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万見
- EMDB-15713: Structure of Complement C5 in Complex with small molecule inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15713
タイトルStructure of Complement C5 in Complex with small molecule inhibitor and CVF
マップデータ
試料
  • 複合体: Complement C5-Inhibitor-CVF complex
    • タンパク質・ペプチド: Cobra venom factor
  • タンパク質・ペプチド: Complement C5 beta chain
  • タンパク質・ペプチド: Complement C5 alpha chain
  • リガンド: 5-methoxy-2-[[(1~{S})-1-(2-methoxyphenyl)ethyl]carbamoylamino]-4-(4-methylpentoxy)benzoic acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードInhibitor / Protease / Complex / Cryo-EM / Toxin / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / toxin activity / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 ...: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Cobra venom factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Naja kaouthia (コブラ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Srinivas H
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Other private スイス
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2019
タイトル: A small-molecule inhibitor of C5 complement protein.
著者: Keith Jendza / Mitsunori Kato / Michael Salcius / Honnappa Srinivas / Andrea De Erkenez / Anh Nguyen / Doug McLaughlin / Celine Be / Christian Wiesmann / Jason Murphy / Philippe Bolduc / ...著者: Keith Jendza / Mitsunori Kato / Michael Salcius / Honnappa Srinivas / Andrea De Erkenez / Anh Nguyen / Doug McLaughlin / Celine Be / Christian Wiesmann / Jason Murphy / Philippe Bolduc / Muneto Mogi / Jose Duca / Abdel Namil / Michael Capparelli / Veronique Darsigny / Erik Meredith / Ritesh Tichkule / Luciana Ferrara / Jessica Heyder / Fang Liu / Patricia A Horton / Michael J Romanowski / Markus Schirle / Nello Mainolfi / Karen Anderson / Gregory A Michaud /
要旨: The complement pathway is an important part of the immune system, and uncontrolled activation is implicated in many diseases. The human complement component 5 protein (C5) is a validated drug target ...The complement pathway is an important part of the immune system, and uncontrolled activation is implicated in many diseases. The human complement component 5 protein (C5) is a validated drug target within the complement pathway, as an anti-C5 antibody (Soliris) is an approved therapy for paroxysmal nocturnal hemoglobinuria. Here, we report the identification, optimization and mechanism of action for the first small-molecule inhibitor of C5 complement protein.
履歴
登録2022年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
置き換え2023年4月19日ID: EMD-4401
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15713.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.118337534 - 0.23124841
平均 (標準偏差)0.00063536013 (±0.006734457)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15713_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15713_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complement C5-Inhibitor-CVF complex

全体名称: Complement C5-Inhibitor-CVF complex
要素
  • 複合体: Complement C5-Inhibitor-CVF complex
    • タンパク質・ペプチド: Cobra venom factor
  • タンパク質・ペプチド: Complement C5 beta chain
  • タンパク質・ペプチド: Complement C5 alpha chain
  • リガンド: 5-methoxy-2-[[(1~{S})-1-(2-methoxyphenyl)ethyl]carbamoylamino]-4-(4-methylpentoxy)benzoic acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complement C5-Inhibitor-CVF complex

超分子名称: Complement C5-Inhibitor-CVF complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Complement C5 beta chain

分子名称: Complement C5 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.615766 KDa
配列文字列: QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTIQ PKQLPGGQNP VSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP DQSVKVRVYS LNDDLKPAKR ETVLTFIDPE GSEVDMVEEI D HIGIISFP ...文字列:
QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTIQ PKQLPGGQNP VSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP DQSVKVRVYS LNDDLKPAKR ETVLTFIDPE GSEVDMVEEI D HIGIISFP DFKIPSNPRY GMWTIKAKYK EDFSTTGTAY FEVKEYVLPH FSVSIEPEYN FIGYKNFKNF EITIKARYFY NK VVTEADV YITFGIREDL KDDQKEMMQT AMQNTMLING IAQVTFDSET AVKELSYYSL EDLNNKYLYI AVTVIESTGG FSE EAEIPG IKYVLSPYKL NLVATPLFLK PGIPYPIKVQ VKDSLDQLVG GVPVTLNAQT IDVNQETSDL DPSKSVTRVD DGVA SFVLN LPSGVTVLEF NVKTDAPDLP EENQAREGYR AIAYSSLSQS YLYIDWTDNH KALLVGEHLN IIVTPKSPYI DKITH YNYL ILSKGKIIHF GTREKFSDAS YQSINIPVTQ NMVPSSRLLV YYIVTGEQTA ELVSDSVWLN IEEKCGNQLQ VHLSPD ADA YSPGQTVSLN MATGMDSWVA LAAVDSAVYG VQRGAKKPLE RVFQFLEKSD LGCGAGGGLN NANVFHLAGL TFLTNAN AD DSQENDEPCK EILRP

