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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ato | ||||||
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タイトル | Structure of the giant inhibitor of apoptosis, BIRC6 bound to the regulator SMAC | ||||||
要素 |
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キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / E2/E3 ubiquitin ligase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spongiotrophoblast layer development / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Flemming body / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs ...spongiotrophoblast layer development / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Flemming body / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / 微小管形成中心 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / ゴルジ体 / ミトコンドリア / cytoplasmic side of plasma membrane / 紡錘体 / ubiquitin-protein transferase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / regulation of cell population proliferation / midbody / neuron apoptotic process / cell population proliferation / protein ubiquitination / エンドソーム / positive regulation of apoptotic process / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein phosphorylation / 中心体 / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Dietz, L. / Elliott, P.R. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: Structural basis for SMAC-mediated antagonism of caspase inhibition by the giant ubiquitin ligase BIRC6. 著者: Larissa Dietz / Cara J Ellison / Carlos Riechmann / C Keith Cassidy / F Daniel Felfoldi / Adán Pinto-Fernández / Benedikt M Kessler / Paul R Elliott / 要旨: Certain inhibitor of apoptosis (IAP) family members are sentinel proteins that prevent untimely cell death by inhibiting caspases. Antagonists, including second mitochondria-derived activator of ...Certain inhibitor of apoptosis (IAP) family members are sentinel proteins that prevent untimely cell death by inhibiting caspases. Antagonists, including second mitochondria-derived activator of caspases (SMAC), regulate IAPs and drive cell death. Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 (BIRC6), a giant IAP with dual E2 and E3 ubiquitin ligase activity, regulates programmed cell death through unknown mechanisms. We show that BIRC6 directly restricts executioner caspase-3 and -7 and ubiquitinates caspase-3, -7, and -9, working exclusively with noncanonical E1, UBA6. Notably, we show that SMAC suppresses both mechanisms. Cryo-electron microscopy structures of BIRC6 alone and in complex with SMAC reveal that BIRC6 is an antiparallel dimer juxtaposing the substrate-binding module against the catalytic domain. Furthermore, we discover that SMAC multisite binding to BIRC6 results in a subnanomolar affinity interaction, enabling SMAC to competitively displace caspases, thus antagonizing BIRC6 anticaspase function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ato.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ato.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8ato.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8ato ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8ato | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 15654MC 8atmC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 530977.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC6, KIAA1289 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NR09, RING-type E3 ubiquitin transferase #2: タンパク質 | 分子量: 20787.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIABLO, SMAC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II DE3 / 参照: UniProt: Q9NR28 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Calibrated defocus min: 750 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.3 sec. / 電子線照射量: 47.27 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1417739 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36872 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 191.06 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 194.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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