PDB-8asu: The Crystal structure of short F46Y agroavidin - biotin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8asu

タイトル

The Crystal structure of short F46Y agroavidin - biotin complex

要素

Agroavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / BIOTIN BINDING PROTEIN / avidin / biotin / high affinity systems

機能・相同性

Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / biotin binding / extracellular region / BIOTIN / Avidin

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium sp. AAP43 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Livnah, O. / Bana, J.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Self-assembly of a dimeric avidin into unique higher-order oligomers.
著者: Bana, J. / Warwar, J. / Bayer, E.A. / Livnah, O.

履歴

登録	2022年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8asu.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8asu.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8asu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/8asu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/8asu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8amhC 8an6C 8asrC 8assSC 8astC 8avjC 8avpC 1amh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Agroavidin

B: Agroavidin

C: Agroavidin

D: Agroavidin

ヘテロ分子

56.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Agroavidin

C: Agroavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Agroavidin

D: Agroavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.365, 81.973, 68.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Agroavidin 分子量: 13794.177 Da / 分子数: 4 / 変異: F46Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium sp. AAP43 (根粒菌) / 遺伝子: IP76_08565 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N1ABZ3
#2: 化合物	ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン分子量: 244.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→57.75 Å / Num. obs: 15697 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.52→2.59 Å / 冗長度: 4.7 % / Num. unique obs: 1118 / CC_1/2: 0.507 / R_sym value: 0.923 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8ASS

8ass

解像度: 2.52→44.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 14.969 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.2 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27309	670	4.3 %	RANDOM
R_work	0.20435	-	-	-
obs	0.20762	15024	98.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.054 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.52→44.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3520	0	64	19	3603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.727	1.655	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.272	1.607	7408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.708	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.951	22.195	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.791	15	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.048	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.091	6.22	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.088	6.217	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.69	9.312	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.691	9.315	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.131	6.488	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.123	6.488	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.728	9.501	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.771	70.393	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.77	70.395	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.52→2.585 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	64	-
R_work	0.328	1051	-
obs	-	-	96.62 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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