PDB-8ati: Human CtBP2(31-364) in complex with RAI2 peptide(315-322)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ati

タイトル

Human CtBP2(31-364) in complex with RAI2 peptide(315-322)

要素

Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2
Retinoic acid-induced protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / Complex / Tumorigenic / Tumorsuppressor

機能・相同性

機能・相同性情報

animal organ development / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / embryo development ending in birth or egg hatching / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Mullapudi, E. / Goradia, N. / Wilmanns, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human CtBP2(31-364) in complex with RAI2 peptide(315-322)
著者: Goradia, N. / Mullapudi, E. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2022年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ati.cif.gz	710 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ati.ent.gz	454.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ati.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ati_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ati_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8ati_validation.xml.gz	51.4 KB	表示
CIF形式データ	8ati_validation.cif.gz	70.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8ati ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8ati	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2omeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

B: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

C: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

D: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

a: Retinoic acid-induced protein 2

b: Retinoic acid-induced protein 2

c: Retinoic acid-induced protein 2

ヘテロ分子

238 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

a: Retinoic acid-induced protein 2

ヘテロ分子

A: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

a: Retinoic acid-induced protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法
132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

b: Retinoic acid-induced protein 2

ヘテロ分子

B: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

b: Retinoic acid-induced protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

D: Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

c: Retinoic acid-induced protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.646, 126.646, 357.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 33 - 362 / Label seq-ID: 22 - 351

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2 / CtBP2 分子量: 39230.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTBP2 / プラスミド: pETM14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P56545-2
#2: タンパク質	Retinoic acid-induced protein 2 分子量: 25972.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5P3
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 6000, 100 mM Tris pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976243 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976243 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 53115 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 55.96 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.03685 / R_rim(I) all: 0.05211 / Net I/σ(I): 12.87
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / R_merge(I) obs: 0.4276 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5227 / R_rim(I) all: 0.6048 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OME

2ome

解像度: 2.6→49.869 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / WR_factor R_free: 0.263 / WR_factor R_work: 0.212 / SU B: 28.027 / SU ML: 0.285 / Average fsc free: 0.9411 / Average fsc work: 0.9605 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.723 / ESU R Free: 0.346 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2833	2633	4.957 %
R_work	0.2283	50481	-
all	0.231	-	-
obs	-	53114	99.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.187 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.041 Å²	0.021 Å²	0 Å²
2-	-	0.041 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.133 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.869 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10357	0	183	206	10746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	10719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.779	1.648	14527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.308	5	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.976	5	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.53	10	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.81	10	506
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	4252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	7237
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.743	3.705	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.737	5.552	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.651	3.905	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.919	5.738	7896
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.85	57.991	15277
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	10134
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.086	0.05	10004
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.102	0.05	9560
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.092	0.05	9914
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.104	0.05	9507
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.106	0.05	9455

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07288	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07288	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08614	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08614	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10191	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10191	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.092	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.092	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10369	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10369	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10644	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10644	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.667	0.377	205	0.311	3627	0.315	3832	0.899	0.93	100	0.293
2.667-2.74	0.328	179	0.311	3582	0.312	3761	0.928	0.936	100	0.287
2.74-2.819	0.331	201	0.26	3454	0.264	3655	0.934	0.954	100	0.233
2.819-2.906	0.32	175	0.274	3349	0.277	3525	0.936	0.949	99.9716	0.242
2.906-3.001	0.323	181	0.251	3262	0.255	3445	0.93	0.956	99.9419	0.222
3.001-3.106	0.289	173	0.239	3154	0.241	3328	0.944	0.962	99.97	0.208
3.106-3.223	0.294	138	0.223	3092	0.226	3230	0.938	0.966	100	0.193
3.223-3.354	0.267	136	0.231	2981	0.233	3117	0.954	0.965	100	0.204
3.354-3.502	0.26	155	0.222	2831	0.224	2986	0.956	0.969	100	0.2
3.502-3.672	0.273	155	0.212	2700	0.215	2855	0.955	0.974	100	0.193
3.672-3.869	0.252	132	0.207	2607	0.209	2742	0.952	0.974	99.8906	0.19
3.869-4.103	0.265	138	0.214	2467	0.216	2606	0.955	0.972	99.9616	0.197
4.103-4.384	0.258	111	0.209	2350	0.211	2463	0.954	0.972	99.9188	0.2
4.384-4.732	0.243	89	0.188	2197	0.19	2287	0.964	0.977	99.9563	0.182
4.732-5.179	0.212	107	0.176	2017	0.177	2132	0.973	0.98	99.6248	0.168
5.179-5.782	0.268	87	0.215	1872	0.218	1960	0.953	0.973	99.949	0.203
5.782-6.662	0.364	87	0.268	1659	0.273	1746	0.925	0.958	100	0.254
6.662-8.123	0.298	75	0.236	1412	0.239	1492	0.947	0.962	99.6649	0.236
8.123-11.338	0.26	60	0.243	1149	0.244	1210	0.953	0.959	99.9174	0.256
11.338-49.869	0.386	49	0.285	719	0.291	774	0.9	0.943	99.2248	0.293

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.266	0.3322	0.5733	0.9699	0.6482	1.8798	-0.1701	-0.0741	0.296	0.0014	-0.0725	0.2124	-0.3172	-0.1845	0.2426	0.167	0.0282	-0.0717	0.0342	-0.0188	0.1069	7.7923	14.3683	-22.3232
2	1.3133	0.3705	-0.045	2.2608	0.1325	0.9633	-0.1002	-0.0073	0.0853	0.017	0.0854	-0.4189	-0.0523	0.2813	0.0148	0.0752	-0.0401	-0.0267	0.1012	0.0001	0.1002	41.0039	-4.4302	-23.0888
3	1.492	0.4876	0.559	2.1333	0.7066	0.7496	-0.1833	0.3634	-0.1824	-0.7749	0.5028	0.2447	-0.2121	-0.1457	-0.3195	0.5202	-0.2406	-0.0404	0.5215	0.3374	0.6416	40.5173	39.9973	-46.016
4	1.2551	-0.4182	-0.1073	1.3324	0.3589	0.735	-0.0475	0.154	0.0097	-0.143	-0.0221	0.5099	-0.1282	-0.5365	0.0696	0.6737	0.0805	-0.0686	0.7279	0.128	0.8568	8.571	57.0779	-43.9249
5	9.233	3.6282	2.0358	1.6403	-0.1903	5.6477	-0.0198	-0.1764	0.1685	-0.2265	0.0151	0.0767	0.6607	-0.1845	0.0047	0.4212	-0.0348	0.0297	0.2725	-0.086	0.2505	-3.2772	23.2413	2.4974
6	13.1905	-2.2009	13.5952	7.558	-2.4211	17.3491	-0.0994	0.1124	0.0581	-0.1945	-0.0999	-0.2371	0.3461	0.0442	0.1994	0.2528	-0.0486	0.0893	0.2258	0.0096	0.2887	62.8666	4.899	-38.7755
7	5.4821	3.9602	-0.1365	2.8623	-0.0994	0.0225	-0.0556	-0.1021	0.1689	-0.0821	-0.0589	0.1176	-0.0229	0.0149	0.1144	0.5756	0.0168	-0.1106	0.4417	0.0425	0.4883	56.3166	46.4247	-69.4568

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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