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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8awy
タイトルMillisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Serial measurement Xylose Isomerase with 2,3-butanediol at 50ms
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / Xylose Isomerase / Glucose Isomerase / Humidity serial measurement / time-resolved crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / : / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Meso-2,3-Butanediol / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Doepke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. ...Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Doepke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger simplifies time-resolved crystallography.
著者: Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / ...著者: Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C.
履歴
登録2022年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4465
ポリマ－43,2831
非ポリマー1634
水8,755486
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,78520
ポリマ－173,1334
非ポリマー65216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area31150 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area46020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.700, 102.350, 99.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-533-

HOH

21A-681-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
遺伝子: xylA / 発現宿主: Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BU9 / Meso-2,3-Butanediol / meso-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→71.27 Å / Num. obs: 62424 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 662 % / Biso Wilson estimate: 11.75 Å2 / CC1/2: 0.9792 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 6154 / CC1/2: 0.9519
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RNF

6rnf


解像度: 1.6→71.27 Å / SU ML: 0.1418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.7186
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 3219 5.16 %
Rwork0.1743 59202 -
obs0.1753 62421 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→71.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3046 0 9 486 3541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84654338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.26051300.23032527X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.650.20331270.20232553X-RAY DIFFRACTION99.96
1.65-1.680.20611440.18922551X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.710.17331220.18572578X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.740.1851480.1832539X-RAY DIFFRACTION99.93
1.74-1.770.1991330.17542560X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.810.19741580.17082542X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.840.2061280.17912548X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.21881470.18692556X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.22081650.19192536X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.21731900.21242465X-RAY DIFFRACTION99.92
1.99-2.050.19541700.18352534X-RAY DIFFRACTION99.96
2.05-2.110.19291390.17452572X-RAY DIFFRACTION99.96
2.11-2.190.19081440.16362571X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.270.17971350.1692557X-RAY DIFFRACTION99.89
2.28-2.380.17731560.16122570X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.50.16191350.16212584X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.660.19751120.17722616X-RAY DIFFRACTION99.96
2.66-2.870.18681440.17252549X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.150.17671410.1692624X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.610.18121130.15782622X-RAY DIFFRACTION100
3.61-4.550.18391150.15572676X-RAY DIFFRACTION100
4.55-71.270.2251230.18662772X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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