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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8asr | ||||||
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タイトル | The Crystal structure of F46Y mutant of apo agroavidin | ||||||
![]() | Agroavidin | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / BIOTIN BINDING PROTEIN / avidin / biotin / high affinity systems | ||||||
機能・相同性 | Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / biotin binding / extracellular region / Avidin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Livnah, O. / Bana, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Self-assembly of a dimeric avidin into unique higher-order oligomers. 著者: Bana, J. / Warwar, J. / Bayer, E.A. / Livnah, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8amhC ![]() 8an6C ![]() 8assC ![]() 8astC ![]() 8asuC ![]() 8avjC ![]() 8avpC ![]() 3ew1S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14822.284 Da / 分子数: 4 / 変異: F46Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 18% pentaerythritol ethoxylate, 0.05 M Bis Tris pH 5.9-6.0, 0.05 M ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日 / 詳細: optical hatch |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→44.76 Å / Num. obs: 53732 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.778 / Num. unique obs: 5477 / CC1/2: 0.794 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ew1 解像度: 1.66→44.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.261 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.271 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.66→44.76 Å
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拘束条件 |
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