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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ax4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of FMV N in its RNA-free form | |||||||||
![]() | Nucleocapsid protein | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / nucleoprotein / genome packaging / virus / RNA / Fig Mosaic Virus | |||||||||
Function / homology | viral nucleocapsid / Nucleocapsid protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Izhaki-Tavor, L. / Yechezkel, I. / Dessau, M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: RNA Encapsulation Mode and Evolutionary Insights from the Crystal Structure of Emaravirus Nucleoprotein. Authors: Izhaki-Tavor, L.S. / Yechezkel, I.G. / Alter, J. / Dessau, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 441.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 364.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 465.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 473.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8axfC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35168.285 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: nucleoprotein / Mutation: N45 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-TRS / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 3.45 mM Sodium Formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.072 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→48.46 Å / Num. obs: 82002 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.611 % / Biso Wilson estimate: 37.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 15.31 / Num. measured all: 296115 / Scaling rejects: 112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.34 Å2 / Biso mean: 42.789 Å2 / Biso min: 22.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.28→48.46 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 31.0359 Å / Origin y: 26.0389 Å / Origin z: 14.1097 Å
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Refinement TLS group |
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