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万見
- PDB-8ayh: Structure of Complement C5 in Complex with small molecule inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ayh
タイトルStructure of Complement C5 in Complex with small molecule inhibitor and CVF
要素
  • Cobra venom factor
  • Complement C5 alpha chain
  • Complement C5 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Inhibitor / Protease / Complex / Cryo-EM / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / toxin activity / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment ...Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H1H / Complement C5 / Cobra venom factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Naja kaouthia (コブラ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Srinivas, H.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Other private スイス
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2019
タイトル: A small-molecule inhibitor of C5 complement protein.
著者: Keith Jendza / Mitsunori Kato / Michael Salcius / Honnappa Srinivas / Andrea De Erkenez / Anh Nguyen / Doug McLaughlin / Celine Be / Christian Wiesmann / Jason Murphy / Philippe Bolduc / ...著者: Keith Jendza / Mitsunori Kato / Michael Salcius / Honnappa Srinivas / Andrea De Erkenez / Anh Nguyen / Doug McLaughlin / Celine Be / Christian Wiesmann / Jason Murphy / Philippe Bolduc / Muneto Mogi / Jose Duca / Abdel Namil / Michael Capparelli / Veronique Darsigny / Erik Meredith / Ritesh Tichkule / Luciana Ferrara / Jessica Heyder / Fang Liu / Patricia A Horton / Michael J Romanowski / Markus Schirle / Nello Mainolfi / Karen Anderson / Gregory A Michaud /
要旨: The complement pathway is an important part of the immune system, and uncontrolled activation is implicated in many diseases. The human complement component 5 protein (C5) is a validated drug target ...The complement pathway is an important part of the immune system, and uncontrolled activation is implicated in many diseases. The human complement component 5 protein (C5) is a validated drug target within the complement pathway, as an anti-C5 antibody (Soliris) is an approved therapy for paroxysmal nocturnal hemoglobinuria. Here, we report the identification, optimization and mechanism of action for the first small-molecule inhibitor of C5 complement protein.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2022年12月21日ID: 6I2X
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_obsolete / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Complement C5 beta chain
A: Complement C5 alpha chain
B: Cobra venom factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,4465
ポリマ－370,9783
非ポリマー4692
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13720 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area102960 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Complement C5 beta chain


分子量: 73615.766 Da / 分子数: 1 / 断片: beta chain, UNP residues 1-675 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#2: タンパク質 Complement C5 alpha chain


分子量: 112635.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#3: タンパク質 Cobra venom factor / CVFk / Complement C3 homolog


分子量: 184726.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: Q91132
#4: 化合物 ChemComp-H1H / 5-methoxy-2-[[(1~{S})-1-(2-methoxyphenyl)ethyl]carbamoylamino]-4-(4-methylpentoxy)benzoic acid


分子量: 444.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complement C5-Inhibitor-CVF complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.320 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM HEPES pH 7.5 100mM NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Complement C5-Inhibitor-CVF complex
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 1.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 351000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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