ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.20.1_4487精密化 | XSCALE | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | AutoSol | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.28→48.46 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2204 | 1927 | 2.51 % |
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Rwork | 0.2167 | 74799 | - |
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obs | 0.2168 | 76726 | 91.79 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 113.34 Å2 / Biso mean: 42.789 Å2 / Biso min: 22.37 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.28→48.46 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 8267 | 0 | 8 | 760 | 9035 |
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Biso mean | - | - | 46.22 | 46.4 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 1039 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.28-2.34 | 0.3158 | 64 | 0.3337 | 2232 | 2296 | 39 | 2.34-2.4 | 0.3738 | 83 | 0.3325 | 3307 | 3390 | 57 | 2.4-2.47 | 0.2864 | 142 | 0.3444 | 5303 | 5445 | 92 | 2.47-2.55 | 0.3406 | 148 | 0.316 | 5791 | 5939 | 100 | 2.55-2.64 | 0.3006 | 148 | 0.2986 | 5791 | 5939 | 100 | 2.64-2.75 | 0.2524 | 144 | 0.2806 | 5774 | 5918 | 100 | 2.75-2.87 | 0.2833 | 151 | 0.2644 | 5805 | 5956 | 100 | 2.87-3.02 | 0.258 | 145 | 0.2462 | 5810 | 5955 | 100 | 3.02-3.21 | 0.2229 | 154 | 0.2275 | 5782 | 5936 | 100 | 3.21-3.46 | 0.2465 | 141 | 0.2206 | 5857 | 5998 | 100 | 3.46-3.81 | 0.1815 | 152 | 0.1819 | 5769 | 5921 | 100 | 3.81-4.36 | 0.1791 | 149 | 0.162 | 5806 | 5955 | 99 | 4.36-5.49 | 0.1585 | 152 | 0.1687 | 5857 | 6009 | 100 | 5.49-48.46 | 0.1977 | 154 | 0.1873 | 5915 | 6069 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 31.0359 Å / Origin y: 26.0389 Å / Origin z: 14.1097 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.2496 Å2 | 0.0172 Å2 | 0.0189 Å2 | - | 0.2747 Å2 | 0.0251 Å2 | - | - | 0.2858 Å2 |
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L | 0.1423 °2 | 0.0926 °2 | -0.0105 °2 | - | 0.341 °2 | 0.153 °2 | - | - | 0.3133 °2 |
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S | 0.0107 Å ° | 0.0032 Å ° | -0.0209 Å ° | -0.0359 Å ° | -0.0429 Å ° | -0.0206 Å ° | -0.0177 Å ° | -0.0086 Å ° | 0.0322 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA53 - 312 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB52 - 310 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC51 - 311 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC337 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allD52 - 310 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allZ1 - 779 | | | | | | | | | | | | |
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