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万見
- PDB-8auk: Cryo-EM structure of human BIRC6 in complex with HTRA2. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8auk
タイトルCryo-EM structure of human BIRC6 in complex with HTRA2.
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
  • Serine protease HTRA2, mitochondrial
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase / E2/E3 hybrid / inhibitor of apoptosis protein
機能・相同性
機能・相同性情報


HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of type 2 mitophagy / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / labyrinthine layer development / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ALK mutants bind TKIs ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of type 2 mitophagy / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / labyrinthine layer development / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ALK mutants bind TKIs / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / serine-type endopeptidase complex / Flemming body / response to herbicide / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / adult walking behavior / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / execution phase of apoptosis / microtubule organizing center / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein autoprocessing / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of cell cycle / ubiquitin ligase inhibitor activity / regulation of multicellular organism growth / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / forebrain development / cellular response to retinoic acid / Mitochondrial protein degradation / serine-type peptidase activity / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrion organization / trans-Golgi network / protein catabolic process / mitochondrial membrane / cellular response to growth factor stimulus / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / spindle pole / ubiquitin-protein transferase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / unfolded protein binding / peptidase activity / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / midbody / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cytoskeleton / cell population proliferation / endosome / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / cell division / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / chromatin / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease HTRA2, mitochondrial / Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Ehrmann, J.F. / Grabarczyk, D.B. / Clausen, T.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission847548European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural basis for regulation of apoptosis and autophagy by the BIRC6/SMAC complex.
著者: Julian F Ehrmann / Daniel B Grabarczyk / Maria Heinke / Luiza Deszcz / Robert Kurzbauer / Otto Hudecz / Alexandra Shulkina / Rebeca Gogova / Anton Meinhart / Gijs A Versteeg / Tim Clausen /
要旨: Inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) bind to pro-apoptotic proteases, keeping them inactive and preventing cell death. The atypical ubiquitin ligase BIRC6 is the only essential IAP, additionally ...Inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) bind to pro-apoptotic proteases, keeping them inactive and preventing cell death. The atypical ubiquitin ligase BIRC6 is the only essential IAP, additionally functioning as a suppressor of autophagy. We performed a structure-function analysis of BIRC6 in complex with caspase-9, HTRA2, SMAC, and LC3B, which are critical apoptosis and autophagy proteins. Cryo-electron microscopy structures showed that BIRC6 forms a megadalton crescent shape that arcs around a spacious cavity containing receptor sites for client proteins. Multivalent binding of SMAC obstructs client binding, impeding ubiquitination of both autophagy and apoptotic substrates. On the basis of these data, we discuss how the BIRC6/SMAC complex can act as a stress-induced hub to regulate apoptosis and autophagy drivers.
履歴
登録2022年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年5月24日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
D: Serine protease HTRA2, mitochondrial
E: Serine protease HTRA2, mitochondrial
C: Serine protease HTRA2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,169,1547
ポリマ－1,169,0235
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area24730 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area258130 Å2

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat-containing ubiquitin-conjugating enzyme / BRUCE / RING-type E3 ubiquitin transferase ...BIR repeat-containing ubiquitin-conjugating enzyme / BRUCE / RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC6 / Ubiquitin-conjugating BIR domain enzyme apollon / APOLLON


分子量: 532009.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC6, KIAA1289 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NR09, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI


分子量: 35001.820 Da / 分子数: 3 / Mutation: S306A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human BIRC6 homodimer in complex with HTRA2 homotrimer
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 1.17 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni, Escherichia coli
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 4 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15780 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17VGE

7vge

17VGE1PDBexperimental model
28ATU

8atu

18ATU2PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 412.95 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005548688
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.131366160
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06288034
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00618301
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.12376474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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