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- PDB-8at8: Structure of coproporphyrin III-LmCpfC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8at8
タイトルStructure of coproporphyrin III-LmCpfC
要素Ferrochelatase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ferrrochelatase activity / metal ion binding
機能・相同性
機能・相同性情報


coproporphyrin ferrochelatase / ferrochelatase activity / heme biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferrochelatase / Ferrochelatase, active site / Ferrochelatase, C-terminal / Ferrochelatase, N-terminal / Ferrochelatase / Ferrochelatase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / coproporphyrin III / Coproporphyrin III ferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Gabler, T. / Hofbauer, S.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP33544 オーストリア
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Active site architecture of coproporphyrin ferrochelatase with its physiological substrate coproporphyrin III: Propionate interactions and porphyrin core deformation.
著者: Dali, A. / Gabler, T. / Sebastiani, F. / Destinger, A. / Furtmuller, P.G. / Pfanzagl, V. / Becucci, M. / Smulevich, G. / Hofbauer, S.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6588
ポリマ－35,6321
非ポリマー1,0267
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.632, 68.069, 63.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.224, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ferrochelatase / Heme synthase / Protoheme ferro-lyase


分子量: 35632.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: hemH, A4G43_07995, AF115_13645, AP101_13400, AP103_13395, AP112_12715, AP127_13135, AP130_13225, APD66_13050, ARS86_05675, B1N21_11380, B4Y57_13635, B5G78_12175, B5H07_07285, BRS71_03785, ...遺伝子: hemH, A4G43_07995, AF115_13645, AP101_13400, AP103_13395, AP112_12715, AP127_13135, AP130_13225, APD66_13050, ARS86_05675, B1N21_11380, B4Y57_13635, B5G78_12175, B5H07_07285, BRS71_03785, D3X95_05200, D3Y03_05130, D8K64_06195, EAJ22_07595, EAX63_13360, EFX44_12300, SG10_07760
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3T2BSC5, EC: 4.99.1.1

-
非ポリマー , 6種, 306分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-HT9 / coproporphyrin III


分子量: 654.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H38N4O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% PEG MME 2000, 0.2 M calcium acetat, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→36.78 Å / Num. obs: 48370 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02909 / Rpim(I) all: 0.02909 / Rrim(I) all: 0.04114 / Net I/σ(I): 13.42
反射 シェル解像度: 1.51→1.564 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2962 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 4852 / CC1/2: 0.854 / CC star: 0.96 / Rpim(I) all: 0.2962 / Rrim(I) all: 0.4189 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RWV

6rwv


解像度: 1.51→36.78 Å / SU ML: 0.1578 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.2048
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1816 2346 4.84 %
Rwork0.1461 46096 -
obs0.1478 48370 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→36.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 71 299 2862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01132685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05533656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0646372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9422394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.540.26311300.25112715X-RAY DIFFRACTION99.89
1.54-1.570.23591410.21772721X-RAY DIFFRACTION99.76
1.57-1.610.20361380.2072711X-RAY DIFFRACTION99.86
1.61-1.650.2411220.21122728X-RAY DIFFRACTION99.69
1.65-1.690.26351460.20552718X-RAY DIFFRACTION99.93
1.69-1.740.20171370.18052720X-RAY DIFFRACTION99.72
1.74-1.80.20551420.16172722X-RAY DIFFRACTION99.83
1.8-1.870.16251210.14262710X-RAY DIFFRACTION99.75
1.87-1.940.16521370.13572732X-RAY DIFFRACTION99.27
1.94-2.030.19061540.14242664X-RAY DIFFRACTION98.7
2.03-2.140.17241330.14192726X-RAY DIFFRACTION98.96
2.14-2.270.15511330.12892673X-RAY DIFFRACTION97.74
2.27-2.440.16971330.12862525X-RAY DIFFRACTION92.29
2.44-2.690.17661390.1342742X-RAY DIFFRACTION99.9
2.69-3.080.16681350.1362755X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.880.16691540.12882740X-RAY DIFFRACTION100
3.88-36.780.18571510.14622794X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17448687180.717921618901-0.008672919990678.762079729823.156647658972.23597923040.05136204183110.06630956296060.153210475826-0.382567808199-0.1935950515540.334545541509-0.286103391137-0.1434586436070.1415011273980.2099296574810.0374845717477-0.01773105715990.1655678468370.01958739897340.099337820959.9557417574714.39128334028.40173196791
20.813933357188-0.228319730427-0.07735938284975.280145701012.162510874941.885466323560.0395893755520.119370151306-0.0477657142495-0.221232987726-0.0615633965872-0.159198318499-0.002367938837030.006506267727230.004471140487740.201487103845-0.0001644219745380.04836941837720.1768530405170.02347219106880.11503962638716.00896288354.748990384578.39840688681
31.57146784029-0.4365663513160.8014567056141.779213683990.1057004760366.02129955616-0.01256259082310.236529104753-0.0930692138427-0.303590795265-0.04608478644210.235793498291-0.0479174884992-0.3799060994630.05413506398820.143621147424-0.0247188045382-0.02421659198270.171509320085-0.03177293473710.1504474083662.94121283764-1.88941464197.92019423513
42.95447183415-0.513750236151.163194876192.984976223190.9086669451833.399151663690.00749039280799-0.0573737513528-0.09271487494090.2962549682420.0774597594439-0.3418761998580.2615904475610.206206214289-0.1010298057350.143221952869-0.01349423725250.002085666672920.1004800482140.02369872820970.1435522747722.2212409305-3.1592003987232.4681449623
52.41193235993-0.5175592707430.6287193945381.06371707203-0.08191863007171.094134190150.00809985024848-0.0680015790528-0.007410313604170.08263089451190.01312075371310.172515055814-0.0483213689645-0.156599436141-0.02715472273940.135869196687-0.003876796790430.03860786765640.127980741336-0.01130224353760.1208298300626.321709892343.7388106539130.3460188698
60.863119227290.5791060408090.6948640799063.366431864122.262752131993.559909282540.03112626547210.006528607282790.01080646067970.052976389264-0.0120836190961-0.1041217106370.116281226212-0.00797792346457-0.008771303394380.08321827272430.009890205905490.0180403473760.08488628700110.01902375512010.11529618476318.04566271212.736733101126.2288014162
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 35 )4 - 351 - 32
22chain 'A' and (resid 36 through 91 )36 - 9133 - 88
33chain 'A' and (resid 92 through 149 )92 - 14989 - 146
44chain 'A' and (resid 150 through 182 )150 - 182147 - 179
55chain 'A' and (resid 183 through 233 )183 - 233180 - 230
66chain 'A' and (resid 234 through 311 )234 - 311231 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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