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- PDB-8b1s: co-crystal of SUDV VP40 with salicylic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b1s
タイトルco-crystal of SUDV VP40 with salicylic acid
要素Matrix protein VP40
キーワードVIRAL PROTEIN / Ebola virus / SUDV / VP40 / matrix protein / dimer / co-crystallization / ligand / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / structural constituent of virion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXYBENZOIC ACID / Matrix protein VP40
類似検索 - 構成要素
生物種Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Werner, A.-D. / Krapoth, N. / Norris, M.J. / Heine, A. / Klebe, G. / Ollmann Saphire, E. / Becker, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
LOEWE Center DRUID ドイツ
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2024
タイトル: Development of a Crystallographic Screening to Identify Sudan Virus VP40 Ligands.
著者: Werner, A.D. / Krapoth, N. / Norris, M.J. / Heine, A. / Klebe, G. / Saphire, E.O. / Becker, S.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein VP40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7422
ポリマ－32,6041
非ポリマー1381
水2,396133
1
A: Matrix protein VP40
ヘテロ分子

A: Matrix protein VP40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4834
ポリマ－65,2072
非ポリマー2762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2390 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.100, 90.623, 48.189
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.255, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein VP40 / Membrane-associated protein VP40


分子量: 32603.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: VP40, DF49_53412gpVP40, DH33_45403gpVP40, SEBOVgp3
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0LPL6
#2: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES 40 mM MgCl2 10% (v/v) PEG400 salicylic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.06 Å / Num. obs: 33883 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 24.27 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1474 / CC1/2: 0.97 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LD8

4ld8


解像度: 1.6→45.31 Å / SU ML: 0.1882 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8674
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 1621 4.79 %
Rwork0.1889 32221 -
obs0.1898 33842 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 10 133 1987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00341922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71982636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2906700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.650.29041390.23712495X-RAY DIFFRACTION91.11
1.65-1.710.2561320.21462663X-RAY DIFFRACTION97.18
1.71-1.770.23751380.20652681X-RAY DIFFRACTION97.75
1.77-1.840.21571440.19042683X-RAY DIFFRACTION98.23
1.84-1.920.22281430.19422664X-RAY DIFFRACTION97.91
1.92-2.020.25971100.19342682X-RAY DIFFRACTION95.98
2.02-2.150.23021400.19752689X-RAY DIFFRACTION98.43
2.15-2.310.21771400.20122730X-RAY DIFFRACTION99.07
2.31-2.550.21541520.20352717X-RAY DIFFRACTION99.07
2.55-2.920.22421400.20452656X-RAY DIFFRACTION96.81
2.92-3.670.19191170.18852802X-RAY DIFFRACTION99.69
3.67-45.310.1791260.16782759X-RAY DIFFRACTION98.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.534087557891.78853770614-0.1531064505283.04334215086-0.3370162517840.842541174717-0.0364033499193-0.0230426570457-0.102566301849-0.1164157409780.01073068290440.005569796078710.158752110546-0.00166977719511-0.003544643414230.2760483604580.01013274003430.003698020700710.199848383280.001793869091760.199642883319-8.8859815189-23.104419117617.351274626
21.404035939430.9228944908250.2427255907492.826372901560.3564310949560.893035329523-0.00136319028402-0.01184625082570.0620301884983-0.0997222473183-0.03368248440920.3396597860550.0809287230416-0.1592719277520.04358885605140.2485023923-0.00659503347742-0.01079989134030.2080344194790.003901945130120.209374000293-16.1297864816-18.442012238217.5296408774
34.19943746787-0.5903667401451.69762887644.69631721626-1.901614228383.07774000181-0.141561526733-0.603546819070.1061450628240.0293847868260.265598034380.68356096480.0351883318041-0.696886869559-0.2247695848990.3678279760730.0258373020677-0.02841256030850.4094204287150.03358776708260.285127130624-19.646041474-4.553116566234.41285799582
42.8841306202-1.623858451581.931583234365.59346612017-2.494696740083.841941239720.1226691261160.2522399007650.291593002883-0.605443709038-0.0368757039330.1921245969110.437248067991-0.172622219013-0.06072166456530.394087524908-0.0285051516612-0.01791827325550.3355575238860.04636075516030.252353323928-15.2596339666-3.50252811771-3.82069146946
54.26501376621-1.150624264460.7796455045973.8640008818-2.990894487693.584991222230.204009271061-0.1056002600110.0517896281695-0.270091157369-0.02326830255470.2882734446860.318019428065-0.216199576261-0.1390692344660.522419086911-0.0568424318583-0.02764669078720.372946089493-0.0142963855180.239151384666-17.0138147229-8.52422519510.44480432832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 94 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 185 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 272 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 273 through 311 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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