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- PDB-8b10: Crystal Structure of Shank2-SAM mutant domain - L1800W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b10
タイトルCrystal Structure of Shank2-SAM mutant domain - L1800W
要素SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / synaptic scaffold protein / Zn2+ binding / Zn-dependent polymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic receptor adaptor activity / vocalization behavior / long-term synaptic depression / Neurexins and neuroligins / ciliary membrane / adult behavior / social behavior / photoreceptor outer segment / negative regulation of hippo signaling / synapse assembly ...synaptic receptor adaptor activity / vocalization behavior / long-term synaptic depression / Neurexins and neuroligins / ciliary membrane / adult behavior / social behavior / photoreceptor outer segment / negative regulation of hippo signaling / synapse assembly / photoreceptor inner segment / ionotropic glutamate receptor binding / learning / brush border membrane / SH3 domain binding / long-term synaptic potentiation / growth cone / dendritic spine / neuron projection / postsynaptic density / apical plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Talin, N-terminal F0 domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...: / Talin, N-terminal F0 domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bento, I. / Gracia Alai, M. / Kreienkamp, J.-H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Kr1321/9-1 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Psychiatry / 年: 2024
タイトル: Structural deficits in key domains of Shank2 lead to alterations in postsynaptic nanoclusters and to a neurodevelopmental disorder in humans.
著者: Hassani Nia, F. / Woike, D. / Bento, I. / Niebling, S. / Tibbe, D. / Schulz, K. / Hirnet, D. / Skiba, M. / Honck, H.H. / Veith, K. / Gunther, C. / Scholz, T. / Bierhals, T. / Driemeyer, J. / ...著者: Hassani Nia, F. / Woike, D. / Bento, I. / Niebling, S. / Tibbe, D. / Schulz, K. / Hirnet, D. / Skiba, M. / Honck, H.H. / Veith, K. / Gunther, C. / Scholz, T. / Bierhals, T. / Driemeyer, J. / Bend, R. / Failla, A.V. / Lohr, C. / Alai, M.G. / Kreienkamp, H.J.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country
改定 1.32024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2
D: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2
E: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2
F: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,49210
ポリマ－49,1066
非ポリマー3864
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.940, 135.282, 131.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1954-

HOH

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要素

#1: タンパク質
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2 / Shank2 / Cortactin-binding protein 1 / CortBP1 / Proline-rich synapse-associated protein 1


分子量: 8184.262 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 193T / 遺伝子: SHANK2, CORTBP1, KIAA1022, PROSAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPX8
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Bis Tris buffer, Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→65 Å / Num. obs: 38500 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 40.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 1.322 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3620 / CC1/2: 0.774 / CC star: 0.934 / Rpim(I) all: 0.3855 / Rrim(I) all: 1.379 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8ATJ

