PDB-8awn: Crystal structure of a manganese-containing cupin (tm1459) from T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8awn

タイトル

Crystal structure of a manganese-containing cupin (tm1459) from Thermotoga maritima, variant C106Q

要素

Cupin_2 domain-containing protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / cupin / alkene cleavage / amino acid oxidation

機能・相同性

Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / Cupin type-2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Grininger, C. / Steiner, K. / Gruber, K. / Pavkov-Keller, T.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Chem Ing Tech / 年: 2023
タイトル: Engineering TM1459 for Stabilisation against Inactivation by Amino Acid Oxidation
著者: Grill, B. / Pavkov-Keller, T. / Grininger, C. / Darnhofer, B. / Gruber, K. / Hall, M. / Schwab, H. / Steiner, K.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8awn.cif.gz	74.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8awn.ent.gz	48 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8awn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8awn_validation.pdf.gz	403.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8awn_full_validation.pdf.gz	403.9 KB	表示
XML形式データ	8awn_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8awn_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8awoC 8awpC 1vj2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cupin_2 domain-containing protein

ヘテロ分子

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cupin_2 domain-containing protein

ヘテロ分子

A: Cupin_2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.266, 53.266, 115.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Cupin_2 domain-containing protein 分子量: 13154.059 Da / 分子数: 1 / 変異: C106Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: TM_1459 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X1H0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 1 M LiCl 0.1 M citrate pH 4.0 20 % PEG6000 16 mg/ml protein concentration

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→37.66 Å / Num. obs: 56128 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.71 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.04822 / R_pim(I) all: 0.01703 / Net I/σ(I): 24.33
反射シェル	解像度: 1.45→1.502 Å / R_merge(I) obs: 0.9108 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 2932 / CC_1/2: 0.731 / CC star: 0.919 / R_pim(I) all: 0.3633

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vj2

1vj2

解像度: 1.45→37.66 Å / SU ML: 0.1308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.7792
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1733	3731	6.65 %
R_work	0.142	52397	-
obs	0.1441	56128	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→37.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	901	0	1	180	1082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0125	949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1788	1286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1126	142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.4481	371

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.313	130	0.2435	1882	X-RAY DIFFRACTION	95.95
1.47-1.49	0.2187	138	0.2208	1938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2555	139	0.2122	1944	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.51-1.53	0.2497	133	0.2047	1958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2585	140	0.182	1920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.1917	139	0.181	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2058	136	0.1639	1957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2254	142	0.1522	1922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1756	137	0.1504	1970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1866	137	0.141	1886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.1899	143	0.1337	1991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.136	140	0.1227	1935	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.76-1.8	0.1718	141	0.1194	1933	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1743	141	0.1164	1940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1351	138	0.1106	1938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.1506	139	0.1281	1940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1337	139	0.1056	1967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1599	134	0.1114	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1409	141	0.1176	1921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.27	0.1465	135	0.1271	1964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.1623	137	0.1231	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.1621	140	0.1434	1964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.1993	134	0.1484	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.02	0.1457	141	0.1635	1968	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.45	0.1832	138	0.1517	1942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.35	0.1719	140	0.1379	1940	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-37.66	0.193	139	0.1517	1946	X-RAY DIFFRACTION	99.9

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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