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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ayx | ||||||
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タイトル | Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle (PV3 SC8) in complex with GSH and GPP3 | ||||||
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![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / Capsid protein / Glutathione / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
![]() | Bahar, M.W. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A conserved glutathione binding site in poliovirus is a target for antivirals and vaccine stabilisation. 著者: Mohammad W Bahar / Veronica Nasta / Helen Fox / Lee Sherry / Keith Grehan / Claudine Porta / Andrew J Macadam / Nicola J Stonehouse / David J Rowlands / Elizabeth E Fry / David I Stuart / ![]() ![]() 要旨: Strategies to prevent the recurrence of poliovirus (PV) after eradication may utilise non-infectious, recombinant virus-like particle (VLP) vaccines. Despite clear advantages over inactivated or ...Strategies to prevent the recurrence of poliovirus (PV) after eradication may utilise non-infectious, recombinant virus-like particle (VLP) vaccines. Despite clear advantages over inactivated or attenuated virus vaccines, instability of VLPs can compromise their immunogenicity. Glutathione (GSH), an important cellular reducing agent, is a crucial co-factor for the morphogenesis of enteroviruses, including PV. We report cryo-EM structures of GSH bound to PV serotype 3 VLPs showing that it can enhance particle stability. GSH binds the positively charged pocket at the interprotomer interface shown recently to bind GSH in enterovirus F3 and putative antiviral benzene sulphonamide compounds in other enteroviruses. We show, using high-resolution cryo-EM, the binding of a benzene sulphonamide compound with a PV serotype 2 VLP, consistent with antiviral activity through over-stabilizing the interprotomer pocket, preventing the capsid rearrangements necessary for viral infection. Collectively, these results suggest GSH or an analogous tight-binding antiviral offers the potential for stabilizing VLP vaccines. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15725MC ![]() 8ayyC ![]() 8ayzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33562.785 Da / 分子数: 1 / 変異: VP1 T105M, VP1 F132L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Saukett / 細胞株 (発現宿主): PichiaPink / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37623.023 Da / 分子数: 1 / 変異: VP2 L18I, VP2 L215M, VP2 D241E, VP4 T67A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence is given for the VP0 polypeptide. Mutations are numbered according to sequence numbering for mature polypeptides VP2 and VP4. 由来: (組換発現) ![]() 株: Saukett / 細胞株 (発現宿主): PichiaPink / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 26315.100 Da / 分子数: 1 / 変異: VP3 H19Y, VP3 L85F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Saukett / 細胞株 (発現宿主): PichiaPink / 発現宿主: ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-YM2 / |
#5: 化合物 | ChemComp-GSH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human poliovirus 3 / タイプ: VIRUS 詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of poliovirus type 3 (strain Saukett). Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 5.85 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | ||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: Virus shell 1 / 直径: 310 nm / 三角数 (T数): 1 | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Virus-like particle purified by sucrose density gradient purification from Pichia pastoris cells. | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: The specific type of grid used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon AGS187-4 from Agar Scientific. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: 4 ul of sample blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 129629 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 69.78 sec. / 電子線照射量: 34.89 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2503 / 詳細: Pixel sampling of 1.08 A/pixel. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Pixels size was 1.08 A/pixel. All frames were used for motion correction. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 19622 / 詳細: Automated particle picking using crYOLO. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5364 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: Final reconstruction was sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -52.3 Angstroms. クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera and Coot. Global minimization and B-factor refinement was performed in real space using phenix_real.space.refine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1PVC |