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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b1s | ||||||
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タイトル | co-crystal of SUDV VP40 with salicylic acid | ||||||
要素 | Matrix protein VP40 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Ebola virus / SUDV / VP40 / matrix protein / dimer / co-crystallization / ligand / drug discovery | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endomembrane system / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / endomembrane system / structural constituent of virion / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / RNA binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sudan ebolavirus (エボラウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Werner, A.-D. / Krapoth, N. / Norris, M.J. / Heine, A. / Klebe, G. / Ollmann Saphire, E. / Becker, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: co-crystal of SUDV VP40 with salicylic acid 著者: Werner, A.-D. / Becker, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b1s.cif.gz | 133.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b1s.ent.gz | 84.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b1s_validation.pdf.gz | 723.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b1s_full_validation.pdf.gz | 724.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8b1s_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b1s_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/8b1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/8b1s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ld8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32603.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (エボラウイルス) 遺伝子: VP40, DF49_53412gpVP40, DH33_45403gpVP40, SEBOVgp3 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0LPL6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM HEPES 40 mM MgCl2 10% (v/v) PEG400 salicylic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999998 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→48.06 Å / Num. obs: 33883 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 24.27 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1474 / CC1/2: 0.97 / % possible all: 86.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LD8 解像度: 1.6→45.31 Å / SU ML: 0.1882 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8674 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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