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- PDB-8ayt: Crystal structure of SUDV VP40 W95A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ayt
タイトルCrystal structure of SUDV VP40 W95A mutant
要素Matrix protein VP40
キーワードVIRAL PROTEIN / Ebola virus / SUDV / VP40 / matrix protein / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / structural constituent of virion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
EV matrix protein / Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein fold / EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich ...EV matrix protein / Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein fold / EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein VP40
類似検索 - 構成要素
生物種Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Werner, A.-D. / Steinchen, W. / Werel, L. / Kowalski, K. / Essen, L.-O. / Becker, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
LOEWE Center DRUID ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SUDV VP40 W95A mutant
著者: Werner, A.-D. / Becker, S.
履歴
登録2022年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein VP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4881
ポリマ－32,4881
非ポリマー00
水2,180121
1
A: Matrix protein VP40

A: Matrix protein VP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9772
ポリマ－64,9772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1670 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.752, 91.279, 48.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.709, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein VP40 / Membrane-associated protein VP40


分子量: 32488.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: VP40, DF49_53412gpVP40, DH33_45403gpVP40, SEBOVgp3
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0LPL6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5 M potassium chloride 50 mM MOPS 12% (w/v) PEG4000 20% (w/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.6 Å / Num. obs: 22067 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.51 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1406 / CC1/2: 0.912 / % possible all: 98.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LD8

4ld8


解像度: 1.9→45.64 Å / SU ML: 0.1813 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.1826
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1987 1092 4.95 %
Rwork0.167 20958 -
obs0.1685 22050 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1856 0 0 121 1977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84242622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0588324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1318704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.990.27981330.21942614X-RAY DIFFRACTION98.67
1.99-2.090.24581460.17972591X-RAY DIFFRACTION99.24
2.09-2.220.19921410.17882613X-RAY DIFFRACTION98.85
2.22-2.390.24231260.17672612X-RAY DIFFRACTION98.52
2.39-2.630.2031230.18552628X-RAY DIFFRACTION99.28
2.63-3.020.22391540.19022595X-RAY DIFFRACTION99.46
3.02-3.80.20021450.17232619X-RAY DIFFRACTION98.36
3.8-45.640.16341240.14282686X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.793877790021.360821745860.4752085203184.091916865080.06315286562541.36697286788-0.0584706216563-0.007868605150130.133008023984-0.141738061899-0.006861794553320.49352413022-0.00527412829792-0.1529498651110.07113374288010.2046745421440.01960799667840.001136307227260.248578156975-0.002943389113790.266679846826-15.1305669812-20.710543299717.7987863114
27.47507831688-0.499637700685-0.3613368083722.28067300801-2.10440310114.103052175080.0427983714997-0.2440803691050.512162696545-0.358391028060.1895824472080.455800029584-0.303995399038-0.535508396598-0.2098685897920.3854960526850.0560169888601-0.1243352558040.3538249142520.05579392083510.46818860166-21.8560271386-1.950111513721.26326696743
32.93572584665-4.403031437381.615574253717.07930383934-3.066715603794.957712354140.07465226809310.1521145109020.0122659357058-0.821967771027-0.107262945737-0.1859629798620.2893958658260.1027249482680.0295783481410.440109535093-0.0699592549251-0.07492807311410.3949361681960.03471872504410.332684987714-15.2842373585-7.25894184875-1.24173123907
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 185 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 186 through 246 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 247 through 308 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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