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- PDB-8auq: OPR3 Y370F variant in complex with ethyl (Z)-2-(hydroxyimino)-3-o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8auq
タイトルOPR3 Y370F variant in complex with ethyl (Z)-2-(hydroxyimino)-3-oxopentanoate
要素12-oxophytodienoate reductase 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ene-reductase / oxime / FMN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / FMN binding / peroxisome / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-O8I / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 12-oxophytodienoate reductase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Polidori, N. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Mechanistic Insights into the Ene-Reductase-Catalyzed Promiscuous Reduction of Oximes to Amines.
著者: Breukelaar, W.B. / Polidori, N. / Singh, A. / Daniel, B. / Glueck, S.M. / Gruber, K. / Kroutil, W.
履歴
登録2022年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-oxophytodienoate reductase 3
B: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6207
ポリマ－89,2552
非ポリマー1,3655
水11,043613
1
A: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3634
ポリマ－44,6271
非ポリマー7363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 12-oxophytodienoate reductase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2573
ポリマ－44,6271
非ポリマー6302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.311, 92.602, 89.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.235, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A10 - 23
121(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A25
131(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A27 - 70
141(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A72 - 86
151(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A88 - 94
161(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A96 - 128
171(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A132 - 226
181(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A228 - 232
191(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A234 - 239
1101(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A241 - 253
1111(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A255 - 267
1121(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A271 - 280
1131(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A282 - 285
1141(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A298 - 328
1151(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A330 - 362
1161(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A364 - 365
1171(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A367 - 384
1181(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A401
1191(chain 'A' and (resid 10 through 23 or resid 25...A501
2201(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B10 - 23
2211(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B25
2221(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B27 - 70
2231(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B72 - 86
2241(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B88 - 94
2251(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B96 - 128
2261(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B132 - 226
2271(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B228 - 232
2281(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B234 - 239
2291(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B241 - 253
2301(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B255 - 267
2311(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B271 - 280
2321(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B282 - 285
2331(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B298 - 328
2341(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B330 - 362
2351(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B364 - 365
2361(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B367 - 384
2371(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B401
2381(chain 'B' and (resid 10 through 23 or resid 25...B501

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要素

#1: タンパク質 12-oxophytodienoate reductase 3 / 12-oxophytodienoate-10 / 11-reductase 3 / OPDA-reductase 3 / LeOPR3


分子量: 44627.465 Da / 分子数: 2 / 変異: Y370F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9, 12-oxophytodienoate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-O8I / ethyl (2~{Z})-2-hydroxyimino-3-oxidanylidene-pentanoate / ethyl (Z)-2-(hydroxyimino)-3-oxopentanoate


分子量: 173.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM (Tris (base); BICINE) pH 8.5; 20 mM Sodium formate; 20 mM Ammonium acetate; 20 mM Sodium citrate tribasic dihydrate; 20 mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 20 mM Sodium oxamate; ...詳細: 100 mM (Tris (base); BICINE) pH 8.5; 20 mM Sodium formate; 20 mM Ammonium acetate; 20 mM Sodium citrate tribasic dihydrate; 20 mM Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 20 mM Sodium oxamate; 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967697 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→32.6 Å / Num. obs: 287567 / % possible obs: 98.12 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.42→1.475 Å / Num. unique obs: 14447 / CC1/2: 0.767

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
AutoProcessdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3hgs

3hgs


解像度: 1.42→32.6 Å / SU ML: 0.1263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.4145
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1856 7314 5.01 %
Rwork0.1598 138690 -
obs0.1611 146004 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→32.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5690 0 93 613 6396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00526133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82948356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0774900
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.12342272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.440.27382480.25434516X-RAY DIFFRACTION96.93
1.44-1.460.27272310.23844616X-RAY DIFFRACTION97.7
1.46-1.470.25132450.23124587X-RAY DIFFRACTION98.03
1.47-1.490.22272380.22294644X-RAY DIFFRACTION97.86
1.49-1.510.23752450.20894553X-RAY DIFFRACTION98.2
1.51-1.530.2242240.20764626X-RAY DIFFRACTION97.98
1.53-1.560.22232450.20164613X-RAY DIFFRACTION98.26
1.56-1.580.19892530.19724606X-RAY DIFFRACTION98.3
1.58-1.60.22182430.18484618X-RAY DIFFRACTION98.18
1.6-1.630.2062530.18544647X-RAY DIFFRACTION98.45
1.63-1.660.19862360.17994604X-RAY DIFFRACTION98.51
1.66-1.690.20342510.17674651X-RAY DIFFRACTION98.77
1.69-1.720.20142310.17084669X-RAY DIFFRACTION99.19
1.72-1.760.20942460.16944668X-RAY DIFFRACTION99.25
1.76-1.790.2052660.17044647X-RAY DIFFRACTION99.35
1.79-1.840.18932490.16754682X-RAY DIFFRACTION99.42
1.84-1.880.21132730.17784661X-RAY DIFFRACTION99.42
1.88-1.930.18442660.16334611X-RAY DIFFRACTION99.41
1.93-1.990.18292230.1624734X-RAY DIFFRACTION99.2
1.99-2.050.19732440.16154695X-RAY DIFFRACTION99.3
2.05-2.130.16222290.1584650X-RAY DIFFRACTION99.03
2.13-2.210.18562480.15844642X-RAY DIFFRACTION98.51
2.21-2.310.19492410.16444588X-RAY DIFFRACTION97.18
2.31-2.430.18772110.1624048X-RAY DIFFRACTION85.61
2.43-2.590.19182640.16134624X-RAY DIFFRACTION98.43
2.59-2.790.17542690.15564662X-RAY DIFFRACTION99.48
2.79-3.070.15522390.14724733X-RAY DIFFRACTION99.26
3.07-3.510.17592320.14274709X-RAY DIFFRACTION99.18
3.51-4.420.15662450.13134706X-RAY DIFFRACTION99.22
4.42-32.60.1892260.15594680X-RAY DIFFRACTION96.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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