- PDB-8b28: Structure of an intron-retention variant of the plant immune sign... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b28
タイトルStructure of an intron-retention variant of the plant immune signalling protein EDS1 from Vitis vinifera
要素Enhanced disease susceptibility 1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / enhanced disease susceptibility 1 plant innate immune system intron retention during alternative splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid metabolic process / defense response / 細胞核
類似検索 - 分子機能
EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhanced disease susceptibility 1
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Voss, M. / Niefind, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)NI 643/6-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A splicing variant of EDS1 from Vitis vinifera forms homodimers but no heterodimers with PAD4.
著者: Voss, M. / Cseke, L.J. / Gassmann, W. / Niefind, K.
#1: ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Arabidopsis immunity regulator EDS1 in a PAD4/SAG101-unbound form is a monomer with an inherently inactive conformation.
著者: Voss, M. / Toelzer, C. / Bhandari, D.D. / Parker, J.E. / Niefind, K.
履歴
登録2022年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhanced disease susceptibility 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1459
ポリマ－43,6491
非ポリマー4978
水4,792266
1
A: Enhanced disease susceptibility 1
ヘテロ分子

A: Enhanced disease susceptibility 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,29018
ポリマ－87,2972
非ポリマー99316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area4670 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area30130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.549, 65.077, 45.454
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-643-

HOH

21A-675-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Enhanced disease susceptibility 1


分子量: 43648.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: EDS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3F1Q6
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution: 4.5 mg/ml in 300 mM sodium iodide, 1 % glycerol, 1 mM DTT, 50 mM Hepes buffer, pH 8.0). Reservoir solution: 12 % PEG3350, 300 millimolar CsCl, 100 millimolar Bis-Tris ...詳細: Protein solution: 4.5 mg/ml in 300 mM sodium iodide, 1 % glycerol, 1 mM DTT, 50 mM Hepes buffer, pH 8.0). Reservoir solution: 12 % PEG3350, 300 millimolar CsCl, 100 millimolar Bis-Tris puffer, pH 8.5. Crystallization drop before equilibration: 1.5 mikroliter protein solution plus and 1.5 mikroliter reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.915079 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915079 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→43.81 Å / Num. obs: 29029 / % possible obs: 71.3 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 22.36 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.755→1.942 Å / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1451 / CC1/2: 0.658 / Rsym value: 0.668

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 10, 2022 (BUILT 20220820)データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I8G

6i8g


解像度: 1.75→43.81 Å / SU ML: 0.182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.538
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 1010 3.48 %
Rwork0.1744 28010 -
obs0.1755 29020 71.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 32 266 2933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00292758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56653728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.98231012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.850.2187120.329339X-RAY DIFFRACTION6.08
1.85-1.960.2833550.27131477X-RAY DIFFRACTION26.53
1.96-2.110.26331640.23854508X-RAY DIFFRACTION81
2.11-2.330.25982000.20625511X-RAY DIFFRACTION97.61
2.33-2.660.21471930.18375398X-RAY DIFFRACTION96.81
2.66-3.360.18241920.16475418X-RAY DIFFRACTION96.14
3.36-43.810.18051940.1475359X-RAY DIFFRACTION93.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.743322110730.2618849768180.2522914881363.80633949172-0.09909711044024.626962229630.1150102042360.772644974888-0.647339785049-0.635643424456-0.3181150065580.4090738227470.474103588484-0.462182237724-0.05115748872630.1944084903-0.0226203907183-0.003104170242980.2392989616770.01914191085470.10685610355633.078812710613.305648588526.4292727796
22.537749401180.10149954570.8145595663431.858826119-0.242652597841.90791979751-0.105194578933-0.1194862407960.2188853746770.0477985368475-0.008213235683550.0770008147298-0.122945189506-0.08494155331950.06462614271150.09306382439980.02904003027370.03416653707570.0853648370688-0.01650256499090.097098699251230.191492966420.809353368745.2895251878
31.445454990950.444456345484-0.3195697828932.91437324570.1935144971722.616266434880.0937355110818-0.674231059471-0.2071370612720.501985703872-0.0307551699002-0.04476787472330.160565777929-0.20314827573-0.03598004042780.149715890108-0.001337615450370.001089604809040.1806150561360.07264123999090.10837949682832.915793883912.483931200654.605347471
42.43699522807-0.0236737667335-0.2218152352312.0941975355-0.5784954110941.79574651483-0.0459650311869-0.0515005566267-0.0426358109695-0.1134948571730.05413603349350.00167475890170.074111627846-0.1059107393670.02205315771450.05113609984230.01049294755220.005536942088560.06185772456590.01178713821020.057943890363934.029827501314.480514163742.0065702634
52.05214203141-0.7547128495960.1176836585811.33141449126-0.3162305241622.19941536389-0.0671098547415-0.1809610947390.3534183248380.133399988823-0.0156130398281-0.209970392285-0.2685574105930.1406482587110.1048452204940.11926560967-0.0274533316338-0.003816865945560.1697724839670.002891462425370.20343026118150.554909352820.799453805843.4804661976
61.698262258370.1875240466060.05178782285390.0649651984330.3017914962272.28485905004-0.008171261478640.2360689557850.868886057842-0.112708614952-0.123709322176-0.947727022557-0.821053973240.491343002613-0.2641473019190.317381725409-0.1354608902220.1332654589630.2904632900310.1233698511940.63129608849150.505799231331.894078527232.8684944141
74.352931054750.509138769921-1.85057709721.077699754851.98973314095.63444499723-0.01028126991840.5331647239850.0299616607413-0.3347583477890.00699765733925-0.1063105139860.1883574075580.00911829140845-0.06036018784140.2361044737760.006556143884630.05006529676070.2608132472370.05613363405830.1378294955542.00780156616.233754049224.5158273812
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 26 )1 - 261 - 26
22chain 'A' and (resid 27 through 72 )27 - 7227 - 72
33chain 'A' and (resid 73 through 100 )73 - 10073 - 100
44chain 'A' and (resid 101 through 204 )101 - 204101 - 204
55chain 'A' and (resid 205 through 292 )205 - 292205 - 292
66chain 'A' and (resid 293 through 312 )293 - 312293 - 312
77chain 'A' and (resid 313 through 331 )313 - 331313 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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