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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b1d | ||||||
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タイトル | DtpB-Nb132-APF | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / MFS / Proton coupled Oligopeptide Transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() tripeptide transmembrane transport / dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / peptide transport / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / protein transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Killer, M. / Finocchio, G. / Lei, J. / Jungnickel, K. / Kotov, V. / Steinke, J. / Bartels, K. / Strauss, J. / Dupeux, F. / Humm, A.S. ...Killer, M. / Finocchio, G. / Lei, J. / Jungnickel, K. / Kotov, V. / Steinke, J. / Bartels, K. / Strauss, J. / Dupeux, F. / Humm, A.S. / Cornaciu, I. / Marquez, J. / Pardon, E. / Steyeart, J. / Loew, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Plasticity of the binding pocket in peptide transporters underpins promiscuous substrate recognition. 著者: Kotov, V. / Killer, M. / Jungnickel, K.E.J. / Lei, J. / Finocchio, G. / Steinke, J. / Bartels, K. / Strauss, J. / Dupeux, F. / Humm, A.S. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Low, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8b17C ![]() 8b18C ![]() 8b19C ![]() 8b1aC ![]() 8b1bC ![]() 8b1cC ![]() 8b1eC ![]() 8b1fC ![]() 8b1gC ![]() 8b1hC ![]() 8b1iC ![]() 8b1jC ![]() 8b1kC ![]() 6gs4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 4種, 4分子 ABC![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 53607.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 13788.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 333.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#4: 糖 | ChemComp-LMT / |
-非ポリマー , 8種, 140分子 ![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/HEX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/HEX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-OCT / | ||||||||||||
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#6: 化合物 | ChemComp-PG4 / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-D12 / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-D10 / | #11: 化合物 | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.38 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 30-40 % PEG 400 100-300 mM NaCl, 200 mM Li2SO4 and 25 mM APF |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→62.58 Å / Num. obs: 100170 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 57.56 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.91 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 5217 / CC1/2: 0.609 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6gs4 解像度: 2.3→62.58 Å / SU ML: 0.3528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.0142 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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