PDB-8ax4: Crystal structure of FMV N in its RNA-free form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ax4

タイトル

Crystal structure of FMV N in its RNA-free form

要素

Nucleocapsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / nucleoprotein / genome packaging / virus / RNA / Fig Mosaic Virus

機能・相同性

viral nucleocapsid / Nucleocapsid protein

機能・相同性情報

生物種

Emaravirus fici (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Izhaki-Tavor, L. / Yechezkel, I. / Dessau, M.

資金援助

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: RNA Encapsulation Mode and Evolutionary Insights from the Crystal Structure of Emaravirus Nucleoprotein.
著者: Izhaki-Tavor, L.S. / Yechezkel, I.G. / Alter, J. / Dessau, M.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ax4.cif.gz	441.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ax4.ent.gz	364.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ax4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8ax4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8ax4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8axfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.870, 96.920, 103.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nucleocapsid protein 分子量: 35168.285 Da / 分子数: 4 / 断片: nucleoprotein / 変異: N45 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emaravirus fici (ウイルス) / 遺伝子: NP / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: I2FFM8
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.45 mM Sodium Formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 1.072 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.072 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→48.46 Å / Num. obs: 82002 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.611 % / B_iso Wilson estimate: 37.96 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 15.31 / Num. measured all: 296115 / Scaling rejects: 112

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.28-2.34	3.643	1.618	0.94	21934	6072	6021	0.508	1.897	99.2
2.34-2.4	3.726	1.32	1.15	22139	5993	5941	0.572	1.542	99.1
2.4-2.47	3.707	1.025	1.49	21270	5803	5738	0.702	1.2	98.9
2.47-2.55	3.679	0.802	1.81	20458	5611	5560	0.789	0.939	99.1
2.55-2.63	3.683	0.608	2.4	19932	5460	5412	0.83	0.712	99.1
2.63-2.73	3.646	0.449	3.21	19056	5288	5227	0.912	0.527	98.8
2.73-2.83	3.545	0.34	4.08	17883	5092	5045	0.94	0.4	99.1
2.83-2.94	3.238	0.255	4.93	15554	4933	4804	0.945	0.306	97.4
2.94-3.07	3.747	0.192	7.27	17486	4684	4667	0.981	0.223	99.6
3.07-3.22	3.784	0.126	10.67	17004	4524	4494	0.993	0.147	99.3
3.22-3.4	3.734	0.095	13.69	15781	4259	4226	0.994	0.11	99.2
3.4-3.6	3.67	0.057	20.56	14765	4061	4023	0.998	0.067	99.1
3.6-3.85	3.603	0.04	27.96	13643	3840	3787	0.999	0.047	98.6
3.85-4.16	3.303	0.03	33.92	11411	3549	3455	0.999	0.036	97.4
4.16-4.56	3.365	0.023	43.08	10859	3301	3227	0.999	0.027	97.8
4.56-5.1	3.668	0.022	46.99	10767	2958	2935	0.999	0.025	99.2
5.1-5.89	3.627	0.021	48.57	9471	2635	2611	0.999	0.024	99.1
5.89-7.21	3.447	0.018	51.64	7562	2225	2194	0.999	0.021	98.6
7.21-10.2	3.345	0.013	68.02	5626	1756	1682	1	0.015	95.8
10.2-48.46	3.687	0.012	76.99	3514	992	953	1	0.014	96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.28→48.46 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	1927	2.51 %
R_work	0.2167	74799	-
obs	0.2168	76726	91.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.34 Å² / B_iso mean: 42.789 Å² / B_iso min: 22.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.28→48.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8267	0	8	760	9035
B_iso mean	-	-	46.22	46.4	-
残基数	-	-	-	-	1039

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.28-2.34	0.3158	64	0.3337	2232	2296	39
2.34-2.4	0.3738	83	0.3325	3307	3390	57
2.4-2.47	0.2864	142	0.3444	5303	5445	92
2.47-2.55	0.3406	148	0.316	5791	5939	100
2.55-2.64	0.3006	148	0.2986	5791	5939	100
2.64-2.75	0.2524	144	0.2806	5774	5918	100
2.75-2.87	0.2833	151	0.2644	5805	5956	100
2.87-3.02	0.258	145	0.2462	5810	5955	100
3.02-3.21	0.2229	154	0.2275	5782	5936	100
3.21-3.46	0.2465	141	0.2206	5857	5998	100
3.46-3.81	0.1815	152	0.1819	5769	5921	100
3.81-4.36	0.1791	149	0.162	5806	5955	99
4.36-5.49	0.1585	152	0.1687	5857	6009	100
5.49-48.46	0.1977	154	0.1873	5915	6069	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 31.0359 Å / Origin y: 26.0389 Å / Origin z: 14.1097 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2496 Å²	0.0172 Å²	0.0189 Å²	-	0.2747 Å²	0.0251 Å²	-	-	0.2858 Å²
L	0.1423 °²	0.0926 °²	-0.0105 °²	-	0.341 °²	0.153 °²	-	-	0.3133 °²
S	0.0107 Å °	0.0032 Å °	-0.0209 Å °	-0.0359 Å °	-0.0429 Å °	-0.0206 Å °	-0.0177 Å °	-0.0086 Å °	0.0322 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	53 - 312
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	52 - 310
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	51 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	337
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	52 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	Z	1 - 779

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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