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- PDB-8b0r: Structure of the CalpL/cA4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b0r
タイトルStructure of the CalpL/cA4 complex
要素
  • Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
  • SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Protease / CRISPR type III / cOA / cA4 / peptide binding protein
機能・相同性SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / membrane / : / TRIETHYLENE GLYCOL / RNA / SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfurihydrogenibium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schneberger, N. / Hagelueken, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HA 6805/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Antiviral signalling by a cyclic nucleotide activated CRISPR protease.
著者: Rouillon, C. / Schneberger, N. / Chi, H. / Blumenstock, K. / Da Vela, S. / Ackermann, K. / Moecking, J. / Peter, M.F. / Boenigk, W. / Seifert, R. / Bode, B.E. / Schmid-Burgk, J.L. / Svergun, ...著者: Rouillon, C. / Schneberger, N. / Chi, H. / Blumenstock, K. / Da Vela, S. / Ackermann, K. / Moecking, J. / Peter, M.F. / Boenigk, W. / Seifert, R. / Bode, B.E. / Schmid-Burgk, J.L. / Svergun, D. / Geyer, M. / White, M.F. / Hagelueken, G.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年6月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq
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改定 2.12023年7月12日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features
Item: _pdbx_entry_details.compound_details / _pdbx_molecule_features.class ..._pdbx_entry_details.compound_details / _pdbx_molecule_features.class / _pdbx_molecule_features.details / _pdbx_molecule_features.name
改定 3.02023年8月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq
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改定 3.12023年9月20日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 4.02023年12月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq
Item: _atom_site.auth_seq_id / _entity.pdbx_description ..._atom_site.auth_seq_id / _entity.pdbx_description / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
改定 4.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
B: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8076
ポリマ－59,3692
非ポリマー4384
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area22480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.487, 69.487, 256.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

#1: タンパク質 SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein / SAVED domain-containing protein


分子量: 58096.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurihydrogenibium (バクテリア)
株: YO3AOP1 / 遺伝子: SYO3AOP1_0656 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2V8L9
#2: RNA鎖 Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


タイプ: Polycyclic / クラス: Antiviral / 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. Antiviral in context of signalling for Type III CRISPR-Cas systems.
由来: (合成) Sulfurihydrogenibium (バクテリア) / 参照: BIRD: PRD_002431
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. ...Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic oligoadenylate signaling was found to be essential for the type III system against the jumbo phage.
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-Cl pH 8.0, 38.8 % PEG 400, 0.29 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→54.47 Å / Num. obs: 37616 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 8.37
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 3685 / CC1/2: 0.823 / CC star: 0.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4444精密化
PHENIX1.20_4444精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QDA

7qda


解像度: 2.2→54.47 Å / SU ML: 0.277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7319
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 1993 5.3 %
Rwork0.2361 35622 -
obs0.2378 37615 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4078 88 25 165 4356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00164295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42325813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0414662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7476582
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.3221430.27892513X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.320.30881430.26692507X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.380.30951370.28772483X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.460.33451400.26852496X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.550.33891440.2772499X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.3131450.27722509X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.770.31611350.28432502X-RAY DIFFRACTION99.96
2.77-2.920.29241400.26842546X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.10.29531370.27722502X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.340.32111460.25752562X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.680.26821380.23032560X-RAY DIFFRACTION100
3.68-4.210.24051430.20732546X-RAY DIFFRACTION100
4.21-5.30.22221430.19432632X-RAY DIFFRACTION100
5.3-54.470.21431590.20762765X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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