PDB-8aut: WelO5* L221A bound to Zn(II), Cl, 2-oxoglutarate, and 12-epi-hapa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aut

タイトル

WelO5* L221A bound to Zn(II), Cl, 2-oxoglutarate, and 12-epi-hapalindole C

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / WelO5* 2-oxoglutarate-dependent halogenase / 12-epi-hapalindole C

機能・相同性

2-OXOGLUTARIC ACID / Chem-OAU / Oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Hapalosiphon welwitschii UH IC-52-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.685 Å

データ登録者

Buller, R. / Hueppi, S. / Voss, M. / Schaub, D.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2022
タイトル: Enzyme engineering enables inversion of substrate stereopreference of the halogenase WelO5*
著者: Voss, M. / Huppi, S. / Schaub, D. / Hayashi, T. / Ligibel, M. / Sager, E. / Schroer, K. / Snajdrova, R. / Buller, R.M.U.

履歴

登録	2022年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aut.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aut.ent.gz	725.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aut.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aut_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aut_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8aut_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	8aut_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/8aut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/8aut	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8acvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

C: Oxidoreductase

D: Oxidoreductase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.458, 106.458, 385.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 11 - 290 / Label seq-ID: 31 - 310

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 34569.875 Da / 分子数: 4 / 変異: L221A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hapalosiphon welwitschii UH IC-52-3 (バクテリア) 遺伝子: welO15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075X7C6

-
非ポリマー , 7種, 130分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-OAU / 3-[(1~{S},2~{R},3~{S},6~{S})-3-ethenyl-2-isocyano-3-methyl-6-prop-1-en-2-yl-cyclohexyl]-1~{H}-indole / 12-epi-hapalindole C isoniltrile / 3-[(1R,2S,3R,6R)-3-ethenyl-2-isocyano-3-methyl-6-prop-1-en-2-ylcyclohexyl]-1H-indole / 12-epi-ハパリンド-ルC 分子量: 304.429 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG-4000, 200 mM LiSO4, in 100 mM TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000009 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000009 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→49.17 Å / Num. obs: 37222 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 38.9 % / B_iso Wilson estimate: 67.52 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.68→2.8 Å / Num. unique obs: 4433 / CC_1/2: 0.782

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8ACV

8acv

解像度: 2.685→49.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 34.206 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2315	1862	5.003 %	RANDOM
R_work	0.186	35359	-	-
all	0.188	-	-	-
obs	-	37221	99.847 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.612 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.883 Å²	0.942 Å²	0 Å²
2-	-	1.883 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.109 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.685→49.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8690	0	161	110	8961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	9049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.435	1.65	12258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.459	1.559	18888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.462	5	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.829	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	4.41	10	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.031	10	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.728	10	434
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	8006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4502
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4804
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.111	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.099	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.28	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.492	5.408	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.491	5.408	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.505	8.1	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.505	8.099	5479
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.396	5.906	4654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.328	5.894	4643
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.83	8.693	6780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.785	8.677	6763
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.78	68.285	10016
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.78	68.293	10017
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	9030
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.084	0.05	9040
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.078	0.05	9081
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.082	0.05	9077
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.081	0.05	9033
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.079	0.05	9078

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08326	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08326	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08379	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08379	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07781	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07781	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0817	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0817	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08149	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08149	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07911	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07911	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.685-2.754	0.367	133	0.373	2513	X-RAY DIFFRACTION	99.1754
2.754-2.83	0.342	130	0.324	2483	X-RAY DIFFRACTION	99.9235
2.83-2.911	0.307	128	0.299	2411	X-RAY DIFFRACTION	99.9213
2.911-3.001	0.318	124	0.264	2356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.001-3.099	0.266	120	0.23	2274	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.099-3.207	0.27	117	0.203	2229	X-RAY DIFFRACTION	100
3.207-3.328	0.255	113	0.19	2148	X-RAY DIFFRACTION	100
3.328-3.463	0.257	109	0.203	2055	X-RAY DIFFRACTION	99.7695
3.463-3.616	0.209	104	0.184	1989	X-RAY DIFFRACTION	99.9522
3.616-3.791	0.269	101	0.186	1912	X-RAY DIFFRACTION	99.9007
3.791-3.995	0.243	96	0.168	1810	X-RAY DIFFRACTION	99.7906
3.995-4.236	0.19	91	0.152	1740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.236-4.526	0.184	85	0.132	1627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.526-4.885	0.178	81	0.143	1544	X-RAY DIFFRACTION	100
4.885-5.346	0.145	76	0.148	1431	X-RAY DIFFRACTION	99.9337
5.346-5.968	0.244	68	0.169	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
5.968-6.875	0.284	62	0.194	1167	X-RAY DIFFRACTION	100
6.875-8.379	0.26	54	0.172	1010	X-RAY DIFFRACTION	99.9061
8.379-11.682	0.167	43	0.152	823	X-RAY DIFFRACTION	100
11.682-49.17	0.281	27	0.242	533	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9288	1.9758	-0.0464	2.1421	0.601	3.4316	-0.1566	0.5992	-0.1301	0.1954	0.3447	-0.1056	0.0741	0.6177	-0.1881	0.186	0.1583	0.0998	0.5134	0.1093	0.1049	-5.0631	38.5312	-29.1593
2	3.1148	1.6025	0.2546	1.5699	1.2067	3.1335	-0.0666	-0.0182	0.2936	-0.135	-0.1943	0.1992	-0.2814	-0.1198	0.2609	0.4322	0.1658	-0.0619	0.1326	0.0704	0.4047	-23.2791	68.9377	-1.9624
3	3.0654	0.9738	0.6711	1.5323	-0.4734	3.731	-0.2923	-0.0785	0.3214	0.1335	-0.017	0.1814	-0.2801	-0.5166	0.3093	0.3155	0.1269	0.0117	0.191	-0.0503	0.4297	-51.7782	54.6961	-25.7759
4	3.8244	1.8673	0.8151	2.8956	0.1876	3.9152	0.4566	-0.0099	-0.0559	0.4598	-0.3653	-0.0473	0.961	-0.11	-0.0912	0.6418	0.0051	0.1651	0.0902	0.0533	0.11	-31.7284	20.8725	-5.438

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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