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万見
- PDB-8ar9: Crystal to structure pipeline for ambient temperature, in situ cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ar9
タイトルCrystal to structure pipeline for ambient temperature, in situ crystallography at beamline VMXi
要素Nuclear receptor coactivator 7
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / NCOA7 / oxidative resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to oxidative stress / nuclear receptor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
TLDc domain / TLDc domain / TLDc domain profile. / domain in TBC and LysM domain containing proteins / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor coactivator 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Campeotto, I. / Foster, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust217414/Z/19/Z 英国
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Protein-to-structure pipeline for ambient-temperature in situ crystallography at VMXi.
著者: Mikolajek, H. / Sanchez-Weatherby, J. / Sandy, J. / Gildea, R.J. / Campeotto, I. / Cheruvara, H. / Clarke, J.D. / Foster, T. / Fujii, S. / Paulsen, I.T. / Shah, B.S. / Hough, M.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2022年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年7月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor coactivator 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8141
ポリマ－20,8141
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.986, 54.822, 44.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor coactivator 7 / 140 kDa estrogen receptor-associated protein / Estrogen nuclear receptor coactivator 1


分子量: 20814.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA7, ERAP140, ESNA1, Nbla00052, Nbla10993 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NI08
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M di ammonium hydrogen citrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: VMXi / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→46.39 Å / Num. obs: 33925 / % possible obs: 92.55 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 30.77 Å2 / CC1/2: 0.949 / Rmerge(I) obs: 0.483 / Rpim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 2.335 / Num. unique obs: 420 / CC1/2: 0.261 / Rpim(I) all: 0.654

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2.multiplexデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ACJ

4acj


解像度: 2.36→46.38 Å / SU ML: 0.3178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.7765
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 412 5.18 %
Rwork0.2042 7547 -
obs0.207 7959 91.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1319 0 0 48 1367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57541838
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0397189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7826178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.70.32231380.29582481X-RAY DIFFRACTION91.06
2.7-3.40.30721390.23122532X-RAY DIFFRACTION92.58
3.4-46.380.20671350.16052534X-RAY DIFFRACTION90.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.2479846217 Å / Origin y: 16.1409668649 Å / Origin z: 9.95326992923 Å
111213212223313233
T0.118199120266 Å20.00554681343266 Å20.0101054520546 Å2-0.133566755166 Å2-0.00304615170221 Å2--0.116782695757 Å2
L1.44393578493 °20.223692634812 °2-0.503393857247 °2-1.82469693104 °2-0.0757113921516 °2--0.593873521293 °2
S-0.0166358530426 Å °0.00396716574257 Å °-0.0371502117665 Å °-0.0038380081278 Å °-0.0356392808344 Å °-0.0332531973425 Å °-0.0169093639736 Å °0.0351089319303 Å °-2.70551867769E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 21:183)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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