PDB-8axc: Crystal structure of mouse Ces2c

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8axc

タイトル

Crystal structure of mouse Ces2c

要素

Acylcarnitine hydrolase

キーワード

HYDROLASE / carboxylesterase 2c / protein structure / lipid metabolism / X-ray crystallography / alpha/beta-hydrolase fold / biochemistry / lipid hydrolysis / non-alcoholic fatty liver disease / molnupiravir

機能・相同性

機能・相同性情報

acylcarnitine hydrolase / acylcarnitine hydrolase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, all-trans-retinol forming activity / response to bile acid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / prostaglandin metabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Eisner, H. / Riegler-Berket, L. / Rodriguez Gamez, C. / Sagmeister, T. / Chalhoub, G. / Darnhofer, B. / Panikkaveetil Jawaharlal, J. / Birner-Gruenberger, R. / Pavkov-Keller, T. / Haemmerle, G. ...

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: The Crystal Structure of Mouse Ces2c, a Potential Ortholog of Human CES2, Shows Structural Similarities in Substrate Regulation and Product Release to Human CES1.
著者: Eisner, H. / Riegler-Berket, L. / Gamez, C.F.R. / Sagmeister, T. / Chalhoub, G. / Darnhofer, B. / Jazleena, P.J. / Birner-Gruenberger, R. / Pavkov-Keller, T. / Haemmerle, G. / Schoiswohl, G. / Oberer, M.

履歴

登録	2022年8月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8axc.cif.gz	763.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8axc.ent.gz	641.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8axc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8axc_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8axc_full_validation.pdf.gz	506.7 KB	表示
XML形式データ	8axc_validation.xml.gz	86.5 KB	表示
CIF形式データ	8axc_validation.cif.gz	128 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mx9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acylcarnitine hydrolase

B: Acylcarnitine hydrolase

C: Acylcarnitine hydrolase

D: Acylcarnitine hydrolase

ヘテロ分子

251 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acylcarnitine hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Acylcarnitine hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Acylcarnitine hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Acylcarnitine hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.052, 143.595, 183.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	GLN	GLN	A	A	29 - 549	29 - 549
2	1	1	SER	SER	GLN	GLN	B	B	29 - 549	29 - 549
3	2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	31 - 550	31 - 550
4	2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	31 - 550	31 - 550
5	3	3	PRO	PRO	GLN	GLN	A	A	30 - 549	30 - 549
6	3	3	PRO	PRO	GLN	GLN	D	D	30 - 549	30 - 549
7	4	4	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	31 - 550	31 - 550
8	4	4	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	31 - 550	31 - 550
9	5	5	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	30 - 560	30 - 560
10	5	5	PRO	PRO	GLU	GLU	D	D	30 - 560	30 - 560
11	6	6	GLU	GLU	GLN	GLN	C	C	31 - 549	31 - 549
12	6	6	GLU	GLU	GLN	GLN	D	D	31 - 549	31 - 549

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Acylcarnitine hydrolase / ACH M1 / Carboxylesterase 2 / CES 2 / Carboxylic ester hydrolase / Peroxisome proliferator- ...ACH M1 / Carboxylesterase 2 / CES 2 / Carboxylic ester hydrolase / Peroxisome proliferator-inducible acylcarnitine hydrolase 分子量: 62532.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ces2c, Ces2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q91WG0, acylcarnitine hydrolase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド分子量: 122.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystallisation condition 0.5 ul with PEG 8000, 0.2 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium cacodylate, pH-6.5, 30 % w/v and 0.5 ul 10mg/ml Protein in 150mM NaCl, 20mM Tris HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0121 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0121 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→49.05 Å / Num. obs: 145761 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0906 / Net I/σ(I): 15.23
反射シェル	解像度: 2.12→2.196 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.5328 / Num. unique obs: 14158 / CC_1/2: 0.881 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MX9

1mx9

解像度: 2.12→49.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.183 / WR_factor R_work: 0.151 / Average fsc free: 0.9437 / Average fsc work: 0.9526 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1959	7342	5.037 %
R_work	0.163	138415	-
all	0.165	-	-
obs	-	145757	99.004 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.009 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.008 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→49.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16161	0	63	1517	17741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	16996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.015	15644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.635	23158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.303	1.569	36170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.685	5	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.54	22.985	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.596	15	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.778	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	19500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	3337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	13467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	8130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.066	0.2	6729
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.265	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.951	3.182	8435
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.948	3.182	8434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.246	4.75	10582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.247	4.751	10583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.097	3.687	8561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.096	3.688	8560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.358	5.314	12559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.357	5.314	12559
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.16	38.272	19043
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.093	37.98	18717
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.09	0.05	16858
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.078	0.05	16699
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.078	0.05	16756
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.078	0.05	16671
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.069	0.05	17251
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.074	0.05	16768

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08995	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08995	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07839	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07839	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07758	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07758	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0784	0.05008
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0784	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06892	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06892	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07446	0.05008
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07446	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.175	0.237	528	0.21	9992	X-RAY DIFFRACTION	97.3804
2.175-2.235	0.222	562	0.194	9797	X-RAY DIFFRACTION	98.8171
2.235-2.299	0.208	507	0.175	9647	X-RAY DIFFRACTION	99.5197
2.299-2.37	0.225	425	0.178	9450	X-RAY DIFFRACTION	99.5564
2.37-2.448	0.201	470	0.167	9163	X-RAY DIFFRACTION	99.5145
2.448-2.534	0.204	444	0.163	8853	X-RAY DIFFRACTION	99.6997
2.534-2.629	0.189	485	0.159	8477	X-RAY DIFFRACTION	99.744
2.629-2.737	0.207	439	0.163	8223	X-RAY DIFFRACTION	99.7237
2.737-2.858	0.212	436	0.166	7869	X-RAY DIFFRACTION	99.4968
2.858-2.998	0.189	370	0.16	7494	X-RAY DIFFRACTION	98.4477
2.998-3.16	0.19	369	0.169	6954	X-RAY DIFFRACTION	96.2034
3.16-3.351	0.208	398	0.174	6744	X-RAY DIFFRACTION	99.5401
3.351-3.582	0.212	355	0.168	6410	X-RAY DIFFRACTION	99.5732
3.582-3.869	0.208	322	0.155	5973	X-RAY DIFFRACTION	99.4628
3.869-4.238	0.171	288	0.137	5516	X-RAY DIFFRACTION	99.3495
4.238-4.737	0.147	268	0.126	5017	X-RAY DIFFRACTION	99.3982
4.737-5.468	0.175	221	0.144	4454	X-RAY DIFFRACTION	99.3624
5.468-6.693	0.207	177	0.176	3669	X-RAY DIFFRACTION	95.6716
6.693-9.45	0.183	164	0.168	2992	X-RAY DIFFRACTION	100

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