+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ax4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of FMV N in its RNA-free form | |||||||||
Components | Nucleocapsid protein | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / nucleoprotein / genome packaging / virus / RNA / Fig Mosaic Virus | |||||||||
Function / homology | viral nucleocapsid / Nucleocapsid protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Emaravirus fici | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 2.28 Å | |||||||||
Authors | Izhaki-Tavor, L. / Yechezkel, I. / Dessau, M. | |||||||||
Funding support | Israel, 2items
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Citation | Journal: Microbiol Spectr / Year: 2023 Title: RNA Encapsulation Mode and Evolutionary Insights from the Crystal Structure of Emaravirus Nucleoprotein. Authors: Izhaki-Tavor, L.S. / Yechezkel, I.G. / Alter, J. / Dessau, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ax4.cif.gz | 441.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ax4.ent.gz | 364.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ax4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8ax4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8ax4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8axfC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35168.285 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: nucleoprotein / Mutation: N45 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Emaravirus fici / Gene: NP / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: I2FFM8 #2: Chemical | ChemComp-TRS / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 3.45 mM Sodium Formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 1.072 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.072 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→48.46 Å / Num. obs: 82002 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.611 % / Biso Wilson estimate: 37.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 15.31 / Num. measured all: 296115 / Scaling rejects: 112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 2.28→48.46 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.34 Å2 / Biso mean: 42.789 Å2 / Biso min: 22.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.28→48.46 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 31.0359 Å / Origin y: 26.0389 Å / Origin z: 14.1097 Å
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Refinement TLS group |
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