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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8axf | ||||||
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Title | Crystal structure of FMV N bound to 42-mer ssRNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / nucleoprotein / genome packaging / virus / RNA / Fig Mosaic Virus | ||||||
Function / homology | viral nucleocapsid / RNA / RNA (> 10) / Nucleocapsid protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Izhaki-Tavor, L. / Yechezkel, I. / Dessau, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: RNA Encapsulation Mode and Evolutionary Insights from the Crystal Structure of Emaravirus Nucleoprotein. Authors: Izhaki-Tavor, L.S. / Yechezkel, I.G. / Alter, J. / Dessau, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 474.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 390.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 487.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 502.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 41.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ax4SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35168.285 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: nucleoprotein / Mutation: N45 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: RNA chain | | Mass: 12814.002 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.9 / Details: 20% PEG 3350 0.2 M Mg-formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 18, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.072 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.54→48.49 Å / Num. obs: 45871 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 7.321 % / Biso Wilson estimate: 69.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.865 / Net I/σ(I): 13.34 / Num. measured all: 335806 / Scaling rejects: 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8AX4 Resolution: 2.54→48.49 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 202.49 Å2 / Biso mean: 82.2027 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.54→48.49 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -27.7967 Å / Origin y: 5.9495 Å / Origin z: 60.7915 Å
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Refinement TLS group |
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