PDB-8atj: Crystal Structure of Shank2-SAM domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8atj

タイトル

Crystal Structure of Shank2-SAM domain

要素

Isoform 4 of SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / synaptic scaffold protein / Zn2+ binding / Zn-dependent polymerization

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic receptor adaptor activity / vocalization behavior / long-term synaptic depression / Neurexins and neuroligins / ciliary membrane / adult behavior / social behavior / photoreceptor outer segment / negative regulation of hippo signaling / synapse assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.117 Å

データ登録者

Bento, I. / Gracia Alai, M. / Kreienkamp, J.-H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mol Psychiatry / 年: 2022
タイトル: Structural deficits in key domains of Shank2 lead to alterations in postsynaptic nanoclusters and to a neurodevelopmental disorder in humans.
著者: Hassani Nia, F. / Woike, D. / Bento, I. / Niebling, S. / Tibbe, D. / Schulz, K. / Hirnet, D. / Skiba, M. / Honck, H.H. / Veith, K. / Gunther, C. / Scholz, T. / Bierhals, T. / Driemeyer, J. / ...

履歴

登録	2022年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8atj.cif.gz	44.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8atj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8atj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8atj_validation.pdf.gz	576.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8atj_full_validation.pdf.gz	576.8 KB	表示
XML形式データ	8atj_validation.xml.gz	5.5 KB	表示
CIF形式データ	8atj_validation.cif.gz	6.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8atj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8atj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b10C 2f44S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoform 4 of SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2

ヘテロ分子

8.26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.490, 57.490, 48.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Isoform 4 of SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 2 / Shank2 / Cortactin-binding protein 1 / CortBP1 / Proline-rich synapse-associated protein 1 分子量: 8111.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK 193T / 遺伝子: SHANK2, CORTBP1, KIAA1022, PROSAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPX8
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis Tris pH5.5, 0.3M of Magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.8 Å / Num. obs: 5201 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 19.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.2587 / R_pim(I) all: 0.05916 / Net I/σ(I): 10.07
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 19.7 % / R_merge(I) obs: 1.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 516 / CC_1/2: 0.568 / R_pim(I) all: 0.3268 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2F44

2f44

解像度: 2.117→49.788 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 8.048 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2517	247	4.822 %
R_work	0.1956	4875	-
all	0.198	-	-
obs	-	5122	98.085 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.747 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.269 Å²	0.135 Å²	0 Å²
2-	-	0.269 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.873 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.117→49.788 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	570	0	5	51	626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	583
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.488	1.637	787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.22	1.598	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.684	5	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.586	23.235	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.627	15	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.922	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.249	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.125	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.641	3.793	279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.64	3.792	280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.774	5.662	347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.769	5.68	348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.546	4.297	304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.521	4.305	302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.495	6.276	440
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.497	6.272	441
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.996	45.479	665
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.996	45.153	657

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.117-2.172	1.637	13	1.379	267	1.393	378	0.416	0.294	74.0741	1.46
2.172-2.231	0.328	14	0.43	353	0.425	367	0.655	0.626	100	0.44
2.231-2.296	0.339	24	0.29	346	0.293	370	0.734	0.795	100	0.29
2.296-2.366	0.271	21	0.24	328	0.242	349	0.818	0.846	100	0.24
2.366-2.444	0.246	23	0.195	313	0.198	336	0.859	0.895	100	0.191
2.444-2.529	0.317	14	0.206	330	0.21	344	0.874	0.896	100	0.205
2.529-2.625	0.21	16	0.21	301	0.21	317	0.907	0.885	100	0.197
2.625-2.732	0.202	8	0.242	295	0.241	303	0.817	0.865	100	0.227
2.732-2.853	0.449	9	0.227	293	0.235	302	0.824	0.872	100	0.211
2.853-2.991	0.195	9	0.213	274	0.213	283	0.895	0.879	100	0.2
2.991-3.153	0.207	13	0.184	252	0.185	265	0.891	0.899	100	0.175
3.153-3.343	0.376	13	0.206	235	0.214	248	0.852	0.915	100	0.189
3.343-3.573	0.269	14	0.192	237	0.197	251	0.943	0.946	100	0.183
3.573-3.857	0.381	3	0.144	218	0.147	223	0.926	0.969	99.1031	0.136
3.857-4.223	0.087	10	0.122	190	0.12	200	0.98	0.978	100	0.115
4.223-4.717	0.168	11	0.112	188	0.115	199	0.963	0.982	100	0.107
4.717-5.439	0.2	16	0.14	148	0.146	164	0.965	0.97	100	0.129
5.439-6.641	0.26	4	0.183	139	0.185	143	0.956	0.949	100	0.174
6.641-9.309	0.098	9	0.168	106	0.161	115	0.981	0.962	100	0.156
9.309-49.788	0.681	3	0.2	62	0.219	65	0.995	0.935	100	0.182

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)