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- PDB-8asy: SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 RBD in complex with ACE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8asy
タイトルSARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 RBD in complex with ACE2
要素
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS CoV-2 / Omicron / BA.2.75 / ACE2 / complex / spike / RBD
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of signaling receptor activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / viral life cycle / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zhou, D. / Huo, J. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: A delicate balance between antibody evasion and ACE2 affinity for Omicron BA.2.75.
著者: Huo, J. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Liu, C. / Zhou, D. / Ginn, H.M. / Das, R. / Supasa, P. / Selvaraj, M. / Nutalai, R. / Tuekprakhon, A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Mentzer, A.J. / Skelly, D. / ...著者: Huo, J. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Liu, C. / Zhou, D. / Ginn, H.M. / Das, R. / Supasa, P. / Selvaraj, M. / Nutalai, R. / Tuekprakhon, A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Mentzer, A.J. / Skelly, D. / Ritter, T.G. / Amini, A. / Bibi, S. / Adele, S. / Johnson, S.A. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Plowright, M. / Newman, T.A.H. / Hornsby, H. / de Silva, T.I. / Temperton, N. / Klenerman, P. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Pollard, A.J. / Lambe, T. / Goulder, P. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,91222
ポリマ－95,2942
非ポリマー2,61820
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area35600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.261, 105.261, 220.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 70139.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYF1
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25154.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
糖 , 1種, 6分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1% (w/v) n-Octyl-b-D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 and 22% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→76.2 Å / Num. obs: 29749 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.443 / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1411 / CC1/2: 0.279 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZF7

7zf7


解像度: 2.85→76.18 Å / SU ML: 0.4938 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.1755
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 1439 4.87 %
Rwork0.2173 28089 -
obs0.2195 29528 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→76.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6464 0 167 0 6631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00166802
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43359219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.55012463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.950.38211380.36432540X-RAY DIFFRACTION92.28
2.95-3.070.37821600.34322749X-RAY DIFFRACTION99.52
3.07-3.210.37041300.32592794X-RAY DIFFRACTION99.66
3.21-3.380.36031640.26782761X-RAY DIFFRACTION99.63
3.38-3.590.30631270.23942797X-RAY DIFFRACTION99.73
3.59-3.870.26481320.22672816X-RAY DIFFRACTION99.76
3.87-4.260.21511420.192829X-RAY DIFFRACTION99.9
4.26-4.870.21641540.17432840X-RAY DIFFRACTION100
4.87-6.140.24491430.19792896X-RAY DIFFRACTION99.87
6.14-76.180.23941490.18733067X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.159473784575-0.38304072210.2386743779420.8101112267670.6509016636681.2341767955-0.1178120163020.00135579922680.08136781587770.04632460161940.00357031924460.276616798941-0.25040986252-0.15970747429-0.04731766638110.701620478461-0.008282095498570.1024130352070.930822589758-0.05054939046740.78773979125-38.353548029229.7495917875-11.3509502094
21.41922252183-1.44074005793-0.6430729389161.60773151093-0.07500736208261.779594774450.07880006051490.185988704962-0.0696376129959-0.0151974862851-0.2023428468470.03902533014470.180675846426-0.5123993319320.05715661544510.608718142097-0.0165040415706-0.08492313885970.695882966404-0.07266289687310.664507638271-38.046337588210.9271960321-37.8029456594
31.014721920920.03071943524010.089967417371.73631924052-0.2198649541121.42518171215-0.03465647601810.1163537044410.0511888357567-0.2017049603960.06822439073520.119025001127-0.04360079262160.184265951357-0.02829023259890.540933354193-0.05236211982420.02874423393720.677202602923-0.0633887430850.604769027512-17.713843113615.6473018453-33.9064226702
40.282563510742-0.0734438947114-0.04362021143790.6382572791310.2224093219050.5922808903370.032848835662-0.00126879875182-0.1920160213790.24004493619-0.1565578411950.216972268690.2773636781230.0865879197060.03124612463460.742369582118-0.02242970875410.04893057814140.870551919203-0.0408984185710.678569097811-21.09659371466.6274408585-8.90163281853
50.89220854787-0.3268092286040.06727936245740.933339024985-0.3114800389690.6204404178740.0582320651774-0.1518239914130.1482885618490.0209088528555-0.00962451470681-0.0784238149478-0.0960941945750.0802037724097-0.01505654019840.575178021593-0.04568028191970.02793465224460.70935958148-0.06671543341710.606327393687-16.312352860417.0053957825-30.1160674187
61.133163325680.2788642215950.1061965709281.057463779050.4783916646850.618235255454-0.240097221338-0.171108256535-0.6182454841510.05691554352120.4016643686580.128243996230.7259157665850.0866370325673-0.02728049080830.8747277792530.1481832598720.08689336552050.959541341614-0.04751251828130.781222928092-37.362241586623.012544186431.9431894441
70.0974643720322-0.1358944516340.04018181867140.149464749629-0.02917622675940.006969980148440.009454423176890.4321854054450.0804039284628-0.0871820449473-0.3509630035640.08186710032851.282557658570.5704363170580.03089881759961.244069776970.203476803768-0.04639702026691.23764226587-0.1693315562351.11184679696-25.692972676515.729590324329.2319362444
81.14871024095-0.5366818585880.6332195039911.26512037006-0.8298125212720.6076529099640.0991599609022-1.3840386293-0.6632994869830.551336481930.846183511751.54382066967-0.0699184360126-0.726531667227-0.01558892915921.00897673520.172904263892-0.07404159512131.00264820151-0.1483778392511.01952428759-21.179191255522.047741237139.850807635
90.734341885698-0.411142822608-0.4530454400180.48979818040.1607048872340.621739492058-0.3448591109250.0933772877751-0.219119765984-0.0510068618657-0.115301132232-0.2866426942140.3913557799580.836876946964-0.03680662696490.871882948301-0.1151468216890.02986443478420.973603485383-0.0887294892110.7796488786-28.454559244729.600185490720.1743350411
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110.0209984134841-0.5301818063550.4782805110295.24665252189-5.231723723755.290091926640.132247837617-0.209164951843-0.4686137139010.5733988910450.6216248340620.2210463660430.0358198247988-0.273753135839-0.03105280367481.475795928880.0765248646482-0.0583605399831.42309426357-0.07955574006540.942852505126-27.167078644225.605381081348.8857115749
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 129 )AA19 - 1291 - 111
22chain 'A' and (resid 130 through 193 )AA130 - 193112 - 175
33chain 'A' and (resid 194 through 293 )AA194 - 293176 - 275
44chain 'A' and (resid 294 through 431 )AA294 - 431276 - 413
55chain 'A' and (resid 432 through 614 )AA432 - 614414 - 596
66chain 'B' and (resid 334 through 364 )BC334 - 3641 - 31
77chain 'B' and (resid 365 through 380 )BC365 - 38032 - 47
88chain 'B' and (resid 381 through 393 )BC381 - 39348 - 60
99chain 'B' and (resid 394 through 421 )BC394 - 42161 - 88
1010chain 'B' and (resid 422 through 516 )BC422 - 51689 - 183
1111chain 'B' and (resid 517 through 533 )BC517 - 533184 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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