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万見
- PDB-8aup: Structure of hARG1 with a novel inhibitor. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aup
タイトルStructure of hARG1 with a novel inhibitor.
要素Arginase-1
キーワードHYDROLASE / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / : / Chem-O93 / Arginase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Napiorkowska-Gromadzka, A. / Nowak, E. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, European Union, 2件
組織認可番号国
National Center for Research and Development (Poland)STRATEGMED2/265503/3/NCBR/15 ポーランド
European Union (EU)POIR.01.01.01-00-0415/17European Union
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2023
タイトル: Arginase 1/2 Inhibitor OATD-02: From Discovery to First-in-man Setup in Cancer Immunotherapy.
著者: Borek, B. / Nowicka, J. / Gzik, A. / Dziegielewski, M. / Jedrzejczak, K. / Brzezinska, J. / Grzybowski, M. / Stanczak, P. / Pomper, P. / Zagozdzon, A. / Rejczak, T. / Matyszewski, K. / ...著者: Borek, B. / Nowicka, J. / Gzik, A. / Dziegielewski, M. / Jedrzejczak, K. / Brzezinska, J. / Grzybowski, M. / Stanczak, P. / Pomper, P. / Zagozdzon, A. / Rejczak, T. / Matyszewski, K. / Golebiowski, A. / Olczak, J. / Lisiecki, K. / Tyszkiewicz, M. / Kania, M. / Piasecka, S. / Cabaj, A. / Dera, P. / Mulewski, K. / Chrzanowski, J. / Kusmirek, D. / Sobolewska, E. / Magdycz, M. / Mucha, L. / Masnyk, M. / Golab, J. / Nowotny, M. / Nowak, E. / Napiorkowska-Gromadzka, A. / Pikul, S. / Jazwiec, R. / Dzwonek, K. / Dobrzanski, P. / Meyring, M. / Skowronek, K. / Iwanowski, P. / Zaslona, Z. / Blaszczyk, R.
履歴
登録2022年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase-1
B: Arginase-1
C: Arginase-1
D: Arginase-1
E: Arginase-1
F: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,31626
ポリマ－208,6796
非ポリマー2,63720
水15,097838
1
A: Arginase-1
ヘテロ分子

D: Arginase-1
ヘテロ分子

E: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,65813
ポリマ－104,3403
非ポリマー1,31810
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area32530 Å2
手法PISA
2
B: Arginase-1
C: Arginase-1
F: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,65813
ポリマ－104,3403
非ポリマー1,31810
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.360, 52.750, 283.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Arginase-1 / Liver-type arginase / Type I arginase


分子量: 34779.879 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: electron density not observed for D316 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05089, arginase

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非ポリマー , 5種, 858分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-O93 / 2-[(1~{R},3~{R},4~{S})-3-azanyl-3-carboxy-4-[(dimethylamino)methyl]cyclohexyl]ethyl-$l^{3}-oxidanyl-bis(oxidanyl)boron


分子量: 290.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27BN2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, PEG 1000, PEG 3350, HEPES-Na, MOPS, hexanediol, butanol, propandiol, propanol, butandiol, propandiol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→49.11 Å / Num. obs: 105864 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 28.84 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.17→2.3 Å / Num. unique obs: 16919 / CC1/2: 0.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GWD

4gwd


解像度: 2.17→49.11 Å / SU ML: 0.3065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9835
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 2101 1.99 %
Rwork0.207 103740 -
obs0.2076 105841 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14309 0 148 838 15295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002514756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.598920070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00462575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.36972076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.220.3951380.35536824X-RAY DIFFRACTION99.5
2.22-2.280.34681380.31096816X-RAY DIFFRACTION98.68
2.28-2.340.32781390.29126846X-RAY DIFFRACTION99.6
2.34-2.410.28671420.28136994X-RAY DIFFRACTION99.9
2.41-2.480.29171380.27686816X-RAY DIFFRACTION99.77
2.48-2.570.32941390.2616874X-RAY DIFFRACTION99.8
2.57-2.680.30031400.25886954X-RAY DIFFRACTION99.82
2.68-2.80.2991380.24296800X-RAY DIFFRACTION98.75
2.8-2.950.25811410.22986970X-RAY DIFFRACTION99.87
2.95-3.130.25881390.21796881X-RAY DIFFRACTION99.8
3.13-3.370.27791410.20956958X-RAY DIFFRACTION99.73
3.37-3.710.20971400.17696900X-RAY DIFFRACTION99.04
3.71-4.250.18191410.16036956X-RAY DIFFRACTION99.7
4.25-5.350.17211420.14777016X-RAY DIFFRACTION99.18
5.35-49.110.17091450.15597135X-RAY DIFFRACTION98.58
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.4169408731 Å / Origin y: 28.8693663109 Å / Origin z: -70.918351869 Å
111213212223313233
T0.235973636211 Å20.00927065564165 Å2-0.00634192756435 Å2-0.188290566615 Å20.0299648967449 Å2--0.429599671282 Å2
L0.0979796163277 °20.0332205155202 °20.0021042620018 °2--0.0208460321999 °20.0197948855726 °2--0.0514704267993 °2
S-0.00331746831162 Å °0.00529461031345 Å °0.00911716105243 Å °-0.00244655548868 Å °0.0202872045499 Å °-0.0558461775113 Å °0.00032701013797 Å °0.00519800057883 Å °-0.0169626548316 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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