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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aum | ||||||
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タイトル | OPR3 Y190F variant in complex with ethyl (Z)-2-(hydroxyimino)-3-oxopentanoate | ||||||
要素 | 12-oxophytodienoate reductase 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Ene-reductase / oxime / FMN / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Solanum lycopersicum (トマト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Polidori, N. / Gruber, K. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023 タイトル: Mechanistic Insights into the Ene-Reductase-Catalyzed Promiscuous Reduction of Oximes to Amines. 著者: Breukelaar, W.B. / Polidori, N. / Singh, A. / Daniel, B. / Glueck, S.M. / Gruber, K. / Kroutil, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aum.cif.gz | 225.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aum.ent.gz | 143.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8aum_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8aum_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8aum_validation.xml.gz | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8aum_validation.cif.gz | 53.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/8aum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/8aum | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8a8iC 8au8C 8au9C 8auaC 8aubC 8aueC 8aufC 8augC 8auhC 8auiC 8aujC 8aulC 8aunC 8auoC 8auqC 3hgsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44627.465 Da / 分子数: 2 / 変異: Y190F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9, 12-oxophytodienoate reductase |
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-非ポリマー , 6種, 654分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM (Sodium HEPES; MOPS (acid)) pH 7.5; 30 mM Sodium nitrate; 30 mM Sodium phosphate dibasic; 30 mM Ammonium sulphate; 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03319 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03319 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→45.92 Å / Num. obs: 317534 / % possible obs: 95.14 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 14.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.398 Å / Num. unique obs: 15988 / CC1/2: 0.967 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3hgs 解像度: 1.35→45.92 Å / SU ML: 0.1147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.5068 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→45.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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