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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8au6 | ||||||
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タイトル | Structure of Corynebacterium glutamicum Cg1604, a cell division regulator | ||||||
![]() | Regulatory protein Cg1604 | ||||||
![]() | CELL CYCLE / bacterial cell division / peptidoglycan hydrolysis / regulatory protein | ||||||
機能・相同性 | Copper transporter MctB / Copper transport outer membrane protein, MctB / copper ion homeostasis / membrane / Copper transporter![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gaday, Q. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: FtsEX-independent control of RipA-mediated cell separation in Corynebacteriales. 著者: Gaday, Q. / Megrian, D. / Carloni, G. / Martinez, M. / Sokolova, B. / Ben Assaya, M. / Legrand, P. / Brule, S. / Haouz, A. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8aucC ![]() 8audC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32802.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: Cgl1416 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.06 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30 % (w/v) PEG 4K, 0.2 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979261 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→44.1 Å / Num. obs: 17209 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 11.5 % / Num. unique obs: 1207 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.642 / % possible all: 95.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.52 Å2 / Biso mean: 48.0537 Å2 / Biso min: 29.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→44.04 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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