+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8awr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of recombinant human beta-glucocerebrosidase in complex with L-carbaxylosyl chloride | ||||||
要素 | Lysosomal acid glucosylceramidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-glucocerebrosidase (グルコセレブロシダーゼ) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / carbasugar / pharmacological chaperone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / ガラクトシルセラミダーゼ / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration ...positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / ガラクトシルセラミダーゼ / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration / グルコシルセラミダーゼ / glucosylceramide catabolic process / scavenger receptor binding / regulation of lysosomal protein catabolic process / autophagosome organization / sphingosine biosynthetic process / glucosylceramidase activity / microglial cell proliferation / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / ceramide biosynthetic process / lipid storage / response to thyroid hormone / microglia differentiation / Glycosphingolipid catabolism / pyramidal neuron differentiation / lipid glycosylation / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / positive regulation of protein-containing complex disassembly / motor behavior / neuromuscular process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / hematopoietic stem cell proliferation / lysosome organization / response to testosterone / response to dexamethasone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / negative regulation of interleukin-6 production / antigen processing and presentation / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein dephosphorylation / cell maturation / respiratory electron transport chain / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / negative regulation of MAP kinase activity / determination of adult lifespan / ゴルジ体 / オートファジー / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / リソソーム / lysosomal membrane / signaling receptor binding / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å | ||||||
データ登録者 | Rowland, R.J. / Davies, G.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Single turnover covalent inhibitors for functional chaperoning of lysosomal glycoside hydrolases 著者: Bhosale, S. / Kandalkar, S. / Gilormini, P.A. / Akintola, O. / Rowland, R.J. / Adabala, P.J.P. / King, D. / Deen, M.C. / Xi, K. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. / Bennet, A.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8awr.cif.gz | 137.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8awr.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8awr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awr | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8awkSC 8ax3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 55659.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Recombinant human lysosomal acid glucosylceramidase without its N-terminal signalling sequence 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC, GLUC / 細胞株 (発現宿主): HiFive / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P04062, グルコシルセラミダーゼ, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, ステリル-β-グルコシダーゼ |
---|
-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#5: 糖 |
-非ポリマー , 7種, 495分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-OIZ / ( | 分子量: 164.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9ClO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #7: 化合物 | ChemComp-OJ6 / ( | 分子量: 148.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Na2SO4, 14% (v/v) PEG3350, 0.25M HEPES, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→51.96 Å / Num. obs: 85933 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 1.673 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4181 / CC1/2: 0.608 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8AWK 解像度: 1.49→51.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.241 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.777 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.49→51.96 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|