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- PDB-8arc: Heterologous Complex of Aeromonas hydrophila Type III secretion s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8arc
タイトルHeterologous Complex of Aeromonas hydrophila Type III secretion substrate AscX with Photorhabdus luminescens subsp. laumondii LscY
要素
  • AscX
  • Type III secretion protein SctY
キーワードCHAPERONE / Type III Secretion System / T3SS / SctX / SctY
機能・相同性Type III secretion system YscX / Type III secretion system chaperone, YscY / Type III secretion system YscX (type_III_YscX) / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / cytoplasm / BROMIDE ION / AscX / Type III secretion protein SctY
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gilzer, D. / Niemann, H.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: The type III secretion chaperone SctY may shield the hydrophobic export gate-binding C-terminus of its substrate SctX.
著者: Gilzer, D. / Kowal, J.L. / Flottmann, F. / Niemann, H.H.
履歴
登録2022年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III secretion protein SctY
B: AscX
C: Type III secretion protein SctY
D: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,49810
ポリマ－44,0194
非ポリマー4796
水32418
1
A: Type III secretion protein SctY
B: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3296
ポリマ－22,0092
非ポリマー3204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Type III secretion protein SctY
D: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1694
ポリマ－22,0092
非ポリマー1602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.590, 34.220, 99.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid -1 through 24 or resid 26...
d_2ens_1(chain "C" and (resid -1 through 24 or resid 26...
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "D" and (resid 50 through 63 or resid 67 through 118))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISPROA1 - 26
d_12ens_1ARGARGA28 - 47
d_13ens_1ALAALAA49 - 97
d_14ens_1SERGLNA99 - 107
d_15ens_1BRBRB
d_21ens_1HISPROI1 - 26
d_22ens_1ARGARGI28 - 47
d_23ens_1ALAALAI49 - 97
d_24ens_1SERGLNI99 - 107
d_25ens_1BRBRJ
d_11ens_2ARGLEUG1 - 66
d_21ens_2ARGHISM1 - 14
d_22ens_2HISLEUM18 - 69

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999929644166, -0.00626301040684, 0.0100737985856), (-0.00560855760386, 0.997951332379, 0.0637313289159), (-0.0104523106969, 0.0636703455655, -0.997916247135)34.2998444205, -1.28694988494, 49.0358378378
2given(-0.999998450175, 0.0017082590537, -0.000426026894616), (0.00167329071122, 0.997421463643, 0.0717469439197), (0.000547490735306, 0.0717461198577, -0.997422776228)34.7873288303, -1.78839994306, 48.8706321183

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要素

#1: タンパク質 Type III secretion protein SctY


分子量: 13401.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: sctY, plu3762 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N0W7
#2: タンパク質 AscX


分子量: 8607.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues GAM remain after TEV-cleavage of the N-terminal MBP-tag.
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q699R5
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: reservoir solution: 0.15 M KBr, 24-26%(w/v) PEG2000 monomethyl ester; protein: 5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP; drop size: 0.66 uL protein + 0.33 uL reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.8 Å / Num. obs: 32409 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1.99 % / Biso Wilson estimate: 44.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8.64
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 2393 / CC1/2: 0.588 / Rrim(I) all: 1.295 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20210205データ削減
XSCALE20220220データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QIH

