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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b07 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of monkeypox virus methyltransferase VP39 in complex with sinefungin | ||||||
![]() | Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / viral / methyltransferase / vp39 / monkeypox / capping / enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / translation elongation factor activity / methyltransferase cap1 / methylation / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Silhan, J. / Klima, M. / Boura, E. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Discovery and structural characterization of monkeypox virus methyltransferase VP39 inhibitors reveal similarities to SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase. 著者: Silhan, J. / Klima, M. / Otava, T. / Skvara, P. / Chalupska, D. / Chalupsky, K. / Kozic, J. / Nencka, R. / Boura, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35949.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PAPS, MPXV-M2940_FCT-085, MPXV-M2957_Lagos-085, MPXV-M3021_Delta-085, MPXV-M5312_HM12_Rivers-085, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-078, MPXV-Nig_SEV71_2_82-080, MPXV-Singapore-085, MPXV-UK_P1-085, ...遺伝子: PAPS, MPXV-M2940_FCT-085, MPXV-M2957_Lagos-085, MPXV-M3021_Delta-085, MPXV-M5312_HM12_Rivers-085, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-078, MPXV-Nig_SEV71_2_82-080, MPXV-Singapore-085, MPXV-UK_P1-085, MPXV-UK_P2-085, MPXV-UK_P3-085, MPXV-W_Nigeria-080, MPXV297957_076, MPXV298464_067, PDLMKLCO_00090 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM lithium citrate, 14.5% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→49.17 Å / Num. obs: 43138 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 29.19 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2726 / Rpim(I) all: 0.07762 / Rrim(I) all: 0.2836 / Net I/σ(I): 9.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.125 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 2.276 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4205 / CC1/2: 0.448 / CC star: 0.786 / Rpim(I) all: 0.6401 / Rrim(I) all: 2.366 / % possible all: 98.52 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VP3 解像度: 2.05→49.17 Å / SU ML: 0.2501 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.989 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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