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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8awo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a manganese-containing cupin (tm1459) from Thermotoga maritima, variant AIFQ (Y7A/M38I/Y83F/C106Q) | ||||||
要素 | Cupin_2 domain-containing protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / cupin / alkene cleavage / amino acid oxidation | ||||||
機能・相同性 | Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / Cupin type-2 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Grininger, C. / Steiner, K. / Gruber, K. / Pavkov-Keller, T. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Ing Tech / 年: 2023 タイトル: Engineering TM1459 for Stabilisation against Inactivation by Amino Acid Oxidation 著者: Grill, B. / Pavkov-Keller, T. / Grininger, C. / Darnhofer, B. / Gruber, K. / Hall, M. / Schwab, H. / Steiner, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8awo.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8awo.ent.gz | 44.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8awo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8awo_validation.pdf.gz | 431.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8awo_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8awo_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8awo_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8awnC 8awpC 1vj2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13027.924 Da / 分子数: 2 / 変異: Y7A, M38I, Y83F, C106Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: TM_1459 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X1H0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.88 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8 mg/ml protein concentration 0.1 M Tris pH 8.5 2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→34.6 Å / Num. obs: 23041 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 23.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08215 / Rpim(I) all: 0.03552 / Net I/σ(I): 12.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.761 Å / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 2219 / CC1/2: 0.836 / CC star: 0.954 / Rpim(I) all: 0.2754 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1vj2 解像度: 1.7→34.6 Å / SU ML: 0.2019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1977 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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