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- PDB-8au4: Structural insights reveal a heterotetramer between oncogenic K-R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8au4
タイトルStructural insights reveal a heterotetramer between oncogenic K-Ras4BG12V and Rgl2, a RalA/B activator
要素Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Small GTPase Ras signalling protein-protein interaction NMR X-ray crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Ral protein signal transduction / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor ...Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / energy minimization
データ登録者Tariq, M. / Ikeya, T. / Togashi, N. / Fairall, L. / Alejo, C.B. / Kamei, S. / Alonso, B.R. / Campillo, M.A.M. / Hudson, A. / Ito, Y. ...Tariq, M. / Ikeya, T. / Togashi, N. / Fairall, L. / Alejo, C.B. / Kamei, S. / Alonso, B.R. / Campillo, M.A.M. / Hudson, A. / Ito, Y. / Schwabe, J. / Dominguez, C. / Tanaka, K.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR13M3, JPMJCR21E5 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15K06979, JP15K06979, JP15H01645, JP16H00847, JP17H05887, JP19H05773, JP19H05773, JP19H05773, JP19H05773, JP19H05773 日本
Other privateShimazu foundation
Other privatethe Precise Measurement Technology Promotion Foundation
引用
ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the complex of oncogenic KRas4B G12V and Rgl2, a RalA/B activator.
著者: Tariq, M. / Ikeya, T. / Togashi, N. / Fairall, L. / Kamei, S. / Mayooramurugan, S. / Abbott, L.R. / Hasan, A. / Bueno-Alejo, C. / Sukegawa, S. / Romartinez-Alonso, B. / Muro Campillo, M.A. / ...著者: Tariq, M. / Ikeya, T. / Togashi, N. / Fairall, L. / Kamei, S. / Mayooramurugan, S. / Abbott, L.R. / Hasan, A. / Bueno-Alejo, C. / Sukegawa, S. / Romartinez-Alonso, B. / Muro Campillo, M.A. / Hudson, A.J. / Ito, Y. / Schwabe, J.W. / Dominguez, C. / Tanaka, K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the complex of oncogenic K-Ras4BG12V and Rgl2, a RalA/B activator
著者: Tariq, M. / Ikeya, T. / Togashi, N. / Fairall, L. / Bueno-Alejo, C. / Kamei, S. / Romartinez-Alonso, B. / Campillo, M.A.M. / Hudson, A.J. / Ito, Y. / Schwabe, J.W.R. / Dominguez, C. / Tanaka, K.
履歴
登録2022年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9721
ポリマ－10,9721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 / RalGDS-like 2 / RalGDS-like factor / Ras-associated protein RAB2L


分子量: 10972.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGL2, RAB2L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15211

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic13D 1H-15N NOESY
134isotropic12D 1H-13C HSQC
144isotropic13D HNCO
154isotropic13D HN(CA)CO
164isotropic13D HNCA
174isotropic13D HN(CO)CA
184isotropic13D CBCA(CO)NH
194isotropic13D CBCANH
1104isotropic13D HBHA(CO)NH
1114isotropic13D C(CO)NH
1124isotropic13D H(CCO)NH
1134isotropic13D (H)CCH-COSY
1144isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1164isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1154isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1174isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution31 mM [U-100% 15N] Rgl2, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rgl2, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRgl2[U-100% 15N]3
1 mMRgl2[U-100% 13C; U-100% 15N]4
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.99.0Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpin3.6.2Bruker Biospincollection
Azara2.8.1Boucher解析
CcpNmr Analysis2.5.0CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.5.0CCPNpeak picking
OPALp1.4Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
CYANA3.99.0Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift calculation
精密化手法: energy minimization / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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