PDB-8auc: Structure of peptidoglycan hydrolase Cg1735 from Corynebacterium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8auc

タイトル

Structure of peptidoglycan hydrolase Cg1735 from Corynebacterium glutamicum, trigonal crystal form

要素

Cell wall-associated hydrolases (Invasion-associated proteins)

キーワード

CELL CYCLE / bacterial cell division / peptidoglycan hydrolysis / regulatory protein

機能・相同性

: / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / cysteine-type peptidase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / proteolysis / TETRACHLOROPLATINATE(II) / Cell wall-associated hydrolases (Invasion-associated proteins)

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Gaday, Q. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M. / Legrand, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: FtsEX-independent control of RipA-mediated cell separation in Corynebacteriales.
著者: Gaday, Q. / Megrian, D. / Carloni, G. / Martinez, M. / Sokolova, B. / Ben Assaya, M. / Legrand, P. / Brule, S. / Haouz, A. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2022年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8auc.cif.gz	370.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8auc.ent.gz	307.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8auc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/8auc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/8auc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8au6C 8audC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell wall-associated hydrolases (Invasion-associated proteins)

B: Cell wall-associated hydrolases (Invasion-associated proteins)

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell wall-associated hydrolases (Invasion-associated proteins)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Assembly information obtained by SEC-SLS and mass photometry experiments
63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cell wall-associated hydrolases (Invasion-associated proteins)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	230.580, 230.580, 416.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 50 through 238 or resid 243 through 410 or resid 460 through 600 or resid 701))
2	1	(chain B and (resid 50 through 125 or resid 146 through 600 or resid 701))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain A and (resid 50 through 238 or resid 243 through 410 or resid 460 through 600 or resid 701))	A	A	50 - 238	50 - 238
1	2	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain A and (resid 50 through 238 or resid 243 through 410 or resid 460 through 600 or resid 701))	A	A	243 - 410	243 - 410
1	3	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain A and (resid 50 through 238 or resid 243 through 410 or resid 460 through 600 or resid 701))	A	A	460 - 600	460 - 600
1	4	PC4	PC4	PC4	PC4	(chain A and (resid 50 through 238 or resid 243 through 410 or resid 460 through 600 or resid 701))	A	C	701
2	1	LEU	LEU	GLY	GLY	(chain B and (resid 50 through 125 or resid 146 through 600 or resid 701))	B	B	50 - 125	50 - 125
2	2	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain B and (resid 50 through 125 or resid 146 through 600 or resid 701))	B	B	146 - 600	146 - 600
2	3	PC4	PC4	PC4	PC4	(chain B and (resid 50 through 125 or resid 146 through 600 or resid 701))	B	D	701

#1: タンパク質	Cell wall-associated hydrolases (Invasion-associated proteins) 分子量: 62683.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: Cgl1538 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NQA0
#2: 化合物	ChemComp-PC4 / TETRACHLOROPLATINATE(II) 分子量: 336.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl₄Pt
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1 M (NH4)2H Citrate, 0.1 M Na Acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.07188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→49.6 Å / Num. obs: 54157 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 115.6 % / B_iso Wilson estimate: 78.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 101.4 % / Num. unique obs: 3903 / CC_1/2: 0.52 / R_pim(I) all: 7.886 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.5→49.57 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2602	2891	4.92 %
R_work	0.2261	55839	-
obs	0.2278	30724	56.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 220.32 Å² / B_iso mean: 89.6708 Å² / B_iso min: 27.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.5→49.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7197	0	2	0	7199
B_iso mean	-	-	97.91	-	-
残基数	-	-	-	-	967

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2772	X-RAY DIFFRACTION	1.659	TORSIONAL
1	2	B	2772	X-RAY DIFFRACTION	1.659	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.5-3.55	0.3024	73	0.3127	984	1057	21
3.55-3.61	0.2815	67	0.2912	1088	1155	23
3.61-3.68	0.3194	64	0.2634	1168	1232	25
3.68-3.75	0.2591	62	0.2203	1278	1340	27
3.75-3.83	0.2514	64	0.2141	1311	1375	28
3.83-3.91	0.2523	80	0.2593	1467	1547	31
3.91-4	0.2523	87	0.2351	1517	1604	32
4-4.1	0.2319	76	0.2181	1619	1695	34
4.1-4.21	0.2306	120	0.2247	1656	1776	36
4.21-4.34	0.2355	92	0.1914	1921	2013	40
4.34-4.48	0.2067	114	0.1929	2168	2282	46
4.48-4.64	0.254	143	0.1971	2344	2487	50
4.64-4.82	0.2528	113	0.2078	2741	2854	57
4.82-5.04	0.2724	141	0.2107	2926	3067	61
5.04-5.31	0.272	183	0.2337	3483	3666	74
5.31-5.64	0.3109	217	0.2805	4541	4758	96
5.64-6.07	0.3188	262	0.2791	4718	4980	100
6.07-6.68	0.3401	247	0.2443	4747	4994	100
6.68-7.65	0.2679	239	0.2224	4719	4958	100
7.65-9.62	0.1881	230	0.1862	4773	5003	100
9.62-49.57	0.2481	217	0.2287	4670	4887	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5093	0.0864	-0.0615	0.028	-0.1573	2.164	0.0283	-0.2585	-0.094	-0.3249	-0.0139	-0.148	0.447	0.1713	-0.2711	0.9704	0.0991	-0.0441	0.6032	-0.1268	0.7383	-69.8438	-16.6006	2.8862
2	0.0906	-0.2696	0.1172	0.9623	-0.4329	0.2491	-0.2126	-0.0368	-0.0505	-0.2807	0.1424	-0.1576	-0.0025	0.1623	0.1098	1.8001	-0.0506	-0.043	0.3854	0.024	0.64	-78.1197	-58.4125	-44.4286
3	0.1664	-0.0544	0.11	0.0285	-0.0248	0.0922	0.352	-0.3396	-0.0215	-0.232	-0.0781	0.2254	0.5288	-0.6243	-0.0792	1.1681	-0.5651	-0.109	0.5106	0.2665	0.5129	-92.7847	-12.2012	-47.9577
4	0.1814	-0.4829	0.1128	0.0452	-0.063	0.0303	0.0574	0.169	-0.0535	-0.2023	0.0795	-0.0612	-0.2771	-0.2519	-0.141	0.9013	-0.4098	-0.0069	0.4312	0.0555	0.4659	-94.241	-1.8603	-64.6759
5	0.5417	0.5541	0.3698	0.3513	0.3913	0.1719	0.2424	-0.474	-0.0916	0.5461	-0.2239	0.2058	0.3795	-0.5597	-0.1806	0.8772	-0.7424	-0.0083	1.5013	0.0881	0.8434	-126.4716	-29.0338	-18.8022
6	0.1459	0.126	0.1392	0.1459	0.0835	0.2529	0.1954	-0.1186	-0.2707	-0.4439	0.154	-0.2852	0.9173	0.0181	0.209	1.6703	-0.2372	-0.1841	-0.0854	-0.38	0.3406	-79.572	-19.8157	-15.7789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 41 through 240 )	A	41 - 240
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 241 through 385 )	A	241 - 385
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 386 through 600 )	A	386 - 600
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 24 through 238 )	B	24 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 243 through 385 )	B	243 - 385
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 386 through 600 )	B	386 - 600

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