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- PDB-8ayc: Scalindua brodae amxFabZ, I69G mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ayc
タイトルScalindua brodae amxFabZ, I69G mutant
要素Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / fatty acid biosynthesis
機能・相同性Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / lyase activity / Roll / Alpha Beta / Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
機能・相同性情報
生物種Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Dietl, A. / Barends, T.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)724362European Union
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of an unusual 3-hydroxyacyl dehydratase (FabZ) from a ladderane-producing organism with an unexpected substrate preference.
著者: Dietl, A. / Wellach, K. / Mahadevan, P. / Mertes, N. / Winter, S.L. / Kutsch, T. / Walz, C. / Schlichting, I. / Fabritz, S. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4981
ポリマ－15,4981
非ポリマー00
水97354
1
A: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9886
ポリマ－92,9886
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area13200 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area30000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.598, 104.598, 79.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-251-

HOH

21A-253-

HOH

31A-254-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase


分子量: 15498.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Scalindua brodae amxFabZ I69G mutant
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EHL2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0 M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.746→39.39 Å / Num. obs: 15812 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 46.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.746→1.817 Å / Rmerge(I) obs: 0.876 / Num. unique obs: 793 / CC1/2: 0.423

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1U1Z

1u1z


解像度: 1.75→39.39 Å / SU ML: 0.2071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7774
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 1582 10.01 %
Rwork0.1822 14230 -
obs0.1842 15812 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1017 0 0 54 1071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8871408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0657168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7401384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80.3396510.3867460X-RAY DIFFRACTION33.25
1.8-1.870.34971340.31021200X-RAY DIFFRACTION86.74
1.87-1.940.29111480.23531337X-RAY DIFFRACTION95.99
1.94-2.030.23591530.18091384X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.140.20151550.16451389X-RAY DIFFRACTION99.87
2.14-2.270.20351570.17271406X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.450.20631550.16661400X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.690.22541540.18341393X-RAY DIFFRACTION99.94
2.69-3.080.22491570.19071408X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.880.19631580.17611417X-RAY DIFFRACTION99.81
3.88-39.390.18281600.18071436X-RAY DIFFRACTION97.67
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.95733847078 Å / Origin y: 21.8162410012 Å / Origin z: 5.52083718642 Å
111213212223313233
T0.460099678931 Å2-3.29912100686E-5 Å20.0958527393898 Å2-0.410457700058 Å2-0.0564453903467 Å2--0.495262011912 Å2
L2.36923589875 °2-0.508970107383 °20.274292593245 °2-1.09408239759 °20.0128604130547 °2--1.16424306623 °2
S0.0848155744625 Å °-0.206857343973 Å °0.442080933686 Å °0.0365860417758 Å °0.160646342781 Å °-0.19550914368 Å °-0.177641309081 Å °0.0272800790941 Å °8.51558281609E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1 through 141)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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