8atj


解像度: 1.95→65 Å / SU ML: 0.2615 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.572
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 1940 5.05 %
Rwork0.2071 36440 -
obs0.2098 38380 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 23 268 3655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00483550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74644817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0399516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0125625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.379460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.3671270.3392432X-RAY DIFFRACTION94.12
2-2.050.35131220.28892601X-RAY DIFFRACTION99.63
2.05-2.110.32131440.25922588X-RAY DIFFRACTION99.93
2.11-2.180.30521290.24322609X-RAY DIFFRACTION99.71
2.18-2.260.34421310.30222486X-RAY DIFFRACTION96.39
2.26-2.350.22931360.22592599X-RAY DIFFRACTION99.78
2.35-2.460.29381380.23772632X-RAY DIFFRACTION99.82
2.46-2.590.28131140.22252601X-RAY DIFFRACTION99.71
2.59-2.750.2581430.2252611X-RAY DIFFRACTION99.6
2.75-2.960.30361410.23392631X-RAY DIFFRACTION99.78
2.96-3.260.33351510.23372613X-RAY DIFFRACTION99.75
3.26-3.730.25251340.19312635X-RAY DIFFRACTION99.39
3.73-4.70.20861760.16622628X-RAY DIFFRACTION99.89
4.7-650.22791540.18292774X-RAY DIFFRACTION99.25
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.55156313779-0.429962520822-1.10144613575.64896040504-0.4635445748964.79099013437-0.0878298274149-0.166018806482-0.216357878220.3419950262850.0244512561782-0.278999407290.0756997554590.2444098192020.05824907198840.297549667239-0.03984880111460.007371374470720.2399342602240.005821524930280.233815624851-27.468914535113.84975919875.14613153336
26.98024296278-3.09501914565-5.647036744467.35970693245.343178325289.112909874720.2392291556930.6248132841740.128470909438-0.8135828676330.0603624288796-0.190996605858-0.722722229354-0.131720520056-0.3803391529590.457783719145-0.1311761093170.01844676430760.4012193622110.01171102480580.328451200675-25.79179377619.0806594018-4.60330854275
39.0693466433-3.81392534464-5.702450731063.463752887633.970003821087.945098107080.06096671520020.515182865556-0.610894528851-0.72036070106-0.391124419780.543366793685-0.292518699215-0.4387555919140.4822879128520.586912664685-0.06677099557520.05482548561970.425602359733-0.06959214665580.453389417077-29.877477528710.2133726173-7.55231108899
42.564925659022.194984628740.6998262146867.7579992966-2.446174568416.58399550467-0.0137789041211-0.1589791721130.02231403406760.8387835533040.3803302025620.653545610666-0.000369666183929-0.450213755522-0.3042521582080.490338292343-0.07978536599590.03607966759090.385300137880.09168708798170.394821502485-30.1282029208-6.41572442208-17.4908872398
53.265519784190.548430185886-1.250482985385.71178777143-0.3205595653599.02973975342-0.000744703580128-0.154913582695-0.226649991387-0.446186178199-0.0589238912708-0.6014581720552.231492430091.510718946290.08741593317520.6376955221310.1040005296010.05289062045140.400922657723-0.003995185291110.345272707198-19.9861824133-5.7754936842-19.6959257519
65.76705013264-1.12777881382-4.63706530837.198874050960.4373119750268.106133030110.102510515851-0.424347302994-0.565088396176-0.0773934993126-0.541931566902-0.8051439692011.406327806171.563524664910.5333113924620.4928433741420.1137068948580.01232493633660.4963920395160.05724632391410.4635785332-14.2197161467-0.745655031167-20.6699593849
76.156846241772.55766178426-2.473095541198.2698307991-4.364283830424.872904391720.2181683847570.03488842377980.5664161086890.4221560717590.05742508409180.364099922704-0.509246645985-0.0579819436089-0.2321307599050.432387949394-0.04280403822980.02228519214850.367457912847-0.01068130901240.383844517117-20.76631464757.27517002147-19.5075506509
84.633220141211.40106324918-1.386395462523.51859192801-1.997863066747.894542084740.8956429375930.2383539464160.440630196001-0.161644538269-0.2392397233760.3821514690090.000363943545416-0.196840354538-0.4862545499940.6130422763210.01375444668550.05977827998210.367256514451-0.02970116570610.425851413291-23.8033157463.94902412527-29.3298983655
97.65378669745-0.83781033003-1.294068119966.72016824198-2.576068183039.311047022650.04229140434680.07731709274720.6293154305780.9346485016170.03916508707310.536138511819-1.12932973274-0.565980039175-0.08562948378350.4699353338230.07641781892370.0605232973540.413086155197-0.01051451636760.468620423145-30.156993402847.16015693443.23917607683
104.75813796657-0.216467762665-2.839745013828.45383713208-2.041006010473.076062265360.203751602257-0.06606282120760.170947363320.252811192171-0.105598964511-0.000616194500318-0.620439612228-0.00114679328111-0.1043367227680.367869219724-0.0498464282819-0.03081062589850.340167051891-0.005833052929260.385813262535-23.438790850842.9979209833-1.22544487247
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1780 through 1809 )AA1780 - 18091 - 30
22chain 'A' and (resid 1810 through 1832 )AA1810 - 183231 - 53
33chain 'A' and (resid 1833 through 1848 )AA1833 - 184854 - 69
44chain 'B' and (resid 1780 through 1787 )BB1780 - 17871 - 8
55chain 'B' and (resid 1788 through 1797 )BB1788 - 17979 - 18
66chain 'B' and (resid 1798 through 1809 )BB1798 - 180919 - 30
77chain 'B' and (resid 1810 through 1832 )BB1810 - 183231 - 53
88chain 'B' and (resid 1833 through 1849 )BB1833 - 184954 - 70
99chain 'C' and (resid 1780 through 1798 )CC1780 - 17981 - 19
1010chain 'C' and (resid 1799 through 1819 )CC1799 - 181920 - 40
1111chain 'C' and (resid 1820 through 1849 )CC1820 - 184841 - 69
1212chain 'D' and (resid 1780 through 1798 )DD1780 - 17981 - 19
1313chain 'D' and (resid 1799 through 1827 )DD1799 - 182720 - 48
1414chain 'D' and (resid 1828 through 1848 )DD - E1828 - 190149
1515chain 'E' and (resid 1780 through 1798 )EF1780 - 17981 - 19
1616chain 'E' and (resid 1799 through 1832 )EF1799 - 183220 - 53
1717chain 'E' and (resid 1833 through 1847 )EF1833 - 184754 - 68
1818chain 'F' and (resid 1781 through 1787 )FH1781 - 17871 - 7
1919chain 'F' and (resid 1788 through 1809 )FH1788 - 18098 - 29
2020chain 'F' and (resid 1810 through 1832 )FH1810 - 183230 - 52
2121chain 'F' and (resid 1833 through 1847 )FH1833 - 184753 - 67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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