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- PDB-8axp: Neisseria gonorrhoeae peptidyl-tRNA hydrolase complexed with an X... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8axp
タイトルNeisseria gonorrhoeae peptidyl-tRNA hydrolase complexed with an XChem hit.
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)phenyl]acetamide / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Roe, S.M. / Fearon, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Org.Lett. / 年: 2022
タイトル: Synthesis of a Thiazole Library via an Iridium-Catalyzed Sulfur Ylide Insertion Reaction.
著者: Hassell-Hart, S. / Speranzini, E. / Srikwanjai, S. / Hossack, E. / Roe, S.M. / Fearon, D. / Akinbosede, D. / Hare, S. / Spencer, J.
履歴
登録2022年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,09811
ポリマ－42,9592
非ポリマー1,1399
水5,260292
1
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0976
ポリマ－21,4801
非ポリマー6185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0015
ポリマ－21,4801
非ポリマー5214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.440, 71.510, 146.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH


分子量: 21479.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: NCCP11945 / 遺伝子: pth, NGK_0538 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4RK78, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-O0J / N-[4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)phenyl]acetamide


分子量: 233.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.95
詳細: 60uL of the reservoir solution (100 mM Bis-Tris Propane pH 5.95, 200 mM Li2SO4 and 30% PEG 3350) was pipetted into the wells. The drop volume was 0.5uL, composed of 200 nL of 13.7 mg/mL ...詳細: 60uL of the reservoir solution (100 mM Bis-Tris Propane pH 5.95, 200 mM Li2SO4 and 30% PEG 3350) was pipetted into the wells. The drop volume was 0.5uL, composed of 200 nL of 13.7 mg/mL gonoccocal Pth, 200 nL reservoir solution and 100 nL seed crystals. The plate was sealed quickly and kept in an incubator at 18C and the single crystals appeared in 2-7 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→37.4 Å / Num. obs: 38126 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 27.96 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.042 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2032 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.841 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5..8.0349精密化
PHENIX1.20_4459精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QT4

4qt4


解像度: 1.83→37.4 Å / SU ML: 0.3752 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 46.0471
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3641 1916 5.1 %
Rwork0.3345 35667 -
obs0.336 37583 90.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2965 0 67 292 3324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00563101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88164195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0527430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7197434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.880.49651560.4122749X-RAY DIFFRACTION99.59
1.88-1.930.49111080.46842148X-RAY DIFFRACTION79.02
1.93-1.980.6173580.54161252X-RAY DIFFRACTION45.41
1.98-2.050.63631170.55412662X-RAY DIFFRACTION95.53
2.05-2.120.46591390.4482724X-RAY DIFFRACTION99.31
2.12-2.210.45651270.46422798X-RAY DIFFRACTION99.52
2.21-2.310.7493950.6011743X-RAY DIFFRACTION62.99
2.31-2.430.60251360.47032657X-RAY DIFFRACTION95.65
2.43-2.580.38151460.37232796X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.780.33591580.35532775X-RAY DIFFRACTION99.76
2.78-3.060.39141650.35572799X-RAY DIFFRACTION99.83
3.06-3.50.34981450.3122822X-RAY DIFFRACTION99.8
3.5-4.410.3041920.2582759X-RAY DIFFRACTION97.33
4.41-37.40.24291740.21052983X-RAY DIFFRACTION99.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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