7qih


解像度: 2.1→48.75 Å / SU ML: 0.2865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.7251
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 1582 4.9 %
Rwork0.2286 30694 -
obs0.2313 32276 94.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2776 0 6 18 2800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00152853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4373851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.86571092
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.80765896232
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.825954507966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.170.42461380.35882768X-RAY DIFFRACTION93.83
2.17-2.250.3731570.32592804X-RAY DIFFRACTION95.64
2.25-2.340.31331460.31642836X-RAY DIFFRACTION95.98
2.34-2.440.38151550.29122895X-RAY DIFFRACTION95.97
2.44-2.570.27821450.26842771X-RAY DIFFRACTION95.42
2.57-2.730.2811390.2722836X-RAY DIFFRACTION96.22
2.73-2.940.28891450.25252842X-RAY DIFFRACTION96.64
2.94-3.240.32091480.24842858X-RAY DIFFRACTION95.43
3.24-3.710.27061370.22112722X-RAY DIFFRACTION92.29
3.71-4.670.24621380.18992649X-RAY DIFFRACTION90.49
4.67-48.750.26491340.18522713X-RAY DIFFRACTION90.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.179440761542.658904246893.760121043170.9847311068861.392226310231.9693451824-0.18401492611-0.820423552919-1.10380047091.40530598849-0.2092739819340.05046878885960.916789277607-0.101897292474-0.7118609100860.8123953096740.213733627070.2258438297630.4778173487190.14625043570.52702189955825.3964732201-14.081673425822.4119138718
29.483928795113.10032907823-3.65373429653.98541246481-1.25091365469.9764550659-0.723399719012-1.76274143122-0.8641454532770.398591654517-0.198360534829-0.2087559256891.877492305790.2066410857371.575098446410.6796671705560.07748114435560.1919851904431.10849952487-0.04480312072970.39767225372537.3249781919-7.091462743817.49618696348
30.7642045846970.746190730967-0.4762089235141.104045086980.4518151204232.52414924462-0.308389543727-0.0700307866953-0.311833462216-0.031802077340.03958857352710.08206883715240.321039949247-0.892250703495-0.1665985234870.4351456381450.03910471898090.08779547508680.5423269274860.02456755335790.1853642106047.5060128524-5.5124711764731.7837020145
43.989614177941.715273775650.9635119819383.489458428280.4201444251656.95144618849-0.479717787558-0.1924769504090.261098247445-0.5323494172580.0835051140335-0.0818009872958-0.5547093462190.2616937103540.4200523516240.4680086927130.03903408996580.002403649621590.350760901661-0.01833133127570.20267280289317.70162353633.4573094237733.2474153029
53.147797277091.997776077021.646139078918.737770891430.277596809366.76954869986-0.250047936826-0.048875819520.134903574649-1.01563495751-0.0206132901313-0.887384658877-0.1228583258161.26766745381-0.1191839667520.5074566548590.04749814975960.01363233530970.780470464824-0.06708650445270.31102324040826.51481368088.896908610843.0065369944
67.5777353748-0.9491920636125.741707876916.19289065498-5.396876673767.95131022662-0.406078082034-1.84267162544-0.584535380310.943422502748-0.5214362435850.5708581206961.05468271258-1.314774482281.173879565790.8611133223690.01133760679410.1002012125190.994640538216-0.09937693910830.39328605043415.05595006842.126932766947.6491164088
77.67978810594-2.47053739370.826824080430.84899720087-0.1441005597870.7432095062520.264469328804-0.7766428814590.8819637539630.419215323898-0.113851059796-0.01523314547430.542804771898-0.40018727066-0.4501975986850.8284459116530.1299377693880.2550142603320.794004968746-0.04561760285140.399358547626-1.791958760272.8774015112436.847552747
89.53029935065-2.72543109228-6.407239857767.61828188701-0.8536110993488.18782761678-0.2798067760330.759538404486-1.16935007946-0.441557665091-0.1034346843950.3007392204811.11665322318-1.233520492490.3688532021620.883633159039-0.2200420108950.04726158375820.838325008085-0.02073858491880.5798418188512.28396624573-11.13733196826.7166896099
96.483541160180.624975325585-2.587494122632.43932400109-1.894436510017.34351241807-0.8920599795031.29815669596-0.350473233067-0.6994275141550.118949841078-0.09350884470731.335568236890.1284987147533.4253707970.624712071145-0.1930685478320.1144923203091.151920136830.2070571964510.419137502492-3.02777877833-7.7666077447241.0278604943
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113.14849937722-1.245601299811.043113245690.67128606211-1.009318068956.11944227139-0.3808174588750.1485059998460.283724988980.2493914453670.1068164643950.0350348630108-0.809141231429-0.361229434253-0.1286238559920.472673223446-0.01925063301690.03097535550460.4517802013050.110772542650.15928051643616.89789539754.2040825578516.0774581498
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167.002904634293.18174724064-3.805765719197.45646405802-0.0707956411217.50321631229-0.255565684063-1.53380769271-1.151374225310.3165460098010.358189662189-1.28361787048-1.691714319641.62315798150.08625730907020.8642563801420.1312657582310.1567780048791.05104748515-0.08722653981510.69528854845838.301134152-8.2157918938521.1452449119
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'D' and (resid 89 through 103 )DM89 - 10340 - 54
22chain 'D' and (resid 104 through 118 )DM104 - 11855 - 69
33chain 'A' and (resid -1 through 37 )AA-1 - 371 - 39
44chain 'A' and (resid 38 through 75 )AA38 - 7540 - 77
55chain 'A' and (resid 76 through 105 )AA76 - 10578 - 107
66chain 'B' and (resid 50 through 59 )BG50 - 591 - 10
77chain 'B' and (resid 60 through 71 )BG60 - 7111 - 19
88chain 'B' and (resid 72 through 104 )BG72 - 10420 - 52
99chain 'B' and (resid 105 through 118 )BG105 - 11853 - 66
1010chain 'C' and (resid -1 through 37 )CI-1 - 371 - 39
1111chain 'C' and (resid 38 through 75 )CI38 - 7540 - 77
1212chain 'C' and (resid 76 through 105 )CI76 - 10578 - 107
1313chain 'D' and (resid 50 through 59 )DM50 - 591 - 10
1414chain 'D' and (resid 60 through 66 )DM60 - 6611 - 17
1515chain 'D' and (resid 67 through 71 )DM67 - 7118 - 22
1616chain 'D' and (resid 72 through 88 )DM72 - 8823 - 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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