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- PDB-8ay0: Crystal Structure of the peptide binding protein DppE from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ay0
タイトルCrystal Structure of the peptide binding protein DppE from Bacillus subtilis in complex with murein tripeptide
要素Dipeptide-binding protein DppE
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Peptide-binding protein / murein tripeptide / Bacillus subtilis
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-DIAMINOPIMELIC ACID / Dipeptide-binding protein DppE
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Hughes, A.M. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2022
タイトル: Peptide transport in Bacillus subtilis - structure and specificity in the extracellular solute binding proteins OppA and DppE.
著者: Hughes, A.M. / Darby, J.F. / Dodson, E.J. / Wilson, S.J. / Turkenburg, J.P. / Thomas, G.H. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptide-binding protein DppE
B: Dipeptide-binding protein DppE
C: Dipeptide-binding protein DppE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,20033
ポリマ－178,5043
非ポリマー2,69630
水21,7261206
1
A: Dipeptide-binding protein DppE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,72316
ポリマ－59,5011
非ポリマー1,22215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dipeptide-binding protein DppE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,27510
ポリマ－59,5011
非ポリマー7749
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dipeptide-binding protein DppE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2027
ポリマ－59,5011
非ポリマー7016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.855, 61.310, 124.073
Angle α, β, γ (deg.)78.088, 82.672, 61.597
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Dipeptide-binding protein DppE


分子量: 59501.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: dppE, dciAE, BSU12960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26906
#2: 化合物 ChemComp-MHI / L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-DIAMINOPIMELIC ACID / (2S,6R)-6-アミノ-2-[(L-Ala-D-γGlu-)アミノ]ヘプタン二酸


分子量: 390.389 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals of DppE suitable for X-ray analysis were obtained from hanging drops formed by mixing 1 mircol of reservoir solution containing 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 8.5, 0.4 M MgCl2, 22.5 % PEG ...詳細: Crystals of DppE suitable for X-ray analysis were obtained from hanging drops formed by mixing 1 mircol of reservoir solution containing 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 8.5, 0.4 M MgCl2, 22.5 % PEG 3350 and 2.5 % DMSO with 1 microl of protein at 13 mg.ml-1 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→60.74 Å / Num. obs: 233391 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
8.27-60.670.02114370.9980.0210.03
1.51-1.540.759113060.5720.7591.073

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
REFMAC5.8.0352精密化
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FAJ

4faj


解像度: 1.51→60.739 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.305 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 11490 4.923 %
Rwork0.1845 221900 -
all0.186 --
obs-233390 96.293 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å2-0.029 Å21.355 Å2
2--0.324 Å2-2.004 Å2
3----0.326 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→60.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11876 0 177 1206 13259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01212365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01611001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.65416709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5221.56925790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69751480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.743540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.104102091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.16910630
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.22286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.210402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.25986
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.26210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0440.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0240.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1680.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2780.249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0732.5555902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0722.5555902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8353.8257370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8353.8267371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.862.8216463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.862.8216464
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.244.1019333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.244.1019334
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.68637.88314125
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.68537.88314125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.51-1.5490.3327890.322160440.323179160.9070.91293.95510.321
1.549-1.5920.2957750.303157690.303175200.9280.92294.42920.299
1.592-1.6380.2967800.282153810.282170050.9280.93395.03680.273
1.638-1.6880.297770.267149130.269165080.9330.94295.04480.257
1.688-1.7430.2787560.251145300.252159840.9410.95195.63310.238
1.743-1.8050.2577200.226140560.228154200.9530.96195.82360.213
1.805-1.8730.2516700.216135870.218148880.9570.96695.76170.2
1.873-1.9490.2616650.205131940.208143780.9530.97196.39030.189
1.949-2.0360.2366980.197126190.199138300.9610.97496.29070.184
2.036-2.1350.2496050.19120780.193131120.9580.97796.72820.179
2.135-2.250.2256710.18115440.183125710.9660.97997.16810.172
2.25-2.3860.2085530.171109360.173118110.9710.98197.27370.166
2.386-2.5510.2115320.163103220.165111230.970.98397.58160.16
2.551-2.7550.2065640.16295980.165103640.9730.98498.05090.162
2.755-3.0170.2174500.16788750.1794910.9710.98298.2510.172
3.017-3.3720.2094220.16980870.17186490.9730.98398.38130.178
3.372-3.8920.2033900.16270710.16475590.9750.98598.70350.179
3.892-4.7620.173540.13660070.13864440.9840.98998.7120.16
4.762-6.7130.1932090.16647060.16749680.9820.98898.93320.192
6.713-60.7390.1941100.16425840.16527550.9810.98297.78580.197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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