PDB-8axy: Staphylococcus aureus endonuclease IV orthorhombic crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8axy

タイトル

Staphylococcus aureus endonuclease IV orthorhombic crystal form

要素

Probable endonuclease 4

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

endonuclease 4 (エンドヌクレアーゼ) /

DNA repair (DNA修復) /

metalloenzyme (金属タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribonuclease IV /

deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity /

DNA修復 /

DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Rouvinski, A. / Kirillov, S. / Saper, M.A. / Wiener, R. / Isupov, M.N.

資金援助

イスラエル, Kazakhstan, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Octahedrally coordinated iron in the catalytic site of endonuclease IV from Staphylococcus aureus
著者: Kirillov, S. / Isupov, M.N. / Paterson, N. / Wiener, R. / Abeldenov, S. / Saper, M.A. / Rouvinski, A.

履歴

登録	2022年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8axy.cif.gz	263.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8axy.ent.gz	207.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8axy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8eddC 1xp3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Probable endonuclease 4

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.857, 82.581, 105.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable endonuclease 4 / Endodeoxyribonuclease IV / Endonuclease IV 分子量: 33215.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: nfo, SAR1634 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GGE2, deoxyribonuclease IV
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: - 0.1 M HEPES pH 7.0 - 2.2 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→52.545 Å / Num. obs: 156665 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 1.882 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 7372 / CC_1/2: 0.319 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1xp3

1xp3

解像度: 1.05→52.545 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 1.164 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1577	7783	4.975 %
R_work	0.1358	148645	-
all	0.137	-	-
obs	-	156428	98.942 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.324 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.042 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.795 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.754 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→52.545 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2333	0	63	521	2917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.566	1.649	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.505	1.593	6047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.01	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.184	24.248	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.21	15	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.411	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	563
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.023	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.126	1.235	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.124	1.233	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.566	1.865	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.566	1.867	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.685	1.567	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.562	1.529	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.187	2.268	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.978	2.198	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.006	18.045	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.993	16.033	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.488	3	5304

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.05-1.077	0.366	537	0.369	10376	0.368	11533	0.087	0.09	94.6241	0.365
1.077-1.107	0.306	551	0.32	10500	0.319	11283	0.604	0.6	97.9438	0.32
1.107-1.139	0.273	540	0.271	10271	0.271	10986	0.813	0.817	98.4071	0.269
1.139-1.174	0.237	527	0.241	9952	0.241	10639	0.881	0.874	98.4961	0.232
1.174-1.212	0.236	509	0.218	9744	0.219	10386	0.889	0.892	98.7194	0.206
1.212-1.255	0.201	487	0.199	9425	0.199	10023	0.917	0.914	98.8925	0.183
1.255-1.302	0.182	456	0.171	9127	0.171	9662	0.934	0.935	99.1824	0.151
1.302-1.355	0.165	486	0.145	8732	0.146	9272	0.949	0.955	99.4176	0.122
1.355-1.416	0.153	438	0.125	8492	0.127	8971	0.959	0.966	99.543	0.105
1.416-1.485	0.142	439	0.11	8115	0.112	8581	0.969	0.975	99.6854	0.092
1.485-1.565	0.122	423	0.095	7718	0.096	8167	0.979	0.984	99.6816	0.078
1.565-1.66	0.128	410	0.088	7338	0.09	7753	0.979	0.986	99.9355	0.074
1.66-1.774	0.12	362	0.089	6906	0.091	7273	0.983	0.986	99.9313	0.076
1.774-1.916	0.116	314	0.09	6477	0.091	6791	0.985	0.988	100	0.079
1.916-2.099	0.121	288	0.099	5976	0.1	6266	0.984	0.987	99.9681	0.09
2.099-2.346	0.12	281	0.094	5441	0.095	5722	0.984	0.988	100	0.085
2.346-2.708	0.125	255	0.103	4804	0.105	5059	0.983	0.984	100	0.093
2.708-3.315	0.141	227	0.124	4105	0.125	4333	0.979	0.98	99.9769	0.117
3.315-4.678	0.153	168	0.121	3232	0.122	3400	0.98	0.983	100	0.122
4.678-52.545	0.274	84	0.237	1914	0.238	1999	0.959	0.957	99.95	0.244

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)