PDB-8arj: Anaplastic Lymphoma Kinase with a novel carboline inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8arj

タイトル

Anaplastic Lymphoma Kinase with a novel carboline inhibitor

要素

ALK tyrosine kinase receptor

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / inhibitor / ALK / kinase / antitumor

機能・相同性

機能・相同性情報

ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.645 Å

データ登録者

Mologni, L. / Scapozza, L. / Gambacorti-Passerini, C. / Tardy, S. / Goekjian, P. / Robinson, C. / Brown, D.

資金援助

イタリア, European Union, 3件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Discovery of Novel alpha-Carboline Inhibitors of the Anaplastic Lymphoma Kinase.
著者: Mologni, L. / Tardy, S. / Zambon, A. / Orsato, A. / Bisson, W.H. / Ceccon, M. / Viltadi, M. / D'Attoma, J. / Pannilunghi, S. / Vece, V. / Bertho, J. / Goekjian, P. / Scapozza, L. / Gambacorti-Passerini, C.

履歴

登録	2022年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8arj.cif.gz	122.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8arj.ent.gz	91.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8arj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8arj_validation.pdf.gz	746.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8arj_full_validation.pdf.gz	751.8 KB	表示
XML形式データ	8arj_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	8arj_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8arj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8arj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cliS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALK tyrosine kinase receptor

ヘテロ分子

36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.714, 56.593, 103.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase 分子量: 36022.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-NRR / 3-(dimethylamino)-1-[3-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-9~{H}-pyrido[2,3-b]indol-6-yl]prop-2-en-1-one 分子量: 439.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.15 M ammonium sulphate, 9-10.5% monomethyl ether poly (ethylene glycol) (MW 5000), and 0.1 M MES buffer pH 5.3 - 5.6 PH範囲: 5.3 - 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.645→46.281 Å / Num. obs: 26023 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.645→1.821 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.287 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1302 / CC_1/2: 0.35 / R_pim(I) all: 0.583 / R_rim(I) all: 1.416 / % possible all: 58.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CLI

4cli

解像度: 1.645→46.281 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.239 / WR_factor R_work: 0.207 / SU B: 3.119 / SU ML: 0.097 / Average fsc free: 0.9566 / Average fsc work: 0.9659 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	1349	5.184 %
R_work	0.1966	24674	-
all	0.198	-	-
obs	-	26023	69.282 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.512 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.102 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.302 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.404 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.645→46.281 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2119	0	33	63	2215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	1.648	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.525	1.556	4713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.297	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.4	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.118	10	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.257	10	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.014	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.312	4.249	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.31	4.25	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.086	6.33	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.086	6.332	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.369	4.436	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.367	4.436	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.819	6.499	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.817	6.503	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.292	78.093	9426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.294	78.111	9403

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.645-1.688	0.65	2	0.361	81	0.369	2734	0.563	0.873	3.0358	0.358
1.688-1.734	0.366	11	0.301	247	0.304	2666	0.863	0.926	9.6774	0.302
1.734-1.785	0.325	27	0.297	442	0.299	2627	0.942	0.931	17.8531	0.296
1.785-1.839	0.319	50	0.287	768	0.289	2496	0.937	0.94	32.7724	0.281
1.839-1.9	0.308	69	0.28	1236	0.282	2444	0.946	0.944	53.3961	0.273
1.9-1.966	0.301	86	0.289	1545	0.29	2370	0.937	0.941	68.8186	0.268
1.966-2.04	0.315	97	0.264	1718	0.267	2265	0.926	0.951	80.1324	0.248
2.04-2.123	0.282	90	0.262	1897	0.263	2219	0.949	0.952	89.5448	0.236
2.123-2.218	0.242	90	0.22	1983	0.221	2113	0.96	0.966	98.107	0.196
2.218-2.325	0.245	101	0.202	1924	0.204	2027	0.962	0.972	99.9013	0.181
2.325-2.451	0.23	105	0.185	1858	0.187	1964	0.966	0.978	99.9491	0.169
2.451-2.599	0.231	90	0.185	1724	0.188	1814	0.963	0.978	100	0.173
2.599-2.778	0.258	104	0.177	1618	0.182	1722	0.962	0.98	100	0.17
2.778-3	0.236	82	0.195	1552	0.197	1635	0.966	0.976	99.9388	0.192
3-3.285	0.22	93	0.188	1389	0.19	1486	0.969	0.979	99.7308	0.193
3.285-3.67	0.205	89	0.187	1290	0.188	1382	0.977	0.98	99.7829	0.2
3.67-4.233	0.22	45	0.165	1158	0.167	1208	0.972	0.983	99.5861	0.191
4.233-5.174	0.199	58	0.166	988	0.168	1049	0.976	0.982	99.714	0.205
5.174-7.272	0.21	37	0.225	779	0.224	821	0.972	0.971	99.391	0.281
7.272-46.281	0.201	23	0.209	477	0.208	508	0.962	0.971	98.4252	0.298

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