PDB-8avu: Racemic protein crystal structure of aureocin A53 from Staphyloco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8avu

タイトル

Racemic protein crystal structure of aureocin A53 from Staphylococcus aureus in the dimeric state

要素

Bacteriocin aureocin A53
D-Aureocin A53

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Bacteriocin / D-protein / racemic / mirror-image

機能・相同性

Bacteriocin class II, aureocin-like / Aureocin-like type II bacteriocin / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Bacteriocin aureocin A53

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.89 Å

データ登録者

Lander, A.J. / Baumann, P. / Rizkallah, P. / Jin, Y. / Luk, L.Y.P.

資金援助

英国, 8件

組織	認可番号	国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/L027240/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/T015799/1	英国
Leverhulme Trust	RPG-2017-195	英国
Royal Society	RG170187	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council		英国
Wellcome Trust	218568/Z/19/Z	英国
Royal Society	RG170406	英国
Wellcome Trust	209057/Z/17/Z	英国

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Roles of inter- and intramolecular tryptophan interactions in membrane-active proteins revealed by racemic protein crystallography.
著者: Lander, A.J. / Mercado, L.D. / Li, X. / Taily, I.M. / Findlay, B.L. / Jin, Y. / Luk, L.Y.P.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8avu.cif.gz	59 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8avu.ent.gz	46.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8avu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p5rC 8avrC 8avsC 8avtC 2n8oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacteriocin aureocin A53

B: D-Aureocin A53

ヘテロ分子

12.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacteriocin aureocin A53

ヘテロ分子

A: Bacteriocin aureocin A53

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: D-Aureocin A53

ヘテロ分子

B: D-Aureocin A53

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.560, 23.077, 52.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.351, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Bacteriocin aureocin A53 分子量: 5994.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q8GPI4
#2: タンパク質	D-Aureocin A53 / Bacteriocin D-Aureocin A53 分子量: 5984.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.03 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: A racemic mixture of L-Aureocin A53 and D-Aureocin A53 at 40 mg/mL concentration was mixed 1:1 with 0.7 M sodium citrate, 0.1 M Tris precipitant condition, pH 8.5 in a 0.4 microlitre sitting ...詳細: A racemic mixture of L-Aureocin A53 and D-Aureocin A53 at 40 mg/mL concentration was mixed 1:1 with 0.7 M sodium citrate, 0.1 M Tris precipitant condition, pH 8.5 in a 0.4 microlitre sitting drop. Crystals were submerged in 2.0 M lithium sulphate as cryoprotectant and flash frozen in liquid nitrogen during harvesting.

結晶

マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.03 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: A racemic mixture of L-Aureocin A53 and D-Aureocin A53 at 40 mg/mL concentration was mixed 1:1 with 0.7 M sodium citrate, 0.1 M Tris precipitant condition, pH 8.5 in a 0.4 microlitre sitting ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8153 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8153 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.89→21.99 Å / Num. obs: 62368 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 0.89→0.91 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1522 / CC_1/2: 0.831 / % possible all: 46.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2N8O

2n8o

解像度: 0.89→21.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 0.78 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	3106	4.98 %
R_work	0.1938	59261	-
all	0.195	-	-
obs	-	62367	92.749 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.304 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	-0 Å²	0.178 Å²
2-	-	-0.317 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.351 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.89→21.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	852	0	47	146	1045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	945
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.713	1.626	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.168	1.581	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.178	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.568	23.571	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.752	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.203	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.247	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.182	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.277	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.85	0.88	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.845	0.879	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	1.325	526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.202	1.326	527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.563	1.123	525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.561	1.123	526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.814	1.561	731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.813	1.562	732
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.631	12.845	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.63	12.849	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.909	3	1917

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.89-0.913	0.34	125	0.355	2290	X-RAY DIFFRACTION	49.0754
0.913-0.938	0.313	163	0.316	2995	X-RAY DIFFRACTION	65.356
0.938-0.965	0.27	217	0.28	3785	X-RAY DIFFRACTION	86.1757
0.965-0.995	0.235	245	0.229	4305	X-RAY DIFFRACTION	99.9122
0.995-1.028	0.249	217	0.214	4191	X-RAY DIFFRACTION	99.9773
1.028-1.064	0.221	211	0.194	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
1.064-1.104	0.221	194	0.182	3921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.104-1.149	0.2	192	0.174	3797	X-RAY DIFFRACTION	99.8748
1.149-1.2	0.184	185	0.168	3595	X-RAY DIFFRACTION	99.8415
1.2-1.258	0.206	175	0.169	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.258-1.326	0.176	173	0.171	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
1.326-1.407	0.265	165	0.181	3114	X-RAY DIFFRACTION	99.9695
1.407-1.504	0.216	149	0.183	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.9678
1.504-1.624	0.194	158	0.179	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.624-1.779	0.194	131	0.185	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.779-1.989	0.193	115	0.189	2293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.989-2.296	0.183	103	0.175	2059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.81	0.189	78	0.193	1736	X-RAY DIFFRACTION	99.8899
2.81-3.967	0.221	69	0.188	1357	X-RAY DIFFRACTION	99.7901

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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