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Yorodumi- PDB-8as0: PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 a... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8as0 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody | ||||||||||||
 Components | 
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 Keywords | ANTITUMOR PROTEIN / Monoclonal antibodies / phage display technology / antibody library / human PD-1 / immunotherapy | ||||||||||||
| Function / homology |  Function and homology informationnegative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane Similarity search - Function  | ||||||||||||
| Biological species |  Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å  | ||||||||||||
 Authors | Ongaro, T. / Scietti, L. / Pluss, L. / Peissert, F. / Villa, A. / Puca, E. / De Luca, R. / Neri, D. / Forneris, F. | ||||||||||||
| Funding support |   Italy,   United States, 3items 
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 Citation |  Journal: Protein Sci. / Year: 2022Title: Selection of a PD-1 blocking antibody from a novel fully human phage display library. Authors: Peissert, F. / Pluss, L. / Giudice, A.M. / Ongaro, T. / Villa, A. / Elsayed, A. / Nadal, L. / Dakhel Plaza, S. / Scietti, L. / Puca, E. / De Luca, R. / Forneris, F. / Neri, D.  | ||||||||||||
| History | 
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil Jmol/JSmol | 
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format |  8as0.cif.gz | 1.7 MB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb8as0.ent.gz | 1.4 MB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  8as0.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  8as0_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  8as0_full_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | |
| Data in XML |  8as0_validation.xml.gz | 153.8 KB | Display | |
| Data in CIF |  8as0_validation.cif.gz | 206.6 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/8as0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/8as0 | HTTPS FTP  | 
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5wt9S S: Starting model for refinement  | 
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology  F&H Search | 
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]() 
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| 8 | ![]() 
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| Unit cell | 
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules AFILORXY       
| #3: Protein | Mass: 19073.203 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: expression tag at C-terminus: GLNDIFEAQKIEWHEHHHHHH Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Gene: PDCD1, PD1 / Cell line (production host): CHO / Production host: ![]()  | 
|---|
-Antibody , 2 types, 16 molecules CDGJMPVSBEHKNQWT               
| #1: Antibody | Mass: 23343.863 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Cell line: AMG phage library / Cell line (production host): CHO / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 23792.594 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Cell line: AMG phage library / Cell line (production host): CHO / Production host: ![]()  | 
|---|
-Sugars , 8 types, 21 molecules 
| #4: Polysaccharide |  alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source  | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: Polysaccharide | #7: Polysaccharide |  2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: Polysaccharide |  beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: Polysaccharide | #10: Polysaccharide |  alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 1056.964 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #11: Sugar | ChemComp-NAG /  | 
-Details
| Has ligand of interest | N | 
|---|---|
| Has protein modification | Y | 
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1  | 
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.55 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 / Details: 22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5 | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  ESRF   / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.965 Å | 
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 1, 2021 | 
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.965 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 3.5→190.84 Å / Num. obs: 68755 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 1.7 % / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 3.9 | 
| Reflection shell | Resolution: 3.5→3.58 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Num. unique obs: 4708 / CC1/2: 0.431 / Rpim(I) all: 0.431 / % possible all: 97.6 | 
-
Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5WT9, Alphafold2 Resolution: 3.5→95.42 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.15 / Stereochemistry target values: ML 
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→95.42 Å
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
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About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Italy,  
United States, 3items 
Citation
PDBj


