UniProtKB: Complement C5

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分子 #2: Complement C5 alpha chain

分子名称: Complement C5 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 112.635008 KDa
配列文字列: TLQKKIEEIA AKYKHSVVKK CCYDGACVNN DETCEQRAAR ISLGPRCIKA FTECCVVASQ LRANISHKDM QLGRLHMKTL LPVSKPEIR SYFPESWLWE VHLVPRRKQL QFALPDSLTT WEIQGVGISN TGICVADTVK AKVFKDVFLE MNIPYSVVRG E QIQLKGTV ...文字列:
TLQKKIEEIA AKYKHSVVKK CCYDGACVNN DETCEQRAAR ISLGPRCIKA FTECCVVASQ LRANISHKDM QLGRLHMKTL LPVSKPEIR SYFPESWLWE VHLVPRRKQL QFALPDSLTT WEIQGVGISN TGICVADTVK AKVFKDVFLE MNIPYSVVRG E QIQLKGTV YNYRTSGMQF CVKMSAVEGI CTSESPVIDH QGTKSSKCVR QKVEGSSSHL VTFTVLPLEI GLHNINFSLE TW FGKEILV KTLRVVPEGV KRESYSGVTL DPRGIYGTIS RRKEFPYRIP LDLVPKTEIK RILSVKGLLV GEILSAVLSQ EGI NILTHL PKGSAEAELM SVVPVFYVFH YLETGNHWNI FHSDPLIEKQ KLKKKLKEGM LSIMSYRNAD YSYSVWKGGS ASTW LTAFA LRVLGQVNKY VEQNQNSICN SLLWLVENYQ LDNGSFKENS QYQPIKLQGT LPVEARENSL YLTAFTVIGI RKAFD ICPL VKIDTALIKA DNFLLENTLP AQSTFTLAIS AYALSLGDKT HPQFRSIVSA LKREALVKGN PPIYRFWKDN LQHKDS SVP NTGTARMVET TAYALLTSLN LKDINYVNPV IKWLSEEQRY GGGFYSTQDT INAIEGLTEY SLLVKQLRLS MDIDVSY KH KGALHNYKMT DKNFLGRPVE VLLNDDLIVS TGFGSGLATV HVTTVVHKTS TSEEVCSFYL KIDTQDIEAS HYRGYGNS D YKRIVACASY KPSREESSSG SSHAVMDISL PTGISANEED LKALVEGVDQ LFTDYQIKDG HVILQLNSIP SSDFLCVRF RIFELFEVGF LSPATFTVYE YHRPDKQCTM FYSTSNIKIQ KVCEGAACKC VEADCGQMQE ELDLTISAET RKQTACKPEI AYAYKVSIT SITVENVFVK YKATLLDIYK TGEAVAEKDS EITFIKKVTC TNAELVKGRQ YLIMGKEALQ IKYNFSFRYI Y PLDSLTWI EYWPRDTTCS SCQAFLANLD EFAEDIFLNG C

