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万見
- PDB-8au6: Structure of Corynebacterium glutamicum Cg1604, a cell division r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8au6
タイトルStructure of Corynebacterium glutamicum Cg1604, a cell division regulator
要素Regulatory protein Cg1604
キーワードCELL CYCLE / bacterial cell division / peptidoglycan hydrolysis / regulatory protein
機能・相同性Copper transporter MctB / Copper transport outer membrane protein, MctB / copper ion homeostasis / metal ion binding / membrane / Copper transporter
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gaday, Q. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-13-JSV8-0003, ANR-18-CE92-0003 フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: FtsEX-independent control of RipA-mediated cell separation in Corynebacteriales.
著者: Gaday, Q. / Megrian, D. / Carloni, G. / Martinez, M. / Sokolova, B. / Ben Assaya, M. / Legrand, P. / Brule, S. / Haouz, A. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2022年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein Cg1604
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8432
ポリマ－32,8021
非ポリマー401
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.780, 105.500, 70.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-532-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein Cg1604


分子量: 32802.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl1416 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NQL8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30 % (w/v) PEG 4K, 0.2 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979261 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979261 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.1 Å / Num. obs: 17209 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 11.5 % / Num. unique obs: 1207 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.642 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→44.04 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1625 5 %
Rwork0.194 30848 -
obs0.1957 17164 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.52 Å2 / Biso mean: 48.0537 Å2 / Biso min: 29.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 1 109 1912
Biso mean--64.04 47.62 -
残基数----248
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.060.46861270.39822470259796
2.06-2.120.38791360.3325862722100
2.12-2.20.34321350.273625682703100
2.2-2.290.29181370.249125842721100
2.29-2.390.2441380.235525922730100
2.39-2.520.27031340.198525852719100
2.52-2.680.2751400.209925492689100
2.68-2.880.21111380.202825792717100
2.88-3.170.26041380.205725892727100
3.17-3.630.22011350.181725842719100
3.63-4.570.16181380.157625642702100
4.57-44.040.18571290.152125982727100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.5767-3.9238-2.42763.90171.191.72640.20090.37320.4418-0.3162-0.13180.4026-0.3605-0.2579-0.07690.94610.031-0.07060.30910.01730.4966-7.637463.624315.5141
21.5978-1.2481-0.33764.02430.33471.92770.0071-0.0158-0.0248-0.15360.0726-0.06120.25010.0934-0.0690.5048-0.0197-0.02940.2414-0.01250.250217.045938.70721.9825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 46 through 76 )A46 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 293 )A77 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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