UniProtKB: Complement C5

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分子 #3: Cobra venom factor

分子名称: Cobra venom factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Naja kaouthia (コブラ)
分子量理論値: 184.726734 KDa
配列文字列: MERMALYLVA ALLIGFPGSS HGALYTLITP AVLRTDTEEQ ILVEAHGDST PKQLDIFVHD FPRKQKTLFQ TRVDMNPAGG MLVTPTIEI PAKEVSTDSR QNQYVVVQVT GPQVRLEKVV LLSYQSSFLF IQTDKGIYTP GSPVLYRVFS MDHNTSKMNK T VIVEFQTP ...文字列:
MERMALYLVA ALLIGFPGSS HGALYTLITP AVLRTDTEEQ ILVEAHGDST PKQLDIFVHD FPRKQKTLFQ TRVDMNPAGG MLVTPTIEI PAKEVSTDSR QNQYVVVQVT GPQVRLEKVV LLSYQSSFLF IQTDKGIYTP GSPVLYRVFS MDHNTSKMNK T VIVEFQTP EGILVSSNSV DLNFFWPYNL PDLVSLGTWR IVAKYEHSPE NYTAYFDVRK YVLPSFEVRL QPSEKFFYID GN ENFHVSI TARYLYGEEV EGVAFVLFGV KIDDAKKSIP DSLTRIPIID GDGKATLKRD TFRSRFPNLN ELVGHTLYAS VTV MTESGS DMVVTEQSGI HIVASPYQIH FTKTPKYFKP GMPYELTVYV TNPDGSPAAH VPVVSEAFHS MGTTLSDGTA KLIL NIPLN AQSLPITVRT NHGDLPRERQ ATKSMTAIAY QTQGGSGNYL HVAITSTEIK PGDNLPVNFN VKGNANSLKQ IKYFT YLIL NKGKIFKVGR QPRRDGQNLV TMNLHITPDL IPSFRFVAYY QVGNNEIVAD SVWVDVKDTC MGTLVVKGDN LIQMPG AAM KIKLEGDPGA RVGLVAVDKA VYVLNDKYKI SQAKIWDTIE KSDFGCTAGS GQNNLGVFED AGLALTTSTN LNTKQRS AA KCPQPANRRR RSSVLLLDSN ASKAAEFQDQ DLRKCCEDVM HENPMGYTCE KRAKYIQEGD ACKAAFLECC RYIKGVRD E NQRESELFLA RDDNEDGFIA DSDIISRSDF PKSWLWLTKD LTEEPNSQGI SSKTMSFYLR DSITTWVVLA VSFTPTKGI CVAEPYEIRV MKVFFIDLQM PYSVVKNEQV EIRAILHNYV NEDIYVRVEL LYNPAFCSAS TKGQRYRQQF PIKALSSRAV PFVIVPLEQ GLHDVEIKAS VQEALWSDGV RKKLKVVPEG VQKSIVTIVK LDPRAKGVGG TQLEVIKARK LDDRVPDTEI E TKIIIQGD PVAQIIENSI DGSKLNHLII TPSGCGEQNM IRMAAPVIAT YYLDTTEQWE TLGINRRTEA VNQIVTGYAQ QM VYKKADH SYAAFTNRAS SSWLTAYVVK VFAMAAKMVA GISHEIICGG VRWLILNRQQ PDGAFKENAP VLSGTMQGGI QGA EEEVYL TAFILVALLE SKTICNDYVN SLDSSIKKAT NYLLKKYEKL QRPYTTALTA YALAAADQLN DDRVLMAAST GRDH WEEYN AHTHNIEGTS YALLALLKMK KFDQTGPIVR WLTDQNFYGE TYGQTQATVM AFQALAEYEI QMPTHKDLNL DITIE LPDR EVPIRYRINY ENALLARTVE TKLNQDITVT ASGDGKATMT ILTFYNAQLQ EKANVCNKFH LNVSVENIHL NAMGAK GAL MLKICTRYLG EVDSTMTIID ISMLTGFLPD AEDLTRLSKG VDRYISRYEV DNNMAQKVAV IIYLNKVSHS EDECLHF KI LKHFEVGFIQ PGSVKVYSYY NLDEKCTKFY HPDKGTGLLN KICIGNVCRC AGETCSSLNH QERIDVPLQI EKACETNV D YVYKTKLLRI EEQDGNDIYV MDVLEVIKQG TDENPRAKTH QYISQRKCQE ALNLKVNDDY LIWGSRSDLL PTKDKISYI ITKNTWIERW PHEDECQEEE FQKLCDDFAQ FSYTLTEFGC PT

UniProtKB: Cobra venom factor

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分子 #4: 5-methoxy-2-[[(1~{S})-1-(2-methoxyphenyl)ethyl]carbamoylamino]-4-...

分子名称: 5-methoxy-2-[[(1~{S})-1-(2-methoxyphenyl)ethyl]carbamoylamino]-4-(4-methylpentoxy)benzoic acid
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: H1H
分子量理論値: 444.521 Da
Chemical component information

ChemComp-H1H:
5-methoxy-2-[[(1~{S})-1-(2-methoxyphenyl)ethyl]carbamoylamino]-4-(4-methylpentoxy)benzoic acid

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM HEPES pH 7.5 100mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Complement C5-Inhibitor-CVF complex

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 1.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3pvm

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 351000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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